Show simple item record

Study of the DNA recombination mechanisms in plants
dc.contributor.advisorAngelis, Karel
dc.creatorKozák, Jaroslav
dc.date.accessioned2019-05-03T18:38:19Z
dc.date.available2019-05-03T18:38:19Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/77996
dc.description.abstractDNA double-strand break (DSB) is a dangerous type of DNA damage, but it also serves in controlled increase of genetic variability. The two major DSB repair pathways are homologous recombination (HR) using homologous sequences and non- homologous end joining (C-NHEJ). Two model plants Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) and the moss Physcomitrella patens (Physcomitrella) differ in DSB repair strategies. Arabidopsis uses C-NHEJ, however Physcomitrella prefers HR. These plant models are compared on the basis of measurement of DSB and single strand breaks (SSB) repair by comet assay. The half-life of the first rapid phase of the DSB repair is about 5 minutes in both plant species. Although the C-NHEJ is considered as the main DSB repair pathway in Arabidopsis, rapid repair is independent of AtLIG4 and AtKu80, suggesting the existence of the effective backup non-homologous repair pathways (A-NHEJ). In Physcomitrella, the rapid DBS repair dominates in mitotically active cells and is also independent of PpLIG4. Conversely, PpLIG4 is surprisingly involved in the repair of the DNA alkylation damage. An essential DNA ligase of the rapid DSB repair pathway in Arabidopsis is the replication ligase AtLIG1, which is also responsible for the alkylation DNA damage repair, and thus represents a functional homolog of...en_US
dc.description.abstractDvouvláknový zlom DNA (DSB) je nebezpečný typ poškození DNA, ale zároveň také slouží ke kontrolovanému zvyšování genetické variability. Za hlavní dráhy opravy DSB se považují homologní rekombinace (HR), využívající homologní sekvence, a nehomologní spojování konců DNA (C-NHEJ). Dva rostlinné modely Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) a mech Physcomitrella pattens (Physcomitrella) se liší strategií opravy DSB. Arabidopsis dává přednost C-NHEJ a Physcomitrella zase HR. Tyto modelové rostliny jsou porovnány na základě měření kinetiky opravy DSB a jednovláknových zlomů DNA (SSB) kometovým testem. U obou rostlinných druhů je poločas první rychlé fáze opravy DSB kolem 5 minut. I když je C-NHEJ považována za hlavní dráhu opravy DSB u Arabidopsis, rychlá oprava není závislá na jejích faktorech AtKu80 a AtLIG4, což poukazuje na existenci efektivních záložních nehomologních drah (A-NHEJ). U Physcomitrella dominuje rychlá oprava DSB v mitoticky aktivních buňkách a také není závislá na PpLIG4. Naopak PpLIG4 se překvapivě účastní opravy alkylačního poškození DNA. Esenciální ligázou rychlé opravy DSB u Arabidopsis je replikační AtLIG1, která je také zodpovědná za opravu alkylačního poškození DNA, a tak představuje funkční homolog LIG3. Rychlá oprava DSB je také zcela závislá na AtSMC6b, který patří do skupiny...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleStudium mechanismů rekombinace DNA u rostlincs_CZ
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2016
dcterms.dateAccepted2016-03-17
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId83589
dc.title.translatedStudy of the DNA recombination mechanisms in plantsen_US
dc.contributor.refereeŠiroký, Jiří
dc.contributor.refereeŘíha, Karel
dc.identifier.aleph002077905
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.programMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
thesis.degree.programMolecular and Cell Biology, Genetics and Virologyen_US
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
uk.degree-program.enMolecular and Cell Biology, Genetics and Virologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csDvouvláknový zlom DNA (DSB) je nebezpečný typ poškození DNA, ale zároveň také slouží ke kontrolovanému zvyšování genetické variability. Za hlavní dráhy opravy DSB se považují homologní rekombinace (HR), využívající homologní sekvence, a nehomologní spojování konců DNA (C-NHEJ). Dva rostlinné modely Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) a mech Physcomitrella pattens (Physcomitrella) se liší strategií opravy DSB. Arabidopsis dává přednost C-NHEJ a Physcomitrella zase HR. Tyto modelové rostliny jsou porovnány na základě měření kinetiky opravy DSB a jednovláknových zlomů DNA (SSB) kometovým testem. U obou rostlinných druhů je poločas první rychlé fáze opravy DSB kolem 5 minut. I když je C-NHEJ považována za hlavní dráhu opravy DSB u Arabidopsis, rychlá oprava není závislá na jejích faktorech AtKu80 a AtLIG4, což poukazuje na existenci efektivních záložních nehomologních drah (A-NHEJ). U Physcomitrella dominuje rychlá oprava DSB v mitoticky aktivních buňkách a také není závislá na PpLIG4. Naopak PpLIG4 se překvapivě účastní opravy alkylačního poškození DNA. Esenciální ligázou rychlé opravy DSB u Arabidopsis je replikační AtLIG1, která je také zodpovědná za opravu alkylačního poškození DNA, a tak představuje funkční homolog LIG3. Rychlá oprava DSB je také zcela závislá na AtSMC6b, který patří do skupiny...cs_CZ
uk.abstract.enDNA double-strand break (DSB) is a dangerous type of DNA damage, but it also serves in controlled increase of genetic variability. The two major DSB repair pathways are homologous recombination (HR) using homologous sequences and non- homologous end joining (C-NHEJ). Two model plants Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) and the moss Physcomitrella patens (Physcomitrella) differ in DSB repair strategies. Arabidopsis uses C-NHEJ, however Physcomitrella prefers HR. These plant models are compared on the basis of measurement of DSB and single strand breaks (SSB) repair by comet assay. The half-life of the first rapid phase of the DSB repair is about 5 minutes in both plant species. Although the C-NHEJ is considered as the main DSB repair pathway in Arabidopsis, rapid repair is independent of AtLIG4 and AtKu80, suggesting the existence of the effective backup non-homologous repair pathways (A-NHEJ). In Physcomitrella, the rapid DBS repair dominates in mitotically active cells and is also independent of PpLIG4. Conversely, PpLIG4 is surprisingly involved in the repair of the DNA alkylation damage. An essential DNA ligase of the rapid DSB repair pathway in Arabidopsis is the replication ligase AtLIG1, which is also responsible for the alkylation DNA damage repair, and thus represents a functional homolog of...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV