Show simple item record

Computer predictions of cell movement
dc.creatorBednář, Vojtěch
dc.date.accessioned2021-05-25T09:50:35Z
dc.date.available2021-05-25T09:50:35Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/73296
dc.description.abstractNázev práce: Počítačové predikce pohybu buněk Autor: Vojtěch Bednář Katedra (ústav): Katedra aplikované matematiky Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. e-mail vedoucího: zdenek@kam.mff.cuni.cz Abstrakt: Práce se zabývá počítačovým modelováním činnosti buněk s důrazem na simulaci dynamiky vytváření buněčných struktur. Základem našeho modelu je zygotický graf, určující chování buňky v závislodsti na okolním látkovém prostředí, který je rozšířen o definici pohybu buňky ve směru nejvyšší koncentrace nejvíce viděné látky. Je modelově zkoumána diferenciace homogenních tkání a růst vlásečnic. Součástí práce je program koncipovaný jako virtuální laboratoř. Zkušenost pramenící z virtuálních pokusů poskytuje uživateli vhodný rámec pro porozumění danému tématu. Práce mimo jiné ukazuje, že množství diferencovaných buněk a potažmo tkání vzniklých z jedné primární je regulovatelné kvantitativní změnou jednoho parametru zygotického grafu. Dále se ukazuje, že dvojrozměrné uspořádání buněk v homogenní tkáni je určitým způsobem přirozenější pro diferenciaci, než jednorozměrné. Nakonec je pozorováno, že pohlcování látek buňkami z prostředí má alespoň v modelu důležitý vliv na správný vývoj sítě vlásečnic. Klíčová slova: buňka, simulace, zygotický graf, virtuální laboratoř 1cs_CZ
dc.description.abstractTitle: Computer predictions of cell movement Author: Vojtěch Bednář Department: Department of Applied Mathematics Supervisor: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. Supervisor's e-mail address: zdenek@kam.mff.cuni.cz Abstract: This work is focused on computer modelling of cells' behavior. Emphasis is layed on dynamics of cell structures creation. Our model is based on so called zygotic graph, which defines production of ligands by the cell in respose to it's chemical environment. This graph is widened with cell movement definition in direction of the highest concentration of the most seen substance. There are two topics modelled. Differentiation of homogenous tissues and angiogenesis. Part of the work is a simulation program. Experiences with performing of virtual experiments in it gives to the user a suitable frame of understanding of given topic. We show, that the number of isolated differentiated cells could be regulated by one quantitative parameter. Next, it seems, that a two - dimensional layout of a homogenous tissue could be in particular sense more suitable for differentiation, than in one - dimensional case. The work also allows us to see that consumption of environmental chemical supstances by cells could have an important influence on correct micro - vessel network buildup. Keywords: cell, simulation,...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectcellen_US
dc.subjectsimulationen_US
dc.subjectvirtual laboratoryen_US
dc.subjectzygotic graphen_US
dc.subjectbuňkacs_CZ
dc.subjectsimulacecs_CZ
dc.subjectzygotický grafcs_CZ
dc.subjectvirtuální laboratořcs_CZ
dc.titlePočítačové predikace pohybu buněkcs_CZ
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-01-28
dc.description.departmentKatedra aplikované matematikycs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Applied Mathematicsen_US
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.identifier.repId154674
dc.title.translatedComputer predictions of cell movementen_US
dc.contributor.refereeMrázová, Iveta
dc.identifier.aleph001925128
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineTeoretická informatikacs_CZ
thesis.degree.disciplineTheoretical Computer Scienceen_US
thesis.degree.programComputer Scienceen_US
thesis.degree.programInformatikacs_CZ
uk.thesis.typerigorózní prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra aplikované matematikycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Applied Mathematicsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csTeoretická informatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enTheoretical Computer Scienceen_US
uk.degree-program.csInformatikacs_CZ
uk.degree-program.enComputer Scienceen_US
thesis.grade.csNeprospěl/acs_CZ
thesis.grade.enFailen_US
uk.abstract.csNázev práce: Počítačové predikce pohybu buněk Autor: Vojtěch Bednář Katedra (ústav): Katedra aplikované matematiky Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. e-mail vedoucího: zdenek@kam.mff.cuni.cz Abstrakt: Práce se zabývá počítačovým modelováním činnosti buněk s důrazem na simulaci dynamiky vytváření buněčných struktur. Základem našeho modelu je zygotický graf, určující chování buňky v závislodsti na okolním látkovém prostředí, který je rozšířen o definici pohybu buňky ve směru nejvyšší koncentrace nejvíce viděné látky. Je modelově zkoumána diferenciace homogenních tkání a růst vlásečnic. Součástí práce je program koncipovaný jako virtuální laboratoř. Zkušenost pramenící z virtuálních pokusů poskytuje uživateli vhodný rámec pro porozumění danému tématu. Práce mimo jiné ukazuje, že množství diferencovaných buněk a potažmo tkání vzniklých z jedné primární je regulovatelné kvantitativní změnou jednoho parametru zygotického grafu. Dále se ukazuje, že dvojrozměrné uspořádání buněk v homogenní tkáni je určitým způsobem přirozenější pro diferenciaci, než jednorozměrné. Nakonec je pozorováno, že pohlcování látek buňkami z prostředí má alespoň v modelu důležitý vliv na správný vývoj sítě vlásečnic. Klíčová slova: buňka, simulace, zygotický graf, virtuální laboratoř 1cs_CZ
uk.abstract.enTitle: Computer predictions of cell movement Author: Vojtěch Bednář Department: Department of Applied Mathematics Supervisor: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. Supervisor's e-mail address: zdenek@kam.mff.cuni.cz Abstract: This work is focused on computer modelling of cells' behavior. Emphasis is layed on dynamics of cell structures creation. Our model is based on so called zygotic graph, which defines production of ligands by the cell in respose to it's chemical environment. This graph is widened with cell movement definition in direction of the highest concentration of the most seen substance. There are two topics modelled. Differentiation of homogenous tissues and angiogenesis. Part of the work is a simulation program. Experiences with performing of virtual experiments in it gives to the user a suitable frame of understanding of given topic. We show, that the number of isolated differentiated cells could be regulated by one quantitative parameter. Next, it seems, that a two - dimensional layout of a homogenous tissue could be in particular sense more suitable for differentiation, than in one - dimensional case. The work also allows us to see that consumption of environmental chemical supstances by cells could have an important influence on correct micro - vessel network buildup. Keywords: cell, simulation,...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra aplikované matematikycs_CZ
thesis.grade.codeN
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusN


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV