Show simple item record

AGO-hook domains in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana
dc.contributor.advisorČermák, Vojtěch
dc.creatorTeznerová, Kateřina
dc.date.accessioned2024-09-12T06:33:52Z
dc.date.available2024-09-12T06:33:52Z
dc.date.issued2023
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/185345
dc.description.abstractMetylace DNA řízená malými RNA (RdDM) je důležitá dráha, jež prostřednictvím navození metylace DNA reguluje genovou expresi a podílí se na obraně proti invazivním DNA elementům (zejména transposonům). Klíčovou roli v RdDM dráze hrají proteiny Argonaut (AGO) s malými RNA (sRNA), které jsou k cílové DNA sekvenčně komplementární. S proteiny Argonaut jsou schopné interagovat domény zvané AGO-hooky. U rostlin se v RdDM dráze uplatňují dva proteiny s AGO-hook doménami: NRPE1 a SPT5L. Na řešitelském pracovišti bylo nedávno objeveno, že součástí komplexu Pol V (stejně jako zmíněné dva proteiny) je ještě třetí protein SPT6L. Role SPT6L role dosud nebyla popsána, ale předpokládáme, že rovněž hraje roli v RdDM dráze. Tato práce se zabývá studiem všech tří AGO-hook domén přítomných v Pol V komplexu a jejich rolí v RdDM dráze u rostliny Arabidopsis thaliana, od přípravy mutantů postrádajících různé kombinace uvedených AGO-hook domén po studium jejich role a zastupitelnosti při metylaci DNA v různých lokusech. Klíčová slova AGO-hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetické značení chromatinu, protein Argonautcs_CZ
dc.description.abstractRNA-directed DNA methylation (RdDM) is an important pathway that regulates gene expression by inducing DNA methylation and is involved in regulation of gene expression and defence against invading DNA elements (especially transposons). Argonaut (AGO) proteins with small RNAs (sRNAs) that have sequence complementarity to the target DNA play a key role in the RdDM pathway. Domains called AGO-hooks are able to interact with Argonaut proteins. In plants, two proteins with AGO-hook domains are involved in the RdDM pathway: NRPE1 and SPT5L. Recently, a third protein, SPT6L, has been discovered at the investigator's site to be part of the Pol V complex (as well as the two proteins mentioned above). The role of SPT6L has not yet been described, but we hypothesize that it also plays a role in the RdDM pathway. This work focuses on the study of all three AGO-hook domains in Pol V complex and their involve in the RdDM pathway in Arabidopsis thaliana, from the preparation of mutants lacking different combinations of these AGO-hook domains to the study of their role and substitution in DNA methylation at different loci. Key words AGO-hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetic chromatin labelling, Argonaut proteinen_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectAGO hookcs_CZ
dc.subjectArabidopsis thalianacs_CZ
dc.subjectNRPE1cs_CZ
dc.subjectSPT5Lcs_CZ
dc.subjectSPT6Lcs_CZ
dc.subjectsiRNAcs_CZ
dc.subjectepigenetické značení chromatinucs_CZ
dc.subjectprotein Argonautcs_CZ
dc.subjectAGO hooken_US
dc.subjectArabidopsis thalianaen_US
dc.subjectNRPE1en_US
dc.subjectSPT5Len_US
dc.subjectSPT6Len_US
dc.subjectsiRNAen_US
dc.subjectepigenetic chromatin labellingen_US
dc.subjectArgonaut proteinen_US
dc.titleAGO-hook domény v metylaci DNA řízené malými RNA u Arabidopsis thalianacs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2023
dcterms.dateAccepted2023-09-13
dc.description.departmentDepartment of Experimental Plant Biologyen_US
dc.description.departmentKatedra experimentální biologie rostlincs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId242371
dc.title.translatedAGO-hook domains in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thalianaen_US
dc.contributor.refereeMoravec, Tomáš
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplinePlant Cellular and Molecular Biologyen_US
thesis.degree.disciplineBuněčná a molekulární biologie rostlincs_CZ
thesis.degree.programExperimental Plant Biologyen_US
thesis.degree.programExperimentální biologie rostlincs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra experimentální biologie rostlincs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Experimental Plant Biologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBuněčná a molekulární biologie rostlincs_CZ
uk.degree-discipline.enPlant Cellular and Molecular Biologyen_US
uk.degree-program.csExperimentální biologie rostlincs_CZ
uk.degree-program.enExperimental Plant Biologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csMetylace DNA řízená malými RNA (RdDM) je důležitá dráha, jež prostřednictvím navození metylace DNA reguluje genovou expresi a podílí se na obraně proti invazivním DNA elementům (zejména transposonům). Klíčovou roli v RdDM dráze hrají proteiny Argonaut (AGO) s malými RNA (sRNA), které jsou k cílové DNA sekvenčně komplementární. S proteiny Argonaut jsou schopné interagovat domény zvané AGO-hooky. U rostlin se v RdDM dráze uplatňují dva proteiny s AGO-hook doménami: NRPE1 a SPT5L. Na řešitelském pracovišti bylo nedávno objeveno, že součástí komplexu Pol V (stejně jako zmíněné dva proteiny) je ještě třetí protein SPT6L. Role SPT6L role dosud nebyla popsána, ale předpokládáme, že rovněž hraje roli v RdDM dráze. Tato práce se zabývá studiem všech tří AGO-hook domén přítomných v Pol V komplexu a jejich rolí v RdDM dráze u rostliny Arabidopsis thaliana, od přípravy mutantů postrádajících různé kombinace uvedených AGO-hook domén po studium jejich role a zastupitelnosti při metylaci DNA v různých lokusech. Klíčová slova AGO-hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetické značení chromatinu, protein Argonautcs_CZ
uk.abstract.enRNA-directed DNA methylation (RdDM) is an important pathway that regulates gene expression by inducing DNA methylation and is involved in regulation of gene expression and defence against invading DNA elements (especially transposons). Argonaut (AGO) proteins with small RNAs (sRNAs) that have sequence complementarity to the target DNA play a key role in the RdDM pathway. Domains called AGO-hooks are able to interact with Argonaut proteins. In plants, two proteins with AGO-hook domains are involved in the RdDM pathway: NRPE1 and SPT5L. Recently, a third protein, SPT6L, has been discovered at the investigator's site to be part of the Pol V complex (as well as the two proteins mentioned above). The role of SPT6L has not yet been described, but we hypothesize that it also plays a role in the RdDM pathway. This work focuses on the study of all three AGO-hook domains in Pol V complex and their involve in the RdDM pathway in Arabidopsis thaliana, from the preparation of mutants lacking different combinations of these AGO-hook domains to the study of their role and substitution in DNA methylation at different loci. Key words AGO-hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetic chromatin labelling, Argonaut proteinen_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra experimentální biologie rostlincs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantKobercová, Eliška
dc.contributor.consultantFischer, Lukáš
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.embargo.reasonProtection of information protected by a special lawen
uk.embargo.reasonOchrana informací chráněných zvláštním zákonemcs
uk.thesis.defenceStatusO
dc.identifier.lisID9925867844206986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV