dc.contributor.advisor | Hubka, Vít | |
dc.creator | Sklenář, František | |
dc.date.accessioned | 2024-04-08T10:53:43Z | |
dc.date.available | 2024-04-08T10:53:43Z | |
dc.date.issued | 2023 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/187456 | |
dc.description.abstract | This thesis focuses on the implementation of modern methods and approaches for species delimitation in the genus Aspergillus, an economically important fungal genus and model organism. So far, taxonomic studies in Aspergillus regularly included multiple DNA loci (typically four), and the phylogenetic analysis itself mostly consisted of calculating a phylogenetic tree based on individual loci and the concatenated dataset, or less commonly on genealogical concordance principles. Additionally, the datasets usually contained only a limited number of strains per species. The inclusion of more sophisticated phylogenetic species delimitation methods (mostly based on Multispecies coalescent model) in Aspergillus taxonomy adds a whole new layer to the analysis that ensures much higher objectivity of taxonomic decisions. Each of the eight presented papers contains a taxonomic treatment of a particular part of the genus with phylogenetic analyses based on datasets containing DNA sequences from three to six loci or whole genome data (series Nigri). The available molecular data are analyzed by a gradually refined set of phylogenetic species delimitation methods reflecting progress made between years 2017 and 2022. The individual papers also examine some specific characteristics that suitably complement the... | en_US |
dc.description.abstract | Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které... | cs_CZ |
dc.language | English | cs_CZ |
dc.language.iso | en_US | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.subject | druhový koncept | cs_CZ |
dc.subject | vymezení druhů pomocí multilokusových dat | cs_CZ |
dc.subject | biotechnologie | cs_CZ |
dc.subject | fylogeneze | cs_CZ |
dc.subject | diverzita | cs_CZ |
dc.subject | nové druhy | cs_CZ |
dc.subject | evoluce | cs_CZ |
dc.subject | pohlavní stádium | cs_CZ |
dc.subject | sekce Restricti | cs_CZ |
dc.subject | sekce Aspergillus | cs_CZ |
dc.subject | odolnost k stresu | cs_CZ |
dc.subject | fyziologie | cs_CZ |
dc.subject | species concept | en_US |
dc.subject | multilocus species delimitation | en_US |
dc.subject | biotechnologie | en_US |
dc.subject | fylogeneze | en_US |
dc.subject | diverzita | en_US |
dc.subject | new species | en_US |
dc.subject | evolution | en_US |
dc.subject | sexual state | en_US |
dc.subject | Restricti section | en_US |
dc.subject | Aspergillus section | en_US |
dc.subject | stres tolerance | en_US |
dc.subject | physiology | en_US |
dc.title | Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course | en_US |
dc.type | dizertační práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2023 | |
dcterms.dateAccepted | 2023-12-18 | |
dc.description.department | Department of Botany | en_US |
dc.description.department | Katedra botaniky | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.identifier.repId | 184490 | |
dc.title.translated | Zavedení moderních metod delimitace druhů do taxonomie hub: Aspergillus udává směr | cs_CZ |
dc.contributor.referee | Haelewaters, Danny | |
dc.contributor.referee | Janko, Karel | |
thesis.degree.name | Ph.D. | |
thesis.degree.level | doktorské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Botany | en_US |
thesis.degree.discipline | Botanika | cs_CZ |
thesis.degree.program | Botany | en_US |
thesis.degree.program | Botanika | cs_CZ |
uk.thesis.type | dizertační práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra botaniky | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Botany | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | Botanika | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | Botany | en_US |
uk.degree-program.cs | Botanika | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Botany | en_US |
thesis.grade.cs | Prospěl/a | cs_CZ |
thesis.grade.en | Pass | en_US |
uk.abstract.cs | Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které... | cs_CZ |
uk.abstract.en | This thesis focuses on the implementation of modern methods and approaches for species delimitation in the genus Aspergillus, an economically important fungal genus and model organism. So far, taxonomic studies in Aspergillus regularly included multiple DNA loci (typically four), and the phylogenetic analysis itself mostly consisted of calculating a phylogenetic tree based on individual loci and the concatenated dataset, or less commonly on genealogical concordance principles. Additionally, the datasets usually contained only a limited number of strains per species. The inclusion of more sophisticated phylogenetic species delimitation methods (mostly based on Multispecies coalescent model) in Aspergillus taxonomy adds a whole new layer to the analysis that ensures much higher objectivity of taxonomic decisions. Each of the eight presented papers contains a taxonomic treatment of a particular part of the genus with phylogenetic analyses based on datasets containing DNA sequences from three to six loci or whole genome data (series Nigri). The available molecular data are analyzed by a gradually refined set of phylogenetic species delimitation methods reflecting progress made between years 2017 and 2022. The individual papers also examine some specific characteristics that suitably complement the... | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra botaniky | cs_CZ |
thesis.grade.code | P | |
dc.contributor.consultant | Kolařík, Miroslav | |
uk.publication-place | Praha | cs_CZ |
uk.thesis.defenceStatus | O | |