Show simple item record

Studium geometrie a stability význačných jednořetězcových útvarů nukleových kyselin
dc.contributor.advisorŠtěpánek, Josef
dc.creatorŘíhová, Martina
dc.date.accessioned2017-04-26T22:32:58Z
dc.date.available2017-04-26T22:32:58Z
dc.date.issued2010
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/32959
dc.description.abstractPředmětem této práce je regulační úsek DNA, tzv. SRE (Serum Response Element), který vykazuje velmi specifické strukturní vlastnosti a jeho strukturní flexibilita pravděpodobně hraje klíčovou roli v jeho fyziologické aktivitě. Strukturní vlastnosti 16-merního SRE segmentu schopného tvořit vlásenky byly zkoumány pomocí přesných teplotně závislých měření Ramanových spekter. Jelikož strukturní stabilita oligonukleotidových řetězců úzce souvisí se stacking interakcí, byla provedena teplotně závislá měření Ramanových a UV absorpčních spekter na dinukleotidech, sloužících jako jednoduchý model pro studium této interakce. Měření byla zpracována pomocí SVD faktorové analýzy a z jejich výsledků vyplynulo, že stacking interakce závisí na pořadí bází. Pomocí fitu rovnic termodynamických rovnovah na SVD výsledky byly určeny termodynamické charakteristiky teplotně indukovaných strukturních změn komplexů tvořící smyčky a s jejich pomocí získána diferenční spektra charakterizující otevřené a uzavřené vlásenky, která umožnila bližší specifikaci geometrie těchto komplexů.cs_CZ
dc.description.abstractSubject of this thesis is the regulatory DNA segment, the so-called Serum Response Element (SRE), which possesses highly specific structural characteristics and its structural flexibility plays probably a key role in its physiological activity. Structural properties of 16-mer SRE segments capable to form hairpin structures were studied by means of accurate measurements of temperature dependent Raman spectra. Due to the close connection of oligonucleotide chain structural stability with the stacking interaction, temperature dependent Raman and UV absorption spectra were measured on dinucleotides serving as a simple model system for the stacking investigation. The measurements results processed by factor analysis provided characteristic spectral patterns and confirmed that stacking interaction depends on the base order. By fitting the thermodynamic equilibrium equations to the factor analysis outputs, the thermodynamic characteristics of the thermally induces structural changes in hairpinforming complexes were estimated and difference spectra characterizing opened and closed hairpins, which enable the further specification of the geometry of these complexes, were obtained.en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.titleGeometry and stability study of nucleic acids distinctive single-strand motifsen_US
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2010
dcterms.dateAccepted2010-09-13
dc.description.departmentInstitute of Physics of Charles Universityen_US
dc.description.departmentFyzikální ústav UKcs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.identifier.repId62968
dc.title.translatedStudium geometrie a stability význačných jednořetězcových útvarů nukleových kyselincs_CZ
dc.contributor.refereeMašek, Vlastimil
dc.identifier.aleph001385479
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiophysics and Chemical Physicsen_US
thesis.degree.disciplineBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
thesis.degree.programPhysicsen_US
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Fyzikální ústav UKcs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Institute of Physics of Charles Universityen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBiophysics and Chemical Physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csPředmětem této práce je regulační úsek DNA, tzv. SRE (Serum Response Element), který vykazuje velmi specifické strukturní vlastnosti a jeho strukturní flexibilita pravděpodobně hraje klíčovou roli v jeho fyziologické aktivitě. Strukturní vlastnosti 16-merního SRE segmentu schopného tvořit vlásenky byly zkoumány pomocí přesných teplotně závislých měření Ramanových spekter. Jelikož strukturní stabilita oligonukleotidových řetězců úzce souvisí se stacking interakcí, byla provedena teplotně závislá měření Ramanových a UV absorpčních spekter na dinukleotidech, sloužících jako jednoduchý model pro studium této interakce. Měření byla zpracována pomocí SVD faktorové analýzy a z jejich výsledků vyplynulo, že stacking interakce závisí na pořadí bází. Pomocí fitu rovnic termodynamických rovnovah na SVD výsledky byly určeny termodynamické charakteristiky teplotně indukovaných strukturních změn komplexů tvořící smyčky a s jejich pomocí získána diferenční spektra charakterizující otevřené a uzavřené vlásenky, která umožnila bližší specifikaci geometrie těchto komplexů.cs_CZ
uk.abstract.enSubject of this thesis is the regulatory DNA segment, the so-called Serum Response Element (SRE), which possesses highly specific structural characteristics and its structural flexibility plays probably a key role in its physiological activity. Structural properties of 16-mer SRE segments capable to form hairpin structures were studied by means of accurate measurements of temperature dependent Raman spectra. Due to the close connection of oligonucleotide chain structural stability with the stacking interaction, temperature dependent Raman and UV absorption spectra were measured on dinucleotides serving as a simple model system for the stacking investigation. The measurements results processed by factor analysis provided characteristic spectral patterns and confirmed that stacking interaction depends on the base order. By fitting the thermodynamic equilibrium equations to the factor analysis outputs, the thermodynamic characteristics of the thermally induces structural changes in hairpinforming complexes were estimated and difference spectra characterizing opened and closed hairpins, which enable the further specification of the geometry of these complexes, were obtained.en_US
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Fyzikální ústav UKcs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV