Show simple item record

Characterization of Ms1, a newly identified small RNA from Mycobacterium smegmatis
dc.contributor.advisorKrásný, Libor
dc.creatorPospíšil, Jiří
dc.date.accessioned2017-05-26T13:14:25Z
dc.date.available2017-05-26T13:14:25Z
dc.date.issued2014
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/63059
dc.description.abstractÚvod: V poslední době stále roste zájem o regulaci genové exprese pomocí malých nekódujících RNA (sRNA). Jako první sRNA byla v 60. letech objevena 6S RNA u E. coli (délka ~184 nt). Trvalo ovšem dalších ~ 30 let než byla pochopena její funkce. 6S RNA se váže během stacionární fáze na RNA polymerázu (RNAP), obsahující faktor σ70 (primární faktor sigma) a tím je zabráněno transkripci ze σ70 - dependentních promotorů. V naší laboratoři byla objevena malá RNA (délka ~300 nt) ve stacionární fázi Mycobacterium smegmatis. Tato sRNA byla následně pojmenována jako Ms 1. Funkce Ms 1 je prozatím neznámá a předchozí experimenty naznačují, že by se mohla vázat na RNAP, neobsahující faktor sigma A. Cíle: Cílem této diplomové práce je přispět k charakterizaci Ms 1. Přístupy: Jako první jsem pomocí klonování, afinitní chromatografie a transkripce in vitro připravil komponenty pro následující experimenty in vitro: RNAP, σA , Ms 1 a její mutované varianty. Dále byly tyto komponenty použity ve vazebných pokusech na nativním gelu a v transkripčních experimentech. Výsledky: Byly připraveny RNAP, σA , Ms 1 a její varianty. In vitro vazebné testy ukázaly, že se wt Ms 1 váže na RNAP, na rozdíl od některých mutovaných Ms 1. Byly tak identifikovány oblasti Ms 1, důležité pro vazbu. Následně byl sestaven aktivní transkripční...cs_CZ
dc.description.abstractIntroduction: In recent years, there has been growing interest in regulation of gene expression by small non-coding RNA (sRNA). The first sRNA discovered in 1960s was 6S RNA from E. coli (length ~184 nt). It took ~ 30 years to obtain meaningful insights into its function. 6S RNA binds during stationary phase to RNA polymerase (RNAP) containing sigma factor 70 (primary sigma factor), thereby preventing transcription from σ70 - dependent promoters. In our laboratory we discovered a small RNA (length ~300 nt) in stationary phase of growht in Mycobacterium smegmatis. This sRNA was named Ms 1. The function of Ms 1 is uknown and preliminary experiments indicated that Ms 1may bind to RNAP that lacks σ factor (σA ). Goals: The aim of this Diploma project is to contribute to the characterization of Ms 1. Approaches: First, by molecular cloning, affinity chromatography and in vitro transcription I prepared the tools for subsequent experiments in vitro: RNAP, σA , Ms 1 and its mutated variants. Next, these tools were used for binding experiments on native gels and for transcription experiments. Results: RNAP, σA , Ms 1 and its variants were prepared. In vitro binding assays showed that wt Ms 1 but not a mutated variant of Ms 1 binds to RNAP. Using this assays were identified areas of Ms 1 that are important...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectMycobacterium smegmatiscs_CZ
dc.subjectMs 1cs_CZ
dc.subjectRNA polymerázacs_CZ
dc.subjectfaktor sigmacs_CZ
dc.subjectsRNAcs_CZ
dc.subjecttranskripcecs_CZ
dc.subjectMycobacterium smegmatisen_US
dc.subjectMs 1en_US
dc.subjectRNA polymeraseen_US
dc.subjectsigma factoren_US
dc.subjectsRNAen_US
dc.subjecttranscriptionen_US
dc.titleCharakterizace Ms1, nově identifikované malé RNA z Mycobacterium smegmatiscs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2014
dcterms.dateAccepted2014-06-10
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId130809
dc.title.translatedCharacterization of Ms1, a newly identified small RNA from Mycobacterium smegmatisen_US
dc.contributor.refereeLichá, Irena
dc.identifier.aleph001782441
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMikrobiologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineMicrobiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMikrobiologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMicrobiologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csÚvod: V poslední době stále roste zájem o regulaci genové exprese pomocí malých nekódujících RNA (sRNA). Jako první sRNA byla v 60. letech objevena 6S RNA u E. coli (délka ~184 nt). Trvalo ovšem dalších ~ 30 let než byla pochopena její funkce. 6S RNA se váže během stacionární fáze na RNA polymerázu (RNAP), obsahující faktor σ70 (primární faktor sigma) a tím je zabráněno transkripci ze σ70 - dependentních promotorů. V naší laboratoři byla objevena malá RNA (délka ~300 nt) ve stacionární fázi Mycobacterium smegmatis. Tato sRNA byla následně pojmenována jako Ms 1. Funkce Ms 1 je prozatím neznámá a předchozí experimenty naznačují, že by se mohla vázat na RNAP, neobsahující faktor sigma A. Cíle: Cílem této diplomové práce je přispět k charakterizaci Ms 1. Přístupy: Jako první jsem pomocí klonování, afinitní chromatografie a transkripce in vitro připravil komponenty pro následující experimenty in vitro: RNAP, σA , Ms 1 a její mutované varianty. Dále byly tyto komponenty použity ve vazebných pokusech na nativním gelu a v transkripčních experimentech. Výsledky: Byly připraveny RNAP, σA , Ms 1 a její varianty. In vitro vazebné testy ukázaly, že se wt Ms 1 váže na RNAP, na rozdíl od některých mutovaných Ms 1. Byly tak identifikovány oblasti Ms 1, důležité pro vazbu. Následně byl sestaven aktivní transkripční...cs_CZ
uk.abstract.enIntroduction: In recent years, there has been growing interest in regulation of gene expression by small non-coding RNA (sRNA). The first sRNA discovered in 1960s was 6S RNA from E. coli (length ~184 nt). It took ~ 30 years to obtain meaningful insights into its function. 6S RNA binds during stationary phase to RNA polymerase (RNAP) containing sigma factor 70 (primary sigma factor), thereby preventing transcription from σ70 - dependent promoters. In our laboratory we discovered a small RNA (length ~300 nt) in stationary phase of growht in Mycobacterium smegmatis. This sRNA was named Ms 1. The function of Ms 1 is uknown and preliminary experiments indicated that Ms 1may bind to RNAP that lacks σ factor (σA ). Goals: The aim of this Diploma project is to contribute to the characterization of Ms 1. Approaches: First, by molecular cloning, affinity chromatography and in vitro transcription I prepared the tools for subsequent experiments in vitro: RNAP, σA , Ms 1 and its mutated variants. Next, these tools were used for binding experiments on native gels and for transcription experiments. Results: RNAP, σA , Ms 1 and its variants were prepared. In vitro binding assays showed that wt Ms 1 but not a mutated variant of Ms 1 binds to RNAP. Using this assays were identified areas of Ms 1 that are important...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.identifier.lisID990017824410106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV