Show simple item record

Single cell gene expression profiling and quality control
dc.contributor.advisorKubista, Mikael
dc.creatorŠvec, David
dc.date.accessioned2019-05-03T19:59:02Z
dc.date.available2019-05-03T19:59:02Z
dc.date.issued2014
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/56876
dc.description.abstractSingle cell gene expression profiling and quality control David Švec Institute of Biotechnology AS CR, Laboratory of Gene Expression, Prague, Czech Republic TATAA Biocenter, Research & Development, Gothenburg, Sweden Abstract: Gene expression profiling has become an exceedingly important tool for describing occurence of mRNA in tissue samples and even single cells. Most often we use it for characterization of cell types, degree of differentiation and pathology on a molecular level. In our newly established laboratory, we developed high resolution qPCR tomography to show distribution of tens of maternal mRNAs within a single oocyte. We demonstrated that distribution of mRNAs has an important role in further development of the organism. For high resolution qPCR tomography, where one oocyte is divided in tens of samples and about fifty genes are studied in each sample, we optimized dye based protocol for microfluidic high-throughput platform BioMark. Next step was complementing the molecular profile of tens most important genes with information about histology of each selected tissue section using laser microdissection. As a model we used embryonic development of mouse molar. Our goal was to describe interaction of up to one hundred genes in different stages of development and on the single cell level. This...en_US
dc.description.abstractProfilování genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a kontrola kvality David Švec Biotechnologický ústav AV ČR, Laboratoř genové exprese, Praha, Česká republika TATAA Biocenter, Výzkum & vývoj, Göteborg, Švédsko Abstrakt: Profilování genové exprese je velmi důležitý nástroj, který umožňuje získat informaci o výskytu mRNA ve vzorku tkáně či v jednotlivých buňkách. Slouží k charakterizaci typů buněk, stanovení stupně diferenciace i ke studiu jejich patologického stavu na molekulární úrovni. V naší nově založené laboratoři jsme vyvinuli qPCR tomografii s vysokým rozlišením odhalující distribuci maternálních mRNA v rámci jednoho oocytu. Distribuce mRNA v embryu je důležitá pro pochopení následujícího vývoje jedince. Metoda qPCR tomografie kombinuje rozdělení oocytu na desítky řezů a kvantifikaci exprese až padesáti genů v každém vzorku. Toho bylo možné dosáhnout až po optimalizaci protokolu pro vysokokapacitní qPCR instrument BioMark. Další snahou bylo qPCR tomografii doplnit o zobrazení studované tkáně a její výběr pomocí laserové mikrodisekce. Cílem bylo vytvořit první mapu distribuce mRNA desítek nejdůležitějších genů při vývoji myší stoličky v prostoru a čase, která by popsala interakce genů v jednotlivých stádiích, případně ve vybraných buňkách. Dalším úkolem této dizertace je ukázat vývoj...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleProfilování genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a kontrola kvalitycs_CZ
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2014
dcterms.dateAccepted2014-01-16
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId84932
dc.title.translatedSingle cell gene expression profiling and quality controlen_US
dc.contributor.refereeBeneš, Vladimír
dc.contributor.refereeVopálenský, Václav
dc.identifier.aleph001676362
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.programMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
thesis.degree.programMolecular and Cell Biology, Genetics and Virologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
uk.degree-program.enMolecular and Cell Biology, Genetics and Virologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csProfilování genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a kontrola kvality David Švec Biotechnologický ústav AV ČR, Laboratoř genové exprese, Praha, Česká republika TATAA Biocenter, Výzkum & vývoj, Göteborg, Švédsko Abstrakt: Profilování genové exprese je velmi důležitý nástroj, který umožňuje získat informaci o výskytu mRNA ve vzorku tkáně či v jednotlivých buňkách. Slouží k charakterizaci typů buněk, stanovení stupně diferenciace i ke studiu jejich patologického stavu na molekulární úrovni. V naší nově založené laboratoři jsme vyvinuli qPCR tomografii s vysokým rozlišením odhalující distribuci maternálních mRNA v rámci jednoho oocytu. Distribuce mRNA v embryu je důležitá pro pochopení následujícího vývoje jedince. Metoda qPCR tomografie kombinuje rozdělení oocytu na desítky řezů a kvantifikaci exprese až padesáti genů v každém vzorku. Toho bylo možné dosáhnout až po optimalizaci protokolu pro vysokokapacitní qPCR instrument BioMark. Další snahou bylo qPCR tomografii doplnit o zobrazení studované tkáně a její výběr pomocí laserové mikrodisekce. Cílem bylo vytvořit první mapu distribuce mRNA desítek nejdůležitějších genů při vývoji myší stoličky v prostoru a čase, která by popsala interakce genů v jednotlivých stádiích, případně ve vybraných buňkách. Dalším úkolem této dizertace je ukázat vývoj...cs_CZ
uk.abstract.enSingle cell gene expression profiling and quality control David Švec Institute of Biotechnology AS CR, Laboratory of Gene Expression, Prague, Czech Republic TATAA Biocenter, Research & Development, Gothenburg, Sweden Abstract: Gene expression profiling has become an exceedingly important tool for describing occurence of mRNA in tissue samples and even single cells. Most often we use it for characterization of cell types, degree of differentiation and pathology on a molecular level. In our newly established laboratory, we developed high resolution qPCR tomography to show distribution of tens of maternal mRNAs within a single oocyte. We demonstrated that distribution of mRNAs has an important role in further development of the organism. For high resolution qPCR tomography, where one oocyte is divided in tens of samples and about fifty genes are studied in each sample, we optimized dye based protocol for microfluidic high-throughput platform BioMark. Next step was complementing the molecular profile of tens most important genes with information about histology of each selected tissue section using laser microdissection. As a model we used embryonic development of mouse molar. Our goal was to describe interaction of up to one hundred genes in different stages of development and on the single cell level. This...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV