Show simple item record

Structure- and sequence-based identification of functionally important amino acids in a protein family
dc.contributor.advisorNovotný, Marian
dc.creatorPeclinovská, Iveta
dc.date.accessioned2017-05-31T21:40:17Z
dc.date.available2017-05-31T21:40:17Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/74404
dc.description.abstractSkupina malých GTPáz tvoří přes dvacet proteinových rodin v super třídě P-loop a má v buňce velmi rozličné funkce. Malé GTPázy regulují tvorbu vezikulárních váčků, cytoskelet a jaderný transport. Podílejí se též na buněčné proliferaci a signalizaci. Cílem mé práce je nalézt významné aminokyseliny, které rodiny definují a navzájem od sebe odlišují. Zaměřuji se na rodiny Arf, Rab, Ran, Ras a Rho. U rodiny Rho se dále věnuji třídám Rho, Rac a Cdc42. Aminokyseliny budou identifikovány za pomoci vybraných bioinformatických programů Consurf a Sca5. Cílem je také otestovat specializovaný nástroj P2RANK vyvinutý na MFF UK Praha, který predikuje vazebná místa pro ligandy v jednotlivých rodinách. Nalezené aminokyseliny mohou mít velkou úlohu ve funkční divergenci jednotlivých rodin a tříd malých GTPáz a mohou být základem pro další studii věnující se např. rakovinnému bujení v buňkách. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)cs_CZ
dc.description.abstractA group of small GTPases consist of over twenty protein families in the super class P-loop. It has a very diverse cell functions. Small GTPases regulate the formation of vesicular follicles, cytoskeleton and nuclear transport. They participate also on cell proliferation and signaling. The aim of my work is to find important amino acids that define family and distinguish each other. I focus on families Arf, Rab, Ran, Ras and Rho. At the Rho family I am also devoted to classes Rho, Rac and Cdc42. Amino acids are identified using bioinformatic programs selected Consurf and Sca5. The objective is also to test P2RANK specialized tool developed at the Charles University in Prague that predict ligand binding sites from protein structure in different families. Founding amino acids can have a big role in the functional divergence of individual families and classes of small GTPases and can be the basis for future study example for the proliferation of cancerous cells. 1.1 Keywords Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectMalé GTPázycs_CZ
dc.subjectRhocs_CZ
dc.subjectRascs_CZ
dc.subjectRabcs_CZ
dc.subjectRancs_CZ
dc.subjectArfcs_CZ
dc.subjectPDBcs_CZ
dc.subjectUniprotcs_CZ
dc.subjectMSAcs_CZ
dc.subjectConsurfcs_CZ
dc.subjectSca5cs_CZ
dc.subjectP2RANKcs_CZ
dc.subjectkonzervovanostcs_CZ
dc.subjectvariabilitacs_CZ
dc.subjectligandcs_CZ
dc.subjectSmall GTPasesen_US
dc.subjectRhoen_US
dc.subjectRasen_US
dc.subjectRaben_US
dc.subjectRanen_US
dc.subjectArfen_US
dc.subjectPDBen_US
dc.subjectUniproten_US
dc.subjectMSAen_US
dc.subjectConsurfen_US
dc.subjectSca5en_US
dc.subjectP2RANKen_US
dc.subjectconserveden_US
dc.subjectvariabilityen_US
dc.subjectliganden_US
dc.titleStrukturně- a sekvenčně-závislá identifikace funkčně významných aminokyselin v proteinové rodině.cs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-09-16
dc.description.departmentDepartment of Cell Biologyen_US
dc.description.departmentKatedra buněčné biologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId144515
dc.title.translatedStructure- and sequence-based identification of functionally important amino acids in a protein familyen_US
dc.contributor.refereePleskot, Roman
dc.identifier.aleph002029054
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBuněčná a vývojová biologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineCellular and Developmental Biologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Cell Biologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBuněčná a vývojová biologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enCellular and Developmental Biologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVelmi dobřecs_CZ
thesis.grade.enVery gooden_US
uk.abstract.csSkupina malých GTPáz tvoří přes dvacet proteinových rodin v super třídě P-loop a má v buňce velmi rozličné funkce. Malé GTPázy regulují tvorbu vezikulárních váčků, cytoskelet a jaderný transport. Podílejí se též na buněčné proliferaci a signalizaci. Cílem mé práce je nalézt významné aminokyseliny, které rodiny definují a navzájem od sebe odlišují. Zaměřuji se na rodiny Arf, Rab, Ran, Ras a Rho. U rodiny Rho se dále věnuji třídám Rho, Rac a Cdc42. Aminokyseliny budou identifikovány za pomoci vybraných bioinformatických programů Consurf a Sca5. Cílem je také otestovat specializovaný nástroj P2RANK vyvinutý na MFF UK Praha, který predikuje vazebná místa pro ligandy v jednotlivých rodinách. Nalezené aminokyseliny mohou mít velkou úlohu ve funkční divergenci jednotlivých rodin a tříd malých GTPáz a mohou být základem pro další studii věnující se např. rakovinnému bujení v buňkách. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)cs_CZ
uk.abstract.enA group of small GTPases consist of over twenty protein families in the super class P-loop. It has a very diverse cell functions. Small GTPases regulate the formation of vesicular follicles, cytoskeleton and nuclear transport. They participate also on cell proliferation and signaling. The aim of my work is to find important amino acids that define family and distinguish each other. I focus on families Arf, Rab, Ran, Ras and Rho. At the Rho family I am also devoted to classes Rho, Rac and Cdc42. Amino acids are identified using bioinformatic programs selected Consurf and Sca5. The objective is also to test P2RANK specialized tool developed at the Charles University in Prague that predict ligand binding sites from protein structure in different families. Founding amino acids can have a big role in the functional divergence of individual families and classes of small GTPases and can be the basis for future study example for the proliferation of cancerous cells. 1.1 Keywords Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologiecs_CZ
dc.identifier.lisID990020290540106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV