Show simple item record

Thermodynamic Stability of Hybrid Nucleic Acid Complexes: Microcalorimetric Study
dc.contributor.advisorŠtěpánek, Josef
dc.creatorOttová, Pavla
dc.date.accessioned2017-04-19T19:29:59Z
dc.date.available2017-04-19T19:29:59Z
dc.date.issued2009
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/23161
dc.description.abstractPráce se zabývá aplikací diferenční skenovací kalorimetrie (DSC) pro studium potenciálních oligonukleotidových terapeutik. Byly stanoveny možnosti i limity použitého DSC přístroje a stanovené optimální podmínky pro měření komplexů nukleových kyselin. Byly zkoumané čtyři typy modifikovaných oligonukleotidů s izopolární neizosterní internukleotidovou spojkou, která vznikla vložením methylenové skupiny do fosfodiesterové vazby mezi atom fosforu a jeden ze dvou esterových kyslíků (methylenová skupina vložena na 3' nebo 5' konec spojky, modifikované spojky buď alternují s přirozenými, nebo jsou modifikované všechny). Stanovili jsme termodynamické charakteristiky hybridních duplexů složených z modifikovaných deoxythymidinových patnáctimerů a komplementárního RNA polymerního řetězce, kyseliny polyadenylové. Oligonukleotid s methylenovou skupinou na 3' konci, jehož všechny spojky jsou modifikované, s polyadenylovou kyselinou komplexy netvoří. Ostatní oligonukleotidy komplexy vytvářejí a jejich stabilita roste v pořadí (3' konec, alternující) ~ (5' konec, všechny) < přirozený (dT)15 < (5' konec, alternující). U všech komplexů byla zjištěná vysoká kooperativita vazby oligonukleotidů na polymer. Dále byla termodynamicky charakterizována RNA vlásenka TAR segmentu HIV-1 a její aptamer R06. Vedle termodynamických...cs_CZ
dc.description.abstractThis work deals with implementation of differential scanning kalorimetry (DSC) into research of potential oligonucleotide therapeutics. Capabilities and limits of the DSC device have been determined and optimal conditions for measurement of nucleic acids complexes specified. Four types of modified oligonucleotides with isopolar, non-isosteric internucleotide linkage, consisting in insertion of a methylene group into the phosphodiester linkage between the phosphorus and one of the two ester oxygens (the methylene group inserted or at 3' or at 5' side of the linkage, the modified linkages alternate with the natural ones or all linkages are modified) were investigated. We determined thermodynamics characteristics of hybrid duplexes composed of modified deoxythymidine pentadecamers and complementary RNA polymer chain, polyadenylic acid. The oligonucleotide with the methylene group at the 3' side, the all linkages of which are modified, does not form complexes with polyadenylic acid. Other oligonucleotides form complexes and their stability increase in succession (3' end, alternating) ~ (5' end, all) < natural (dT)15 < (5' end, alternating). High cooperativity of the oligonucleotide to the polymer binding has been found out for all complexes. RNA hairpin of HIV-1 TAR element and its R06 aptamer have been also...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.titleMikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů nukleových kyselincs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2009
dcterms.dateAccepted2009-09-14
dc.description.departmentInstitute of Physics of Charles Universityen_US
dc.description.departmentFyzikální ústav UKcs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.identifier.repId48350
dc.title.translatedThermodynamic Stability of Hybrid Nucleic Acid Complexes: Microcalorimetric Studyen_US
dc.contributor.refereeVaisocherová, Hana
dc.identifier.aleph001135669
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
thesis.degree.disciplineBiophysics and Chemical Physicsen_US
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
thesis.degree.programPhysicsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBiophysics and Chemical Physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csPráce se zabývá aplikací diferenční skenovací kalorimetrie (DSC) pro studium potenciálních oligonukleotidových terapeutik. Byly stanoveny možnosti i limity použitého DSC přístroje a stanovené optimální podmínky pro měření komplexů nukleových kyselin. Byly zkoumané čtyři typy modifikovaných oligonukleotidů s izopolární neizosterní internukleotidovou spojkou, která vznikla vložením methylenové skupiny do fosfodiesterové vazby mezi atom fosforu a jeden ze dvou esterových kyslíků (methylenová skupina vložena na 3' nebo 5' konec spojky, modifikované spojky buď alternují s přirozenými, nebo jsou modifikované všechny). Stanovili jsme termodynamické charakteristiky hybridních duplexů složených z modifikovaných deoxythymidinových patnáctimerů a komplementárního RNA polymerního řetězce, kyseliny polyadenylové. Oligonukleotid s methylenovou skupinou na 3' konci, jehož všechny spojky jsou modifikované, s polyadenylovou kyselinou komplexy netvoří. Ostatní oligonukleotidy komplexy vytvářejí a jejich stabilita roste v pořadí (3' konec, alternující) ~ (5' konec, všechny) < přirozený (dT)15 < (5' konec, alternující). U všech komplexů byla zjištěná vysoká kooperativita vazby oligonukleotidů na polymer. Dále byla termodynamicky charakterizována RNA vlásenka TAR segmentu HIV-1 a její aptamer R06. Vedle termodynamických...cs_CZ
uk.abstract.enThis work deals with implementation of differential scanning kalorimetry (DSC) into research of potential oligonucleotide therapeutics. Capabilities and limits of the DSC device have been determined and optimal conditions for measurement of nucleic acids complexes specified. Four types of modified oligonucleotides with isopolar, non-isosteric internucleotide linkage, consisting in insertion of a methylene group into the phosphodiester linkage between the phosphorus and one of the two ester oxygens (the methylene group inserted or at 3' or at 5' side of the linkage, the modified linkages alternate with the natural ones or all linkages are modified) were investigated. We determined thermodynamics characteristics of hybrid duplexes composed of modified deoxythymidine pentadecamers and complementary RNA polymer chain, polyadenylic acid. The oligonucleotide with the methylene group at the 3' side, the all linkages of which are modified, does not form complexes with polyadenylic acid. Other oligonucleotides form complexes and their stability increase in succession (3' end, alternating) ~ (5' end, all) < natural (dT)15 < (5' end, alternating). High cooperativity of the oligonucleotide to the polymer binding has been found out for all complexes. RNA hairpin of HIV-1 TAR element and its R06 aptamer have been also...en_US
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Fyzikální ústav UKcs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV