Show simple item record

Normalizační algoritmy pro prostorově rozlišená transkriptomická data
dc.contributor.advisorKolář, Michal
dc.creatorNádvorníková, Bára
dc.date.accessioned2023-07-24T23:28:52Z
dc.date.available2023-07-24T23:28:52Z
dc.date.issued2023
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/181526
dc.description.abstractSpatially resolved transcriptomics is a novel method that enables the study of gene expression in tissue samples without loss of spatial context. It can be used to map the distribution of mRNA to individual cells as well as subcellular locations. Data obtained using this method provide important insights into various aspects of biology, including embryology, oncology, or immunology. The functioning and mutual interaction of individual cells cannot be fully explained without knowledge of their exact location in the tissue. Due to the novelty of the method, reconciling the obtained information on gene expression and spatial arrangement of cells is currently a major challenge and bioinformatics approaches are still being established. The aim of this work is to map the current algorithms for the normalisation of spatially resolved transcriptomics data and to compare these algorithms based on available data sets. Eventually, selected algorithms will be implemented and integrated into the workflow used at IMG CAS. The work includes i. survey of available solutions, ii. selection of a suitable solution or design of a new one, iii. implementation of the solution and its testing on available data.en_US
dc.description.abstractProstorově rozlišená transkriptomika je nová metoda, která umožňuje studium genové exprese ve vzorcích tkání bez ztráty prostorového kontextu. Lze ji použít k mapování distribuce mRNA do jednotlivých buněk ale i subcelulárních míst. Data získaná touto metodou poskytují důležité poznatky v různých oborech biologie, včetně embryologie, onkologie nebo imunologie. Fungování a vzájemné interakce jednotlivých buněk nelze plně vysvětlit bez znalosti jejich přesného umístění ve tkáni. Vzhledem k novosti prostorově rozlišené transkriptomiky je v současné době sladění získaných informací o genové expresi a prostorovém uspořádání buněk velkou výzvou a bioinformatické přístupy se teprve vytvářejí. Cílem této práce je zmapovat současné algoritmy pro normalizaci dat získaných touto metodou a porovnat tyto algoritmy na základě dostupných souborů dat. Vybrané algoritmy budou implementovány a integrovány do protokolů používaných na ÚMG AV ČR. Práce zahrnuje i. rešerši dostupných řešení, ii. výběr vhodného řešení nebo návrh nového, iii. implementaci tohoto řešení a jeho testování na dostupných datech.cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectnormalisationen_US
dc.subjectspatial transcriptomicsen_US
dc.subjectdata analysisen_US
dc.subjectNGSen_US
dc.subjectin situ hybridisationen_US
dc.subjectin situ sequencingen_US
dc.subjectnormalizacecs_CZ
dc.subjectprostorová trankriptomikacs_CZ
dc.subjectanalýza datcs_CZ
dc.subjectNGScs_CZ
dc.subjectin situ hybridizacecs_CZ
dc.subjectin situ sekvenovánícs_CZ
dc.titleNormalisation algorithms for spatially resolved transcriptomic dataen_US
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2023
dcterms.dateAccepted2023-06-05
dc.description.departmentKatedra buněčné biologiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Cell Biologyen_US
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId256122
dc.title.translatedNormalizační algoritmy pro prostorově rozlišená transkriptomická datacs_CZ
dc.contributor.refereeAbaffy, Pavel
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformaticsen_US
thesis.degree.programBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.programBioinformaticsen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Cell Biologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBioinformaticsen_US
uk.degree-program.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-program.enBioinformaticsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csProstorově rozlišená transkriptomika je nová metoda, která umožňuje studium genové exprese ve vzorcích tkání bez ztráty prostorového kontextu. Lze ji použít k mapování distribuce mRNA do jednotlivých buněk ale i subcelulárních míst. Data získaná touto metodou poskytují důležité poznatky v různých oborech biologie, včetně embryologie, onkologie nebo imunologie. Fungování a vzájemné interakce jednotlivých buněk nelze plně vysvětlit bez znalosti jejich přesného umístění ve tkáni. Vzhledem k novosti prostorově rozlišené transkriptomiky je v současné době sladění získaných informací o genové expresi a prostorovém uspořádání buněk velkou výzvou a bioinformatické přístupy se teprve vytvářejí. Cílem této práce je zmapovat současné algoritmy pro normalizaci dat získaných touto metodou a porovnat tyto algoritmy na základě dostupných souborů dat. Vybrané algoritmy budou implementovány a integrovány do protokolů používaných na ÚMG AV ČR. Práce zahrnuje i. rešerši dostupných řešení, ii. výběr vhodného řešení nebo návrh nového, iii. implementaci tohoto řešení a jeho testování na dostupných datech.cs_CZ
uk.abstract.enSpatially resolved transcriptomics is a novel method that enables the study of gene expression in tissue samples without loss of spatial context. It can be used to map the distribution of mRNA to individual cells as well as subcellular locations. Data obtained using this method provide important insights into various aspects of biology, including embryology, oncology, or immunology. The functioning and mutual interaction of individual cells cannot be fully explained without knowledge of their exact location in the tissue. Due to the novelty of the method, reconciling the obtained information on gene expression and spatial arrangement of cells is currently a major challenge and bioinformatics approaches are still being established. The aim of this work is to map the current algorithms for the normalisation of spatially resolved transcriptomics data and to compare these algorithms based on available data sets. Eventually, selected algorithms will be implemented and integrated into the workflow used at IMG CAS. The work includes i. survey of available solutions, ii. selection of a suitable solution or design of a new one, iii. implementation of the solution and its testing on available data.en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologiecs_CZ
thesis.grade.code1
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV