| dc.creator | Kolář, Michal | |
| dc.date.accessioned | 2017-05-08T04:40:50Z | |
| dc.date.available | 2017-05-08T04:40:50Z | |
| dc.date.issued | 2011 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/47641 | |
| dc.description.abstract | Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta... | cs_CZ |
| dc.description.abstract | Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta... | en_US |
| dc.language | English | cs_CZ |
| dc.language.iso | en_US | |
| dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
| dc.title | Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment | en_US |
| dc.type | rigorózní práce | cs_CZ |
| dcterms.created | 2011 | |
| dcterms.dateAccepted | 2011-09-20 | |
| dc.description.department | Department of Physical and Macromolecular Chemistry | en_US |
| dc.description.department | Katedra fyzikální a makromol. chemie | cs_CZ |
| dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
| dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
| dc.identifier.repId | 111897 | |
| dc.title.translated | Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment | cs_CZ |
| dc.identifier.aleph | 001388025 | |
| thesis.degree.name | RNDr. | |
| thesis.degree.level | rigorózní řízení | cs_CZ |
| thesis.degree.discipline | Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures | en_US |
| thesis.degree.discipline | Modelování chemických vlastností nano- a biostruktur | cs_CZ |
| thesis.degree.program | Chemistry | en_US |
| thesis.degree.program | Chemie | cs_CZ |
| uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
| uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
| uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
| uk.degree-discipline.cs | Modelování chemických vlastností nano- a biostruktur | cs_CZ |
| uk.degree-discipline.en | Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures | en_US |
| uk.degree-program.cs | Chemie | cs_CZ |
| uk.degree-program.en | Chemistry | en_US |
| thesis.grade.cs | Prospěl | cs_CZ |
| thesis.grade.en | Pass | en_US |
| uk.abstract.cs | Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta... | cs_CZ |
| uk.abstract.en | Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta... | en_US |
| uk.publication-place | Praha | cs_CZ |
| uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra fyzikální a makromol. chemie | cs_CZ |
