Show simple item record

Analysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing.
dc.contributor.advisorJílek, Petr
dc.creatorZelníková, Jana
dc.date.accessioned2017-05-27T03:26:44Z
dc.date.available2017-05-27T03:26:44Z
dc.date.issued2014
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/67493
dc.description.abstractJana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,...cs_CZ
dc.description.abstractJana Zelníková Analysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing Thesis Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Background: The aim of this work was to use the SIV infection in macaques (the only available model of human HIV infection) to show potential differences in MHC I haplotypes in macaques experimentally infected with SIVmac239 (or SHIV clade C) and their correlation with low or high viral loads, using pyrosequencing. Methods: The RNA samples from leukocytes from experimental macaques were reversely transcribed into cDNA and subjected to PCR of the 190 bp fragment of MHC I using fusion primers containing MIDs and FastStart High Fidelity Taq DNA polymerase. Subsequently the PCR generated samples were subjected to pyrosequencing using GS Junior System (Roche) according to the manufacturer`s protocol. The generated data were analyzed by a series of data filtration steps using scripts in Python and subsequently by DNAStar Lasergene 11. Final alleles were identified by ncbi-blast+ 2.25. Results: A total of 98 known aleles and 11 new aleles of MHC class I were found. The analysis identified those aleles, which correlate with fast or slow disease course. The aleles associated with slow...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Královécs_CZ
dc.titleVyužití deep-sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity.cs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2014
dcterms.dateAccepted2014-06-05
dc.description.departmentDepartment of Biological and Medical Sciencesen_US
dc.description.departmentKatedra biologických a lékařských vědcs_CZ
dc.description.facultyFarmaceutická fakulta v Hradci Královécs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Pharmacy in Hradec Královéen_US
dc.identifier.repId130135
dc.title.translatedAnalysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing.en_US
dc.contributor.refereeČervený, Lukáš
dc.identifier.aleph001781385
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelmagisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineFarmaciecs_CZ
thesis.degree.disciplinePharmacyen_US
thesis.degree.programFarmaciecs_CZ
thesis.degree.programPharmacyen_US
uk.faculty-name.csFarmaceutická fakulta v Hradci Královécs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Pharmacy in Hradec Královéen_US
uk.faculty-abbr.csFaFcs_CZ
uk.degree-discipline.csFarmaciecs_CZ
uk.degree-discipline.enPharmacyen_US
uk.degree-program.csFarmaciecs_CZ
uk.degree-program.enPharmacyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csJana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,...cs_CZ
uk.abstract.enJana Zelníková Analysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing Thesis Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Background: The aim of this work was to use the SIV infection in macaques (the only available model of human HIV infection) to show potential differences in MHC I haplotypes in macaques experimentally infected with SIVmac239 (or SHIV clade C) and their correlation with low or high viral loads, using pyrosequencing. Methods: The RNA samples from leukocytes from experimental macaques were reversely transcribed into cDNA and subjected to PCR of the 190 bp fragment of MHC I using fusion primers containing MIDs and FastStart High Fidelity Taq DNA polymerase. Subsequently the PCR generated samples were subjected to pyrosequencing using GS Junior System (Roche) according to the manufacturer`s protocol. The generated data were analyzed by a series of data filtration steps using scripts in Python and subsequently by DNAStar Lasergene 11. Final alleles were identified by ncbi-blast+ 2.25. Results: A total of 98 known aleles and 11 new aleles of MHC class I were found. The analysis identified those aleles, which correlate with fast or slow disease course. The aleles associated with slow...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication-placeHradec Královécs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských vědcs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV