Show simple item record

Application of mass spectrometric methods to development of a biological agents database compatible with European datasystem
dc.creatorDřevínek, Michal
dc.date.accessioned2021-05-19T15:07:27Z
dc.date.available2021-05-19T15:07:27Z
dc.date.issued2013
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/56542
dc.description.abstractThis PhD thesis applies MALDI-TOF mass spectrometry to identification of highly pathogenic bacteria. Three major topics were studied in this thesis. The aim of the first project was to propose a universal workflow of sample preparation method for the identification of highly virulent pathogenes by MALDI-TOF MS. Fifteen bacterial species, including highly virulent Gram-positive and Gram-negative bacteria were employed in the comparative study of four sample preparation methods compatible with MALDI-TOF MS. Based on the values of protein yield and spectral quality, the method using combination of ethanol treatment followed by extraction with formic acid and acetonitrile shows the highest extraction efficacy and the spectral quality with no detrimental effect caused by storage. Thus, this can be considered as a universal sample preparation method for the identification of highly virulent microorganisms by MALDI-TOF mass spectrometry. In the second part, a reference database of MALDI-TOF MS profiles of high risk pathogens, containing mass spectra of 392 strains belonging to 12 bacterial species, was created. The database was validated in international proficiency tests. Based on the validation studies, the use of the database for identification of high risk pathogens was accredited by Czech Institute for...en_US
dc.description.abstractPředkládaná disertační práce je zaměřena na využití metody MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie pro identifikaci vysoce rizikových bakteriálních patogenů. V rámci disertační práce jsou řešeny celkem tři vědecké projekty. První část disertační práce je věnována nalezení optimálního protokolu přípravy vzorků k MALDI-TOF MS analýze vysoce virulentních bakterií. Na panelu 15 bakteriálních kmenů zahrnujících Gram-pozitivní i Gram-negativní druhy byla provedena srovnávací studie čtyř metod přípravy vzorků, kompatibilních s MALDI-TOF MS. V rámci studie byla porovnávána schopnost inaktivace vzorků bakteriálních kultur, výtěžnost bakteriálních proteinů a kvalita získaných hmotnostních spekter. Na základě výsledků bylo zjištěno, že nejvyššího výtěžku proteinů a optimální kvality spekter je dosaženo při použití metody založené na inaktivaci ethanolem v kombinaci s extrakcí kyselinou mravenčí a acetonitrilem. Druhý projekt byl zaměřen na tvorbu referenční databáze MALDI-TOF MS profilů vysoce rizikových patogenů. Za použití statistického zpracování změřených hmotnostních spekter byla vytvořena databáze, obsahující v současné době spektrální profily 392 kmenů 12 vysoce virulentních bakteriálních druhů. Databáze byla validována v mezinárodních srovnávacích testech, na základě výsledků validace byla metoda identifikace...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleVyužití hmotnostně spektrometrických metod k tvorbě databáze biologických agens kompatibilní s evropským datovým systémemcs_CZ
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2013
dcterms.dateAccepted2013-09-23
dc.description.departmentDepartment of Analytical Chemistryen_US
dc.description.departmentKatedra analytické chemiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId139517
dc.title.translatedApplication of mass spectrometric methods to development of a biological agents database compatible with European datasystemen_US
dc.identifier.aleph001627275
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineAnalytical Chemistryen_US
thesis.degree.disciplineAnalytická chemiecs_CZ
thesis.degree.programChemistryen_US
thesis.degree.programChemiecs_CZ
uk.thesis.typerigorózní prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra analytické chemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Analytical Chemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csAnalytická chemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enAnalytical Chemistryen_US
uk.degree-program.csChemiecs_CZ
uk.degree-program.enChemistryen_US
thesis.grade.csUznánocs_CZ
thesis.grade.enRecognizeden_US
uk.abstract.csPředkládaná disertační práce je zaměřena na využití metody MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie pro identifikaci vysoce rizikových bakteriálních patogenů. V rámci disertační práce jsou řešeny celkem tři vědecké projekty. První část disertační práce je věnována nalezení optimálního protokolu přípravy vzorků k MALDI-TOF MS analýze vysoce virulentních bakterií. Na panelu 15 bakteriálních kmenů zahrnujících Gram-pozitivní i Gram-negativní druhy byla provedena srovnávací studie čtyř metod přípravy vzorků, kompatibilních s MALDI-TOF MS. V rámci studie byla porovnávána schopnost inaktivace vzorků bakteriálních kultur, výtěžnost bakteriálních proteinů a kvalita získaných hmotnostních spekter. Na základě výsledků bylo zjištěno, že nejvyššího výtěžku proteinů a optimální kvality spekter je dosaženo při použití metody založené na inaktivaci ethanolem v kombinaci s extrakcí kyselinou mravenčí a acetonitrilem. Druhý projekt byl zaměřen na tvorbu referenční databáze MALDI-TOF MS profilů vysoce rizikových patogenů. Za použití statistického zpracování změřených hmotnostních spekter byla vytvořena databáze, obsahující v současné době spektrální profily 392 kmenů 12 vysoce virulentních bakteriálních druhů. Databáze byla validována v mezinárodních srovnávacích testech, na základě výsledků validace byla metoda identifikace...cs_CZ
uk.abstract.enThis PhD thesis applies MALDI-TOF mass spectrometry to identification of highly pathogenic bacteria. Three major topics were studied in this thesis. The aim of the first project was to propose a universal workflow of sample preparation method for the identification of highly virulent pathogenes by MALDI-TOF MS. Fifteen bacterial species, including highly virulent Gram-positive and Gram-negative bacteria were employed in the comparative study of four sample preparation methods compatible with MALDI-TOF MS. Based on the values of protein yield and spectral quality, the method using combination of ethanol treatment followed by extraction with formic acid and acetonitrile shows the highest extraction efficacy and the spectral quality with no detrimental effect caused by storage. Thus, this can be considered as a universal sample preparation method for the identification of highly virulent microorganisms by MALDI-TOF mass spectrometry. In the second part, a reference database of MALDI-TOF MS profiles of high risk pathogens, containing mass spectra of 392 strains belonging to 12 bacterial species, was created. The database was validated in international proficiency tests. Based on the validation studies, the use of the database for identification of high risk pathogens was accredited by Czech Institute for...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra analytické chemiecs_CZ
thesis.grade.codeU
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusU


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV