Show simple item record

Mechanism of signal transduction in a model representative of prokaryotic heme-containing oxygen sensors
dc.contributor.advisorMartínková, Markéta
dc.creatorSmrčka, Tomáš
dc.date.accessioned2023-11-06T23:53:28Z
dc.date.available2023-11-06T23:53:28Z
dc.date.issued2023
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/185210
dc.description.abstractA two-component system, consisting of a histidine kinase and a response regulator, is a crucial molecular-biology tool for many bacteria to react to an environmental changes. An important step in activation of the two-component system is an autophosphorylation reaction on the dimeric histidine kinase, which involves the transfer of a phosphate group from ATP in the catalytic domain to a conserved histidine molecule. Depending on whether the transfer of the phosphate group occurs within one subunit of the dimer or from one subunit to another, we distinguish a cis- or trans-autophosphorylation, respectively. Here we study the autophosphorylation reaction of globin coupled histidine kinase from soil bacteria Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), which uses heme to detect gaseous molecules. Using a phosphorylation analysis of a heterodimer of AfGcHK composed of a subunit with a defective ATP-binding site and a subunit with a phosphorylatable histidine substituted for alanine, the trans-mechanism of autophosphorylation was identified for AfGcHK. Key words: two component signal systems, histidine kinase, heme-containing oxygen sensors, Phos-tag, AfGcHK [IN CZECH]en_US
dc.description.abstractDvou-komponentní systém, sestávající se z histidin kinasy a responzivního regulátoru, je nezbytnou molekulárně biologickou výbavou mnoha bakterií, pomocí níž je bakterie schopna reagovat na změny v prostředí. Důležitým krokem při aktivaci dvou- komponentního systému je autofosforylační reakce na dimerní histidin kinase, při které na tomto proteinu dochází k přenosu fosfátové skupiny z ATP v katalytické doméně na konzervovanou molekulu histidinu. Podle toho, zda dochází k přenosu fosfátové skupiny v rámci jedné podjednotky dimeru nebo z jedné podjednotky na druhou podjednotku rozlišujeme cis-, respektive trans-autofosforylaci. Předkládaná diplomová práce si ke studiu autofosforylační reakce zvolila histidin kinasu s globinovou doménou z půdní bakterie Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), která využívá hemu k detekci plynných molekul. Užitím fosforylační analýzy heterodimeru AfGcHK složeného z podjednotky s defektním místem pro vazbu ATP a podjednotky se zaměněným fosforylovatelným histidinem za alanin byl pro AfGcHK identifikován trans- mechanismus autofosforylace. Klíčová slova: dvousložkové signální systémy, histidinkinasa, hemové senzory kyslíku, Phos-tag, AfGcHKcs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectdvousložkové signální systémycs_CZ
dc.subjecthistidinkinasacs_CZ
dc.subjecthemové senzory kyslíkucs_CZ
dc.subjectPhos-tagcs_CZ
dc.subjectAfGcHKcs_CZ
dc.subjecttwo component signal systemsen_US
dc.subjecthistidine kinaseen_US
dc.subjectheme-containing oxygen sensorsen_US
dc.subjectPhos-tagen_US
dc.subjectAfGcHKen_US
dc.titleMechanismus přenosu signálu v modelovém zástupci prokaryotních hemových senzorů kyslíkucs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2023
dcterms.dateAccepted2023-09-12
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId242497
dc.title.translatedMechanism of signal transduction in a model representative of prokaryotic heme-containing oxygen sensorsen_US
dc.contributor.refereeStráňava, Martin
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemistryen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csDvou-komponentní systém, sestávající se z histidin kinasy a responzivního regulátoru, je nezbytnou molekulárně biologickou výbavou mnoha bakterií, pomocí níž je bakterie schopna reagovat na změny v prostředí. Důležitým krokem při aktivaci dvou- komponentního systému je autofosforylační reakce na dimerní histidin kinase, při které na tomto proteinu dochází k přenosu fosfátové skupiny z ATP v katalytické doméně na konzervovanou molekulu histidinu. Podle toho, zda dochází k přenosu fosfátové skupiny v rámci jedné podjednotky dimeru nebo z jedné podjednotky na druhou podjednotku rozlišujeme cis-, respektive trans-autofosforylaci. Předkládaná diplomová práce si ke studiu autofosforylační reakce zvolila histidin kinasu s globinovou doménou z půdní bakterie Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), která využívá hemu k detekci plynných molekul. Užitím fosforylační analýzy heterodimeru AfGcHK složeného z podjednotky s defektním místem pro vazbu ATP a podjednotky se zaměněným fosforylovatelným histidinem za alanin byl pro AfGcHK identifikován trans- mechanismus autofosforylace. Klíčová slova: dvousložkové signální systémy, histidinkinasa, hemové senzory kyslíku, Phos-tag, AfGcHKcs_CZ
uk.abstract.enA two-component system, consisting of a histidine kinase and a response regulator, is a crucial molecular-biology tool for many bacteria to react to an environmental changes. An important step in activation of the two-component system is an autophosphorylation reaction on the dimeric histidine kinase, which involves the transfer of a phosphate group from ATP in the catalytic domain to a conserved histidine molecule. Depending on whether the transfer of the phosphate group occurs within one subunit of the dimer or from one subunit to another, we distinguish a cis- or trans-autophosphorylation, respectively. Here we study the autophosphorylation reaction of globin coupled histidine kinase from soil bacteria Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), which uses heme to detect gaseous molecules. Using a phosphorylation analysis of a heterodimer of AfGcHK composed of a subunit with a defective ATP-binding site and a subunit with a phosphorylatable histidine substituted for alanine, the trans-mechanism of autophosphorylation was identified for AfGcHK. Key words: two component signal systems, histidine kinase, heme-containing oxygen sensors, Phos-tag, AfGcHK [IN CZECH]en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.code1
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV