Show simple item record

Bacterial REP elements: origins, variability and application.
dc.contributor.advisorLichá, Irena
dc.creatorNunvář, Jaroslav
dc.date.accessioned2019-05-03T16:50:40Z
dc.date.available2019-05-03T16:50:40Z
dc.date.issued2013
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/57954
dc.description.abstract4 ABSTRACT (English) This thesis is based on three published research papers studying bacterial REP (repetitive extragenic palindrome) elements. REP elements are one of the best-characterized groups of bacterial DNA repeats, distributed mostly in gammaproteobacteria, including enterobacteria. They are present in noncoding parts of host genomes, usually occurring in hundreds of copies. REPs are typically aggregated in higher order repeats. In the Gram-negative model Escherichia coli, interactions of several proteins important for cell's physiology with REPs were described, indicating significant role for these elements for host cells. The first work (Nunvar et al. 2010) presents the discovery of a protein class, related to IS200/IS605 transposases. These proteins, termed RAYTs (REP-associated tyrosine transposases), contain characteristic motifs in their amino acid sequences, which are absent in canonical IS200/IS605 transposases. Another attribute of RAYTs is the arrangement of their encoding genes. These are single copy genes, always flanked at both termini by at least two REPs in inverted orientation. Based on the similarity between the REP-rayt-REP unit and insertion sequences of the IS200/IS605 family, between RAYTs and tyrosine transposases and between REPs and subterminal sequences of the IS200/IS605...en_US
dc.description.abstract6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectPseudomonas fluorescenscs_CZ
dc.subjectStenotrophomonas maltophiliacs_CZ
dc.subjectREP elementcs_CZ
dc.subjectIS200cs_CZ
dc.subjectIS605cs_CZ
dc.subjectRAYTcs_CZ
dc.subjectSmrepPCRcs_CZ
dc.subjectgyrBcs_CZ
dc.subjectmolekulární fylogenetikacs_CZ
dc.subjectsrovnávací genomikacs_CZ
dc.subjectPseudomonas fluorescensen_US
dc.subjectStenotrophomonas maltophiliaen_US
dc.subjectREP elementen_US
dc.subjectIS200en_US
dc.subjectIS605en_US
dc.subjectRAYTen_US
dc.subjectSmrepPCRen_US
dc.subjectgyrBen_US
dc.subjectmolecular phylogeneticsen_US
dc.subjectcomparative genomicsen_US
dc.titleBakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.cs_CZ
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2013
dcterms.dateAccepted2013-12-04
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId83111
dc.title.translatedBacterial REP elements: origins, variability and application.en_US
dc.contributor.refereePačes, Jan
dc.contributor.refereeMelter, Oto
dc.identifier.aleph001674945
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.programMikrobiologiecs_CZ
thesis.degree.programMicrobiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csMikrobiologiecs_CZ
uk.degree-program.enMicrobiologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.cs6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...cs_CZ
uk.abstract.en4 ABSTRACT (English) This thesis is based on three published research papers studying bacterial REP (repetitive extragenic palindrome) elements. REP elements are one of the best-characterized groups of bacterial DNA repeats, distributed mostly in gammaproteobacteria, including enterobacteria. They are present in noncoding parts of host genomes, usually occurring in hundreds of copies. REPs are typically aggregated in higher order repeats. In the Gram-negative model Escherichia coli, interactions of several proteins important for cell's physiology with REPs were described, indicating significant role for these elements for host cells. The first work (Nunvar et al. 2010) presents the discovery of a protein class, related to IS200/IS605 transposases. These proteins, termed RAYTs (REP-associated tyrosine transposases), contain characteristic motifs in their amino acid sequences, which are absent in canonical IS200/IS605 transposases. Another attribute of RAYTs is the arrangement of their encoding genes. These are single copy genes, always flanked at both termini by at least two REPs in inverted orientation. Based on the similarity between the REP-rayt-REP unit and insertion sequences of the IS200/IS605 family, between RAYTs and tyrosine transposases and between REPs and subterminal sequences of the IS200/IS605...en_US
uk.file-availabilityP
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: dspace (at) is.cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV