Show simple item record

In silico screening inhibitotů SIRT6
dc.contributor.advisorDoležal, Martin
dc.creatorKučera, Tomáš
dc.date.accessioned2021-03-26T18:32:08Z
dc.date.available2021-03-26T18:32:08Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/63705
dc.description.abstractNázev práce: In silico screening inhibitorů SIRT6 Autor: Tomáš Kučera Katedra: Katedra farmaceutické chemie a kontroly léčiv Vedoucí diplomové práce: prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Školitel-specialista: Maija Lahtela-Kakkonen, Ph.D. Abstrakt: SIRT6 je nazýván NAD-dependentní protein deacetylasa sirtuin-6 a je členem proteinové rodiny sirtuinů. Moduluje acetylaci histonu H3 (klinicky důležitých Lys9 a Lys56). SIRT6 je zajímavým cílem léčiv vzhledem k jeho roli při replikaci DNA, glykolýze a zánětu - proto je vývoj inhibitorů SIRT6 významný v souvislosti s diabetes mellitus, artritidou a rakovinou. Cílem práce bylo najít nové molekuly inhibující deacetylační aktivitu SIRT6 za využití metod výpočetní chemie a molekulového modelování. Snažili jsme se najít zejména nové struktury, které by bylo možné optimalizovat v dalších fázích cesty za léčivem. Jako vstupní data bylo použito 9 inhibitorů a krystalová struktura SIRT6 (PDB kód 3K35). Ze skupiny metod založených na ligandech byly vybrány farmakofor a chemická podobnost, z metod založených na struktuře to pak byl molekulový dock- ing. Farmakofor byl definován po strukturálním srovnání čtyř známých ligandů a testován na souboru ligandů a neligandů. Jako vzor...cs_CZ
dc.description.abstractTitle: In silico screening of SIRT6 inhibitors Author: Tomáš Kučera Department: Department of Pharmaceutical Chemistry and Drug Control Supervisor: prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Specialized supervisor: Maija Lahtela-Kakkonen, Ph.D. Abstract: SIRT6 is called NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 and it is a member of sirtuin protein family. It modulates acetylation of histone H3 (clinically important Lys9 and Lys56). The SIRT6 enzyme is an interesting drug target because of its role in DNA replication, glycolysis and inflammation - that is why the design of SIRT6 inhibitors is relevant in context of diabetes mellitus, arthritis and cancer. The aim of the work was to identify small molecules to inhibit deacetylase activity of SIRT6 using methods of computational chemistry and molecular modeling. We tried to find new lead structures with possibility to be optimized in next phases of the drug discovery process. The 9 known inhibitors and crystal structure of SIRT6 (PDB code 3K35) were used as input data during the modeling. Pharmacophoric and chemical similarity searches were selected from the group of ligand-based methods and molecular dock- ing from the group of structure-based methods. The pharmacophore was defined after structural alignment of four known ligands and tested on set of...en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Královécs_CZ
dc.titleIn silico screening of SIRT6 inhibitorsen_US
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-06-02
dc.description.departmentKatedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzycs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysisen_US
dc.description.facultyFarmaceutická fakulta v Hradci Královécs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Pharmacy in Hradec Královéen_US
dc.identifier.repId163192
dc.title.translatedIn silico screening inhibitotů SIRT6cs_CZ
dc.contributor.refereeHolas, Ondřej
dc.identifier.aleph002003793
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelmagisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplinePharmacyen_US
thesis.degree.disciplineFarmaciecs_CZ
thesis.degree.programFarmaciecs_CZ
thesis.degree.programPharmacyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csFarmaceutická fakulta v Hradci Králové::Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Pharmacy in Hradec Králové::Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysisen_US
uk.faculty-name.csFarmaceutická fakulta v Hradci Královécs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Pharmacy in Hradec Královéen_US
uk.faculty-abbr.csFaFcs_CZ
uk.degree-discipline.csFarmaciecs_CZ
uk.degree-discipline.enPharmacyen_US
uk.degree-program.csFarmaciecs_CZ
uk.degree-program.enPharmacyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csNázev práce: In silico screening inhibitorů SIRT6 Autor: Tomáš Kučera Katedra: Katedra farmaceutické chemie a kontroly léčiv Vedoucí diplomové práce: prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Školitel-specialista: Maija Lahtela-Kakkonen, Ph.D. Abstrakt: SIRT6 je nazýván NAD-dependentní protein deacetylasa sirtuin-6 a je členem proteinové rodiny sirtuinů. Moduluje acetylaci histonu H3 (klinicky důležitých Lys9 a Lys56). SIRT6 je zajímavým cílem léčiv vzhledem k jeho roli při replikaci DNA, glykolýze a zánětu - proto je vývoj inhibitorů SIRT6 významný v souvislosti s diabetes mellitus, artritidou a rakovinou. Cílem práce bylo najít nové molekuly inhibující deacetylační aktivitu SIRT6 za využití metod výpočetní chemie a molekulového modelování. Snažili jsme se najít zejména nové struktury, které by bylo možné optimalizovat v dalších fázích cesty za léčivem. Jako vstupní data bylo použito 9 inhibitorů a krystalová struktura SIRT6 (PDB kód 3K35). Ze skupiny metod založených na ligandech byly vybrány farmakofor a chemická podobnost, z metod založených na struktuře to pak byl molekulový dock- ing. Farmakofor byl definován po strukturálním srovnání čtyř známých ligandů a testován na souboru ligandů a neligandů. Jako vzor...cs_CZ
uk.abstract.enTitle: In silico screening of SIRT6 inhibitors Author: Tomáš Kučera Department: Department of Pharmaceutical Chemistry and Drug Control Supervisor: prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Specialized supervisor: Maija Lahtela-Kakkonen, Ph.D. Abstract: SIRT6 is called NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 and it is a member of sirtuin protein family. It modulates acetylation of histone H3 (clinically important Lys9 and Lys56). The SIRT6 enzyme is an interesting drug target because of its role in DNA replication, glycolysis and inflammation - that is why the design of SIRT6 inhibitors is relevant in context of diabetes mellitus, arthritis and cancer. The aim of the work was to identify small molecules to inhibit deacetylase activity of SIRT6 using methods of computational chemistry and molecular modeling. We tried to find new lead structures with possibility to be optimized in next phases of the drug discovery process. The 9 known inhibitors and crystal structure of SIRT6 (PDB code 3K35) were used as input data during the modeling. Pharmacophoric and chemical similarity searches were selected from the group of ligand-based methods and molecular dock- ing from the group of structure-based methods. The pharmacophore was defined after structural alignment of four known ligands and tested on set of...en_US
uk.file-availabilityP
uk.grantorUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzycs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantMusílek, Kamil
uk.publication-placeHradec Královécs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO
dc.identifier.lisID990020037930106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV