Regulation of mycobacterial transcription by selected sRNAs and proteins

Abstract

Bakteriální transkripce je základní proces v buňce, nezbytný pro přeměnu genetického kódu na funkční produkty. Tento proces je regulován mnoha transkripčními faktory a malými RNA, které jsou nezbytné pro přizpůsobení se změnám prostředí, reakci na stres a přežití buněk. Proces transkripce je zprostředkován klíčovým enzymem RNA polymerázou (RNAP). Primárním cílem této práce bylo identifikovat a charakterizovat nové transkripční faktory a malé RNA, které interagují s RNAP. Zaměřil jsem se zejména na mykobakteriální regulátory transkripce, hlavně i) regulační RNA, jako je Ms1 a její homology (Publikace I a II); ii) transkripční faktory CarD, RbpA a CrsL (Manuskript II); MoaB2 (Manuskript I); a HelD (Manuskript III). Náš výzkum byl zaměřen i na další bakteriální druhy, u kterých jsme provedli RIP-seq, jednalo se o Bacillus subtilis, Corynebacterium glutamicum a Streptomyces coelicolor. Pomocí in silico metod bylo předpovězeno, že RNA podobné Ms1 jsou přítomné u více než 800 druhů aktinobakterií. Experimentálně jsme potvrdili přítomnost Ms1 RNA v Streptomyces coelicolor (scr3559 sRNA) (Publikace I). Pomocí RIP-seq jsme identifikovali několik druhově specifických RNA interagujících s bakteriálním transkripčním aparátem, včetně MTS2823, sigA, sigB, recO, rny, scr0792 a CoRP RNA (Publikace II). Také jsme...