Show simple item record

Návrh efektivní generické molekulární reprezentace
dc.contributor.advisorHoksza, David
dc.creatorŠkoda, Petr
dc.date.accessioned2017-05-27T03:19:05Z
dc.date.available2017-05-27T03:19:05Z
dc.date.issued2014
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/67455
dc.description.abstractScreening chemických knihoven je důležitou součástí výzkumu léčiv. Existující chemické knihovny obsahují miliony sloučenin. Screening v takovém rozsahu je velice nákladný, z tohoto důvodu je často používáno virtuálního screeningu. Existuje několik variant virtuálního screeningu, ligand-based virtual screening je jednou z nich. Využívá podobnosti screenovaných sloučenin ke známým sloučeninám. Na výsledky virutálního screeningu má vliv nejen použitá podobnostní metoda, ale také zvolená reprezentace chemických sloučenin. V této práci prezentujeme reprezentaci chemických sloučenin založenou na fingerprintech. Naše reprezentace využívá fragmentů chemické sloučeniny k její reprezentaci jakožto celku. Každý fragment je reprezentován fyzikálně-chemickými vlastnostmi. Reprezentace je vysoce parametrizovatelá a to zejména v oblasti výběru fyzikálně-chemických vlastností a jejich aplikace. Pro otestování naší reprezentace jsme využili existujícího frameworku pro benchmark virtuálních screeningů. Výsledky ukázaly, že naše reprezentace je srovnatelná s nejlepšími existujícími, navíc na některých datasetech dosáhla nejlepších výsledků.cs_CZ
dc.description.abstractThe screening of chemical libraries is an important step in the drug discovery process. The existing chemical libraries contain up to millions of compounds. As the screening at such scale is expensive, the virtual screening is often utilized. There exist several variants of virtual screening and ligand- based virtual screening is one of them. It utilizes the similarity of screened chemical compounds to known compounds. Besides the employed similarity measure, another aspect greatly influencing the performance of ligand-based virtual screening is the chosen chemical compound representation. In this thesis, we introduce a fragment-based representation of chemical compounds. Our representation utilizes fragments to represent a compound. Each fragment is represented by its physicochemical descriptors. The representation is highly parameterizable, especially in the area of physicochemical descriptors selection and application. In order to test the performance of our method, we utilized an existing framework for virtual screening benchmarking. The results show that our method is comparable to the best existing approaches and on some datasets it outperforms them.en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectchemická informatika;molekulární reprezentacecs_CZ
dc.subjectpodobnostní modelovánícs_CZ
dc.subjectchemical informaticsen_US
dc.subjectmolecular representationen_US
dc.subjectsimilarity modelingen_US
dc.titleNávrh efektivní generické molekulární reprezentaceen_US
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2014
dcterms.dateAccepted2014-05-26
dc.description.departmentDepartment of Software Engineeringen_US
dc.description.departmentKatedra softwarového inženýrstvícs_CZ
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.identifier.repId143162
dc.title.translatedNávrh efektivní generické molekulární reprezentacecs_CZ
dc.contributor.refereeMráz, František
dc.identifier.aleph001778243
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineSoftwarové systémycs_CZ
thesis.degree.disciplineSoftware Systemsen_US
thesis.degree.programInformatikacs_CZ
thesis.degree.programComputer Scienceen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra softwarového inženýrstvícs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Software Engineeringen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csSoftwarové systémycs_CZ
uk.degree-discipline.enSoftware Systemsen_US
uk.degree-program.csInformatikacs_CZ
uk.degree-program.enComputer Scienceen_US
thesis.grade.csDobřecs_CZ
thesis.grade.enGooden_US
uk.abstract.csScreening chemických knihoven je důležitou součástí výzkumu léčiv. Existující chemické knihovny obsahují miliony sloučenin. Screening v takovém rozsahu je velice nákladný, z tohoto důvodu je často používáno virtuálního screeningu. Existuje několik variant virtuálního screeningu, ligand-based virtual screening je jednou z nich. Využívá podobnosti screenovaných sloučenin ke známým sloučeninám. Na výsledky virutálního screeningu má vliv nejen použitá podobnostní metoda, ale také zvolená reprezentace chemických sloučenin. V této práci prezentujeme reprezentaci chemických sloučenin založenou na fingerprintech. Naše reprezentace využívá fragmentů chemické sloučeniny k její reprezentaci jakožto celku. Každý fragment je reprezentován fyzikálně-chemickými vlastnostmi. Reprezentace je vysoce parametrizovatelá a to zejména v oblasti výběru fyzikálně-chemických vlastností a jejich aplikace. Pro otestování naší reprezentace jsme využili existujícího frameworku pro benchmark virtuálních screeningů. Výsledky ukázaly, že naše reprezentace je srovnatelná s nejlepšími existujícími, navíc na některých datasetech dosáhla nejlepších výsledků.cs_CZ
uk.abstract.enThe screening of chemical libraries is an important step in the drug discovery process. The existing chemical libraries contain up to millions of compounds. As the screening at such scale is expensive, the virtual screening is often utilized. There exist several variants of virtual screening and ligand- based virtual screening is one of them. It utilizes the similarity of screened chemical compounds to known compounds. Besides the employed similarity measure, another aspect greatly influencing the performance of ligand-based virtual screening is the chosen chemical compound representation. In this thesis, we introduce a fragment-based representation of chemical compounds. Our representation utilizes fragments to represent a compound. Each fragment is represented by its physicochemical descriptors. The representation is highly parameterizable, especially in the area of physicochemical descriptors selection and application. In order to test the performance of our method, we utilized an existing framework for virtual screening benchmarking. The results show that our method is comparable to the best existing approaches and on some datasets it outperforms them.en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra softwarového inženýrstvícs_CZ
dc.identifier.lisID990017782430106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV