Show simple item record

The effect of fixatives on DNA quality and quantity in archival tissue specimen
dc.contributor.advisorVaněk, Daniel
dc.creatorMatura, Radan
dc.date.accessioned2017-05-31T22:03:14Z
dc.date.available2017-05-31T22:03:14Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/74514
dc.description.abstractFormaldehyd je široce používané fixační činidlo. Jeho výhodou je nízká cena, jednoduché použití a výborné fixační vlastnosti, především rychlé pronikání do tkání, dobré zachovávání morfologických struktur tkáně a kompatibilita s následnými histologickými analýzami. Jeho nevýhodou jsou však negativní účinky na nukleové kyseliny. Vlivem jeho působení dochází k modifikaci primární struktury deoxyribonukleové kyseliny (DNA, z angl. deoxyribonucleic acid), její fragmentaci a vzniku vazeb na proteiny, které znesnadňují izolaci takovéto DNA. Míra negativních účinků formaldehydu je závislá na mnoha faktorech. V této práci byl zkoumán vliv chemického složení roztoku formaldehydu (ředění roztoku, přítomnost pufru či kyseliny mravenčí) a vliv délky fixace. Posuzováno bylo množství DNA a míra fragmentace DNA získané z fixovaných tkání, a to metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce, fluorescenčním stanovením koncentrace DNA a pomocí čipové elektroforézy na přístroji bioanalyzér Agilent 2100. Kvalita a kvantita získané DNA byla následně otestována také při stanovení DNA profilu pro identifikační účely analýzou STR (tandemová opakování krátkých motivů; z angl. short tandem repeats). Z výsledů vyplývá, že nejvhodnějším z testovaných roztoků formaldehydu je pufrovaný 4% formaldehyd, který poskytoval dostatečné...cs_CZ
dc.description.abstractFormaldehyde is widely used fixative. Its advantages are low cost, simplicity of use and good fixation traits, which are fast tissue penetration, good preservation of morphological structures and compatibility with downstream histological applications. Formaldehyde disadvantages are negative effects on nucleic acids. Formaldehyde solutions modify primary structure of deoxyribonucleic acid (DNA), fragment DNA and create protein-DNA covalent bonds that hinder DNA isolation procedures. Level of negative effects of formaldehyde is dependent on many factors. Effect of formaldehyde chemical composition (formaldehyde dilution, presence of buffer or formic acid) and effect of fixation length were studied in this work. On DNA extracted from fixed tissues, DNA quantity and level of DNA fragmentation were studied by quantitative polymerase chain reaction, fluorescence assay for DNA quantification and by on- chip electrophoresis on bioanalyzer Agilent 2100. Quality and quantity of acquired DNA were tested by DNA profile determination for identification purposes using STR (short tandem repeats) analysis. Results show that of all tested fixatives, buffered 4% formaldehyde is the most suited solution in regards of sufficient amount of DNA and sufficient DNA quality. Other formaldehyde variants (non-buffered 4%...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectKlíčová slova: FFPEcs_CZ
dc.subjectformaldehydcs_CZ
dc.subjectkvalitacs_CZ
dc.subjectDNAcs_CZ
dc.subjectfixacecs_CZ
dc.subjectKeywords: FFPEen_US
dc.subjectformaldehydeen_US
dc.subjectqualityen_US
dc.subjectDNAen_US
dc.subjectfixationen_US
dc.titleVliv fixačních činidel na kvalitu a kvantitu nukleových kyselin v archivovaných vzorcích tkánícs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-09-15
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId155266
dc.title.translatedThe effect of fixatives on DNA quality and quantity in archival tissue specimenen_US
dc.contributor.refereeŠolc, Roman
dc.identifier.aleph002029600
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csNeprospělcs_CZ
thesis.grade.enFailen_US
uk.abstract.csFormaldehyd je široce používané fixační činidlo. Jeho výhodou je nízká cena, jednoduché použití a výborné fixační vlastnosti, především rychlé pronikání do tkání, dobré zachovávání morfologických struktur tkáně a kompatibilita s následnými histologickými analýzami. Jeho nevýhodou jsou však negativní účinky na nukleové kyseliny. Vlivem jeho působení dochází k modifikaci primární struktury deoxyribonukleové kyseliny (DNA, z angl. deoxyribonucleic acid), její fragmentaci a vzniku vazeb na proteiny, které znesnadňují izolaci takovéto DNA. Míra negativních účinků formaldehydu je závislá na mnoha faktorech. V této práci byl zkoumán vliv chemického složení roztoku formaldehydu (ředění roztoku, přítomnost pufru či kyseliny mravenčí) a vliv délky fixace. Posuzováno bylo množství DNA a míra fragmentace DNA získané z fixovaných tkání, a to metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce, fluorescenčním stanovením koncentrace DNA a pomocí čipové elektroforézy na přístroji bioanalyzér Agilent 2100. Kvalita a kvantita získané DNA byla následně otestována také při stanovení DNA profilu pro identifikační účely analýzou STR (tandemová opakování krátkých motivů; z angl. short tandem repeats). Z výsledů vyplývá, že nejvhodnějším z testovaných roztoků formaldehydu je pufrovaný 4% formaldehyd, který poskytoval dostatečné...cs_CZ
uk.abstract.enFormaldehyde is widely used fixative. Its advantages are low cost, simplicity of use and good fixation traits, which are fast tissue penetration, good preservation of morphological structures and compatibility with downstream histological applications. Formaldehyde disadvantages are negative effects on nucleic acids. Formaldehyde solutions modify primary structure of deoxyribonucleic acid (DNA), fragment DNA and create protein-DNA covalent bonds that hinder DNA isolation procedures. Level of negative effects of formaldehyde is dependent on many factors. Effect of formaldehyde chemical composition (formaldehyde dilution, presence of buffer or formic acid) and effect of fixation length were studied in this work. On DNA extracted from fixed tissues, DNA quantity and level of DNA fragmentation were studied by quantitative polymerase chain reaction, fluorescence assay for DNA quantification and by on- chip electrophoresis on bioanalyzer Agilent 2100. Quality and quantity of acquired DNA were tested by DNA profile determination for identification purposes using STR (short tandem repeats) analysis. Results show that of all tested fixatives, buffered 4% formaldehyde is the most suited solution in regards of sufficient amount of DNA and sufficient DNA quality. Other formaldehyde variants (non-buffered 4%...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV