dc.contributor.advisor | Martínková, Markéta | |
dc.creator | Smrčka, Tomáš | |
dc.date.accessioned | 2023-11-06T23:53:28Z | |
dc.date.available | 2023-11-06T23:53:28Z | |
dc.date.issued | 2023 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/185210 | |
dc.description.abstract | A two-component system, consisting of a histidine kinase and a response regulator, is a crucial molecular-biology tool for many bacteria to react to an environmental changes. An important step in activation of the two-component system is an autophosphorylation reaction on the dimeric histidine kinase, which involves the transfer of a phosphate group from ATP in the catalytic domain to a conserved histidine molecule. Depending on whether the transfer of the phosphate group occurs within one subunit of the dimer or from one subunit to another, we distinguish a cis- or trans-autophosphorylation, respectively. Here we study the autophosphorylation reaction of globin coupled histidine kinase from soil bacteria Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), which uses heme to detect gaseous molecules. Using a phosphorylation analysis of a heterodimer of AfGcHK composed of a subunit with a defective ATP-binding site and a subunit with a phosphorylatable histidine substituted for alanine, the trans-mechanism of autophosphorylation was identified for AfGcHK. Key words: two component signal systems, histidine kinase, heme-containing oxygen sensors, Phos-tag, AfGcHK [IN CZECH] | en_US |
dc.description.abstract | Dvou-komponentní systém, sestávající se z histidin kinasy a responzivního regulátoru, je nezbytnou molekulárně biologickou výbavou mnoha bakterií, pomocí níž je bakterie schopna reagovat na změny v prostředí. Důležitým krokem při aktivaci dvou- komponentního systému je autofosforylační reakce na dimerní histidin kinase, při které na tomto proteinu dochází k přenosu fosfátové skupiny z ATP v katalytické doméně na konzervovanou molekulu histidinu. Podle toho, zda dochází k přenosu fosfátové skupiny v rámci jedné podjednotky dimeru nebo z jedné podjednotky na druhou podjednotku rozlišujeme cis-, respektive trans-autofosforylaci. Předkládaná diplomová práce si ke studiu autofosforylační reakce zvolila histidin kinasu s globinovou doménou z půdní bakterie Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), která využívá hemu k detekci plynných molekul. Užitím fosforylační analýzy heterodimeru AfGcHK složeného z podjednotky s defektním místem pro vazbu ATP a podjednotky se zaměněným fosforylovatelným histidinem za alanin byl pro AfGcHK identifikován trans- mechanismus autofosforylace. Klíčová slova: dvousložkové signální systémy, histidinkinasa, hemové senzory kyslíku, Phos-tag, AfGcHK | cs_CZ |
dc.language | Čeština | cs_CZ |
dc.language.iso | cs_CZ | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.subject | dvousložkové signální systémy | cs_CZ |
dc.subject | histidinkinasa | cs_CZ |
dc.subject | hemové senzory kyslíku | cs_CZ |
dc.subject | Phos-tag | cs_CZ |
dc.subject | AfGcHK | cs_CZ |
dc.subject | two component signal systems | en_US |
dc.subject | histidine kinase | en_US |
dc.subject | heme-containing oxygen sensors | en_US |
dc.subject | Phos-tag | en_US |
dc.subject | AfGcHK | en_US |
dc.title | Mechanismus přenosu signálu v modelovém zástupci prokaryotních hemových senzorů kyslíku | cs_CZ |
dc.type | diplomová práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2023 | |
dcterms.dateAccepted | 2023-09-12 | |
dc.description.department | Katedra biochemie | cs_CZ |
dc.description.department | Department of Biochemistry | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.identifier.repId | 242497 | |
dc.title.translated | Mechanism of signal transduction in a model representative of prokaryotic heme-containing oxygen sensors | en_US |
dc.contributor.referee | Stráňava, Martin | |
thesis.degree.name | Mgr. | |
thesis.degree.level | navazující magisterské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Biochemie | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Biochemistry | en_US |
thesis.degree.program | Biochemie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Biochemistry | en_US |
uk.thesis.type | diplomová práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra biochemie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Biochemistry | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | Biochemie | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | Biochemistry | en_US |
uk.degree-program.cs | Biochemie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Biochemistry | en_US |
thesis.grade.cs | Výborně | cs_CZ |
thesis.grade.en | Excellent | en_US |
uk.abstract.cs | Dvou-komponentní systém, sestávající se z histidin kinasy a responzivního regulátoru, je nezbytnou molekulárně biologickou výbavou mnoha bakterií, pomocí níž je bakterie schopna reagovat na změny v prostředí. Důležitým krokem při aktivaci dvou- komponentního systému je autofosforylační reakce na dimerní histidin kinase, při které na tomto proteinu dochází k přenosu fosfátové skupiny z ATP v katalytické doméně na konzervovanou molekulu histidinu. Podle toho, zda dochází k přenosu fosfátové skupiny v rámci jedné podjednotky dimeru nebo z jedné podjednotky na druhou podjednotku rozlišujeme cis-, respektive trans-autofosforylaci. Předkládaná diplomová práce si ke studiu autofosforylační reakce zvolila histidin kinasu s globinovou doménou z půdní bakterie Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), která využívá hemu k detekci plynných molekul. Užitím fosforylační analýzy heterodimeru AfGcHK složeného z podjednotky s defektním místem pro vazbu ATP a podjednotky se zaměněným fosforylovatelným histidinem za alanin byl pro AfGcHK identifikován trans- mechanismus autofosforylace. Klíčová slova: dvousložkové signální systémy, histidinkinasa, hemové senzory kyslíku, Phos-tag, AfGcHK | cs_CZ |
uk.abstract.en | A two-component system, consisting of a histidine kinase and a response regulator, is a crucial molecular-biology tool for many bacteria to react to an environmental changes. An important step in activation of the two-component system is an autophosphorylation reaction on the dimeric histidine kinase, which involves the transfer of a phosphate group from ATP in the catalytic domain to a conserved histidine molecule. Depending on whether the transfer of the phosphate group occurs within one subunit of the dimer or from one subunit to another, we distinguish a cis- or trans-autophosphorylation, respectively. Here we study the autophosphorylation reaction of globin coupled histidine kinase from soil bacteria Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (AfGcHK), which uses heme to detect gaseous molecules. Using a phosphorylation analysis of a heterodimer of AfGcHK composed of a subunit with a defective ATP-binding site and a subunit with a phosphorylatable histidine substituted for alanine, the trans-mechanism of autophosphorylation was identified for AfGcHK. Key words: two component signal systems, histidine kinase, heme-containing oxygen sensors, Phos-tag, AfGcHK [IN CZECH] | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemie | cs_CZ |
thesis.grade.code | 1 | |
uk.publication-place | Praha | cs_CZ |
uk.thesis.defenceStatus | O | |