Vizualizace sekundární struktury RNA molekul

Abstract

Název práce: Vizualizace sekundární struktury RNA molekul Autor: Tomáš Kadlec Katedra: Katedra softwarového inženýrství Vedoucí bakalářské práce: RNDr. David Hoksza, Ph.D. Abstrakt: Díky vědeckým poznatkům v posledních letech roste význam studia RNA řetězců. Tyto struktury jsou v biologických pochodech významější než se předpokládalo. Výsledkem je nárůstající potřeba po vizualizačních nástrojích sekundární struktury RNA. Výskyt tzv. pseudouzlů významě ztěžuje náročnost takové úlohy. Práce se zabývá vizualizací RNA struktur za pomocí Force-directed algoritmů. Ve stručnosti je shrnut vývoj na poli těchto metod. V rámci práce je implementován vizualizační nástroj za použití jmenovaných algoritmů schopný exportu do vektorového formátu. Klíčová slova: RNA, sekundární struktura, vizualizace

Title: Visualisation of secondary structure of RNA molecules Author: Tomáš Kadlec Department: Department of Software Engineering Supervisor: RNDr. David Hoksza, Ph.D. Abstract: Because of recent scientific discoveries study of RNA structures is be- coming of greater importance. These structures are more important in biological processes than was originally assumed. Consequently there is a growing need for visualization tools for secondary structures of RNA. Occurrences of pseudoknots makes this problem significantly harder. Visualization of RNA structures throu- gh Force-directed algorithms is explored in this thesis. We summarize progress in the field of FDA and we implement visualization tool based on these algorithms. Resulting tool is also capable of exporting acquired layout to vector format. Keywords: RNA, secondary structure, visualization