dc.contributor.advisor | Vondrášek, Jiří | |
dc.creator | Jakubec, Dávid | |
dc.date.accessioned | 2017-05-26T11:57:14Z | |
dc.date.available | 2017-05-26T11:57:14Z | |
dc.date.issued | 2015 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/62639 | |
dc.description.abstract | Interakční preference v komplexes protein - DNA Dávid Jakubec Abstrakt Interakce proteinů s DNA jsou základem mnoha esenciálních biologických pochodů. Navzdory dosavadním snahám se zatím nepodařilo kompletně objasnit pravidla řídící rozpoznávání specifických úseků nukleových kyselin proteiny. V této práci se pokouším prozkoumat proces rozpoznávání DNA rozdělením složité sítě kontaktů na rozhraní protein - DNA do příspěvků jednotlivých párů aminokyselina - nukleotid. Tyto páry byly získány z exis- tujících struktur protein - DNA komplexů ve vysokém rozlišení a zpracovány bioinformatickými metodami a nástroji výpočetné chemie. Nově jsem zavedl kritéria specificity sprahující pozorované geometrické preference s relativní energetickou bilancí párů. Aplikací těchto kritérií jsem rozšířil knihovnu párů aminokyselina - nukleotid které se mohou podílet na přímém rozpoznávání sekvence. S cílem prozkoumat fyzikální základy pozorované specificity jsem vypočítal mapy elektrostatických potenciálů pro jednotlivé nukleotidy a vy- brané komplexy. 1 | cs_CZ |
dc.description.abstract | Interaction preferences in protein - DNA complexes Dávid Jakubec Abstract Interactions of proteins with DNA lie at the basis of many fundamental bio- logical processes. Despite ongoing efforts, the rules governing the recognition of specific nucleic acid sequences have still not been universally elucidated. In this work, I attempt to explore the recognition process by splitting the intricate network of contacts at the protein - DNA interface into contribu- tions of individual amino acid - nucleotide pairs. These pairs are extracted from existing high-resolution structures of protein - DNA complexes and in- vestigated by bioinformatics and computational-chemistry based methods. Criteria of specificity based on the coupling of observed geometrical prefer- ences and the respective interaction energies are introduced. The application of these criteria is used to expand the library of amino acid - nucleotide pairs potentially significant for direct sequence recognition. Electrostatic poten- tial maps are calculated for individual nucleotides as well as for selected complexes to investigate the physical basis of the observed specificity. 1 | en_US |
dc.language | English | cs_CZ |
dc.language.iso | en_US | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.subject | mezimolekulové interakce | cs_CZ |
dc.subject | bioinformatické metody | cs_CZ |
dc.subject | molekulové modelování | cs_CZ |
dc.subject | analýza struktury biomolekul | cs_CZ |
dc.subject | selektivita a specificita | cs_CZ |
dc.subject | interakční energie | cs_CZ |
dc.subject | elektrostatické potenciály | cs_CZ |
dc.subject | intermolecular interactions | en_US |
dc.subject | bioinformatic methods | en_US |
dc.subject | molecular modelling | en_US |
dc.subject | structural analysis of biomolecules | en_US |
dc.subject | selectivity and specificity | en_US |
dc.subject | interaction energy | en_US |
dc.subject | electrostatic potentials | en_US |
dc.title | Interaction preferences in protein - DNA complexes | en_US |
dc.type | diplomová práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2015 | |
dcterms.dateAccepted | 2015-05-27 | |
dc.description.department | Department of Biochemistry | en_US |
dc.description.department | Katedra biochemie | cs_CZ |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.identifier.repId | 144402 | |
dc.title.translated | Interakční preference v komplexech protein - DNA. | cs_CZ |
dc.contributor.referee | Berka, Karel | |
dc.identifier.aleph | 002005677 | |
thesis.degree.name | Mgr. | |
thesis.degree.level | navazující magisterské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Modelování chemických vlastností nano- a biostruktur | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures | en_US |
thesis.degree.program | Chemie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Chemistry | en_US |
uk.thesis.type | diplomová práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra biochemie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Biochemistry | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | Modelování chemických vlastností nano- a biostruktur | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures | en_US |
uk.degree-program.cs | Chemie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Chemistry | en_US |
thesis.grade.cs | Výborně | cs_CZ |
thesis.grade.en | Excellent | en_US |
uk.abstract.cs | Interakční preference v komplexes protein - DNA Dávid Jakubec Abstrakt Interakce proteinů s DNA jsou základem mnoha esenciálních biologických pochodů. Navzdory dosavadním snahám se zatím nepodařilo kompletně objasnit pravidla řídící rozpoznávání specifických úseků nukleových kyselin proteiny. V této práci se pokouším prozkoumat proces rozpoznávání DNA rozdělením složité sítě kontaktů na rozhraní protein - DNA do příspěvků jednotlivých párů aminokyselina - nukleotid. Tyto páry byly získány z exis- tujících struktur protein - DNA komplexů ve vysokém rozlišení a zpracovány bioinformatickými metodami a nástroji výpočetné chemie. Nově jsem zavedl kritéria specificity sprahující pozorované geometrické preference s relativní energetickou bilancí párů. Aplikací těchto kritérií jsem rozšířil knihovnu párů aminokyselina - nukleotid které se mohou podílet na přímém rozpoznávání sekvence. S cílem prozkoumat fyzikální základy pozorované specificity jsem vypočítal mapy elektrostatických potenciálů pro jednotlivé nukleotidy a vy- brané komplexy. 1 | cs_CZ |
uk.abstract.en | Interaction preferences in protein - DNA complexes Dávid Jakubec Abstract Interactions of proteins with DNA lie at the basis of many fundamental bio- logical processes. Despite ongoing efforts, the rules governing the recognition of specific nucleic acid sequences have still not been universally elucidated. In this work, I attempt to explore the recognition process by splitting the intricate network of contacts at the protein - DNA interface into contribu- tions of individual amino acid - nucleotide pairs. These pairs are extracted from existing high-resolution structures of protein - DNA complexes and in- vestigated by bioinformatics and computational-chemistry based methods. Criteria of specificity based on the coupling of observed geometrical prefer- ences and the respective interaction energies are introduced. The application of these criteria is used to expand the library of amino acid - nucleotide pairs potentially significant for direct sequence recognition. Electrostatic poten- tial maps are calculated for individual nucleotides as well as for selected complexes to investigate the physical basis of the observed specificity. 1 | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.publication.place | Praha | cs_CZ |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemie | cs_CZ |
dc.identifier.lisID | 990020056770106986 | |