Characterization of Archaea and Bacteria from hypersaline habitats

Abstract

Kandidát: Ester Dohnálková Název diplomové práce: Charakterizace archeí a bakterií z hypersalinních stanovišť Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd University of Sevilla, Faculty of Pharmacy Department of Microbiology and Parasitology Studijní program: Farmacie Cíl této práce je characterizace devíti archeí a jedné bakterie. Mikroorganismy, se kterými jsem pracovala, jsou halofily, pro níchž je sůl esenciální nutricient a vyžadují její vysokou koncentraci. Mikroorganismy byly izolovány z několika hypersalinních stanovišt ve Španělsku a Jižní Africe. Vzorky ze skupiny archeí vykazovaly příbuznost se skupinou Halorubrum a bakterie se skupinou Aquisalimonas. Práce zahrnuje kompletní charakterizaci založené na fylogenetické, fenotypické, chemotaxonomické a genotypické analýze vzorků. Kompletní sekvence 16S rRNA devíti haloarcheí ukazuje podobnost s druhem Halorubrum chaviator (podobnost mezi 99.2 až 100 %). Fenotypicky mají velice blízké znaky a také profil polárních lipidů byl stějný. V případě nové halofilní bakterie bylo mnoho fenotypických znaků odlišných, předpokládá se, že tento vzorek by mohl reprezentovat nový druh.

Candidate: Ester Dohnálková Title of diploma thesis: Characterization of Archaea and Bacteria from hypersaline habitats Charles University of Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Kralove Department of Biological and Medicinal Sciences University of Sevilla, Faculty of Pharmacy Department of Microbiology and Parasitology Study program: Pharmacy The aim of this project is the characterization of nine archaea and one bacterium. These microorganisms are halophilic, salt is their essential nutrient and require high concentration of salt. The archaea and the bacterium were isolated from several hypersaline habitats in Spain and South Africa. Strains constitute a group of Archaea, related to the genus Halorubrum and the bacterium related to the genus Aquisalimonas. The study included a complete characterization based on phylogenetic analysis, phenotypic characterization, chemotaxonomic analysis and genotypic characterization of these strains. The comparison of the complete 16S rRNA gene sequence of nine haloarchaeal showed that they were related to the species Halorubrum chaoviator (with similarities of 99.2 to 100 %). Phenotypically they showed very similar features. Also their polar lipids profile was similar. With respect to the new halophilic bacterium several phenotypic features were found to be...