Show simple item record

Composition and activity of microbial communities in soil contaminated by heavy metals
dc.contributor.advisorKopecký, Jan
dc.creatorPrůchová, Pavla
dc.date.accessioned2017-05-26T13:51:58Z
dc.date.available2017-05-26T13:51:58Z
dc.date.issued2014
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/63260
dc.description.abstractDiplomová práce je zaměřena na změny v mikrobiálním společenstvu v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy. Na Příbramsku byly vybrány dvě lokality s různým stupněm zatížení. U vzorků půdy byla měřena respirační aktivita in vitro s přídavky různých zdrojů uhlíku a různých koncentrací kadmia. Hodnoty respirace ukázaly, že i při koncentraci kadmia 1000 mg.kg-1 je společenstvo životaschopné a přídavky substrátů ještě respiraci zvýšily. Ze vzorků půdy byla izolována environmentální DNA a byl amplifikován gen pro 16S rRNA aktinobakterií. Analýza polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu ukázala jasný rozdíl mezi profily obou lokalit. U vzorků s přídavky substrátů došlo k různě výrazným posunům v profilu společenstva. Byla provedena kvantifikace celkových bakterií a aktinobakterií metodou kvantitativní PCR, na základě amplifikace části genu pro 16S rRNA. Ve více zatížené lokalitě je o něco více bakterií, ale téměř dvojnásobek aktinobakterií než v méně kontaminované lokalitě. Sekvenování amplikonů části genu pro 16S rRNA na platformě firmy Illumina ukázalo zvýšení podílu aktinobakterií a změny struktury jejich společenstva u více kontaminované lokality. Výsledkem je zjištění, že vyšší dlouhodobá kontaminace těžkými kovů zvyšuje respirační aktivitu i při navození stresových podmínek přídavkem kadmia...cs_CZ
dc.description.abstractThe thesis focuses on studying changes of microbial communities living in the soil contaminated by heavy metals. Two sites with different degree of contamination were selected in the Příbram area. Respiration was measured in vitro in the soil samples supplemented with various carbon sources and different concentration of cadmium. The respiration showed that even at cadmium concentration of 1000 mg.kg-1 the community is viable and capable of utilization of substrates while increasing the respiration rate. Enviromental DNA from soil samples was isolated and 16S rRNA gene of actinobacteria was amplified. The terminal restriction fragment length polymorphism analysis showed a clear difference between the profiles of both sites. The shifts in the community profiles were observed also after the addition of substrates. The quantification of total bacteria and actinobacteria was performed by quantitative PCR based on amplification of part of the 16S rRNA gene. The more contaminated site contained slightly more bacteria, but almost twice the actinobacteria than the less contaminated one. The sequencing of amplicons of a part of 16S rRNA gene by Illumina showed an increase in proportion of actinobacteria and changes of their community structure in the more contaminated site. The conclusion was made that, high...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectaktinobakteriecs_CZ
dc.subjecttěžké kovycs_CZ
dc.subjectrespiracecs_CZ
dc.subjectT-RFLPcs_CZ
dc.subjectkvantitativní PCRcs_CZ
dc.subjectaktinobacteriaen_US
dc.subjectheavy metalsen_US
dc.subjectrespirationen_US
dc.subjectT-RFLPen_US
dc.subjectquantitative PCRen_US
dc.titleSložení a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě kontaminované těžkými kovycs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2014
dcterms.dateAccepted2014-06-10
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId130633
dc.title.translatedComposition and activity of microbial communities in soil contaminated by heavy metalsen_US
dc.contributor.refereeZikánová, Blanka
dc.identifier.aleph001782456
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMikrobiologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineMicrobiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMikrobiologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMicrobiologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csDobřecs_CZ
thesis.grade.enGooden_US
uk.abstract.csDiplomová práce je zaměřena na změny v mikrobiálním společenstvu v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy. Na Příbramsku byly vybrány dvě lokality s různým stupněm zatížení. U vzorků půdy byla měřena respirační aktivita in vitro s přídavky různých zdrojů uhlíku a různých koncentrací kadmia. Hodnoty respirace ukázaly, že i při koncentraci kadmia 1000 mg.kg-1 je společenstvo životaschopné a přídavky substrátů ještě respiraci zvýšily. Ze vzorků půdy byla izolována environmentální DNA a byl amplifikován gen pro 16S rRNA aktinobakterií. Analýza polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu ukázala jasný rozdíl mezi profily obou lokalit. U vzorků s přídavky substrátů došlo k různě výrazným posunům v profilu společenstva. Byla provedena kvantifikace celkových bakterií a aktinobakterií metodou kvantitativní PCR, na základě amplifikace části genu pro 16S rRNA. Ve více zatížené lokalitě je o něco více bakterií, ale téměř dvojnásobek aktinobakterií než v méně kontaminované lokalitě. Sekvenování amplikonů části genu pro 16S rRNA na platformě firmy Illumina ukázalo zvýšení podílu aktinobakterií a změny struktury jejich společenstva u více kontaminované lokality. Výsledkem je zjištění, že vyšší dlouhodobá kontaminace těžkými kovů zvyšuje respirační aktivitu i při navození stresových podmínek přídavkem kadmia...cs_CZ
uk.abstract.enThe thesis focuses on studying changes of microbial communities living in the soil contaminated by heavy metals. Two sites with different degree of contamination were selected in the Příbram area. Respiration was measured in vitro in the soil samples supplemented with various carbon sources and different concentration of cadmium. The respiration showed that even at cadmium concentration of 1000 mg.kg-1 the community is viable and capable of utilization of substrates while increasing the respiration rate. Enviromental DNA from soil samples was isolated and 16S rRNA gene of actinobacteria was amplified. The terminal restriction fragment length polymorphism analysis showed a clear difference between the profiles of both sites. The shifts in the community profiles were observed also after the addition of substrates. The quantification of total bacteria and actinobacteria was performed by quantitative PCR based on amplification of part of the 16S rRNA gene. The more contaminated site contained slightly more bacteria, but almost twice the actinobacteria than the less contaminated one. The sequencing of amplicons of a part of 16S rRNA gene by Illumina showed an increase in proportion of actinobacteria and changes of their community structure in the more contaminated site. The conclusion was made that, high...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.identifier.lisID990017824560106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV