Show simple item record

Zavedení moderních metod delimitace druhů do taxonomie hub: Aspergillus udává směr
dc.contributor.advisorHubka, Vít
dc.creatorSklenář, František
dc.date.accessioned2024-04-08T10:53:43Z
dc.date.available2024-04-08T10:53:43Z
dc.date.issued2023
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/187456
dc.description.abstractThis thesis focuses on the implementation of modern methods and approaches for species delimitation in the genus Aspergillus, an economically important fungal genus and model organism. So far, taxonomic studies in Aspergillus regularly included multiple DNA loci (typically four), and the phylogenetic analysis itself mostly consisted of calculating a phylogenetic tree based on individual loci and the concatenated dataset, or less commonly on genealogical concordance principles. Additionally, the datasets usually contained only a limited number of strains per species. The inclusion of more sophisticated phylogenetic species delimitation methods (mostly based on Multispecies coalescent model) in Aspergillus taxonomy adds a whole new layer to the analysis that ensures much higher objectivity of taxonomic decisions. Each of the eight presented papers contains a taxonomic treatment of a particular part of the genus with phylogenetic analyses based on datasets containing DNA sequences from three to six loci or whole genome data (series Nigri). The available molecular data are analyzed by a gradually refined set of phylogenetic species delimitation methods reflecting progress made between years 2017 and 2022. The individual papers also examine some specific characteristics that suitably complement the...en_US
dc.description.abstractTato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectdruhový konceptcs_CZ
dc.subjectvymezení druhů pomocí multilokusových datcs_CZ
dc.subjectbiotechnologiecs_CZ
dc.subjectfylogenezecs_CZ
dc.subjectdiverzitacs_CZ
dc.subjectnové druhycs_CZ
dc.subjectevolucecs_CZ
dc.subjectpohlavní stádiumcs_CZ
dc.subjectsekce Restrictics_CZ
dc.subjectsekce Aspergilluscs_CZ
dc.subjectodolnost k stresucs_CZ
dc.subjectfyziologiecs_CZ
dc.subjectspecies concepten_US
dc.subjectmultilocus species delimitationen_US
dc.subjectbiotechnologieen_US
dc.subjectfylogenezeen_US
dc.subjectdiverzitaen_US
dc.subjectnew speciesen_US
dc.subjectevolutionen_US
dc.subjectsexual stateen_US
dc.subjectRestricti sectionen_US
dc.subjectAspergillus sectionen_US
dc.subjectstres toleranceen_US
dc.subjectphysiologyen_US
dc.titleImplementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the courseen_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2023
dcterms.dateAccepted2023-12-18
dc.description.departmentDepartment of Botanyen_US
dc.description.departmentKatedra botanikycs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId184490
dc.title.translatedZavedení moderních metod delimitace druhů do taxonomie hub: Aspergillus udává směrcs_CZ
dc.contributor.refereeHaelewaters, Danny
dc.contributor.refereeJanko, Karel
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBotanyen_US
thesis.degree.disciplineBotanikacs_CZ
thesis.degree.programBotanyen_US
thesis.degree.programBotanikacs_CZ
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra botanikycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Botanyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBotanikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBotanyen_US
uk.degree-program.csBotanikacs_CZ
uk.degree-program.enBotanyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csTato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...cs_CZ
uk.abstract.enThis thesis focuses on the implementation of modern methods and approaches for species delimitation in the genus Aspergillus, an economically important fungal genus and model organism. So far, taxonomic studies in Aspergillus regularly included multiple DNA loci (typically four), and the phylogenetic analysis itself mostly consisted of calculating a phylogenetic tree based on individual loci and the concatenated dataset, or less commonly on genealogical concordance principles. Additionally, the datasets usually contained only a limited number of strains per species. The inclusion of more sophisticated phylogenetic species delimitation methods (mostly based on Multispecies coalescent model) in Aspergillus taxonomy adds a whole new layer to the analysis that ensures much higher objectivity of taxonomic decisions. Each of the eight presented papers contains a taxonomic treatment of a particular part of the genus with phylogenetic analyses based on datasets containing DNA sequences from three to six loci or whole genome data (series Nigri). The available molecular data are analyzed by a gradually refined set of phylogenetic species delimitation methods reflecting progress made between years 2017 and 2022. The individual papers also examine some specific characteristics that suitably complement the...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra botanikycs_CZ
thesis.grade.codeP
dc.contributor.consultantKolařík, Miroslav
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV