Show simple item record

Next generation sequencing in clinical virology: method optimization and it's use for samples with unknown infectious agent
dc.contributor.advisorKramná, Lenka
dc.creatorPoláčková, Kateřina
dc.date.accessioned2021-10-08T10:59:03Z
dc.date.available2021-10-08T10:59:03Z
dc.date.issued2021
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/150971
dc.description.abstractV této diplomové práci bylo testováno použití sekvenátoru MinION (Oxford Nanopore) na vzorcích připravených tak, aby simulovaly infekční vzorky. Testovaný postup má simulovat práci se vzorkem s neznámým patogenem, proto byl také vybrán metagenomický přístup. Byly testovány tři kity: Rapid Barcoding Sequencing, PCR Barcoding a Premium whole genome amplification, které se lišily v délce a náročnosti přípravy a způsobu amplifikace nukleových kyselin. Pro testování bylo vybráno celkem osm virů s různými délkami a různým typem genomu (5,6 - 152 kb, ss/ds RNA, dsDNA), ze kterých bylo připraveno 10 vzorků simulující různé infekce (respirační, gastrointestinálního traktu a moči) a jeden vzorek obsahoval pouze vodu, jako negativní kontrolu. Před přípravou vzorků kity od firmy Oxford Nanopore byly vzorky ošetřeny DNázou a RNázou, virová RNA byla náhodně přepsána do DNA a u některých vzorků byla provedena amplifikace k dosažení větší koncentrace nukleových kyselin. Přípravou Rapid Barcoding Sequencing kit byly detekovány všechny použité viry s největším počtem virových čtení, celkem 4403, o délce 100-250 nt a s dobrým pokrytím virového genomu. PCR Barcoding kitem bylo detekováno pět z osmi virů a počet identifikovaných virových čtení s délekou 100-200 nt výrazně poklesl. Pomocí Premium whole genome...cs_CZ
dc.description.abstractThe use of the MinION sequencer (Oxford Nanopore) was tested on samples prepared to simulate infectious samples. The tested procedure is to simulate work with a sample with an unknown pathogen. Therefore, a metagenomic approach was chosen. Three kits were tested: Rapid Barcoding Sequencing, PCR Barcoding and Premium whole genome amplification. Each kit differed in duration, difficulty to prepare and in amplification of nucleic acids. In total it was chosen eight viruses with different genome lengths and with varying types of the genome (5,6 - 152 kb, ss/ds RNA, dsDNA). Ten samples were prepared to simulate different types of infection (respiratory, gastrointestinal tract and urine), and one sample contained pure water as a negative control. Before preparation of the library with Oxford Nanopore's kits, DNase/RNase treatment was used. The viral RNA was transcribed into DNA and in chosen samples were amplificated to reach a higher concentration of nucleic acids. Rapid barcoding sequencing kit detected all selected viruses with the highest number of viral reads (4403) with a length between 100 and 250 nt and quality coverage of viral genomes. PCR Barcoding kit detected five out of eight viruses, and the number of identified reads with a length of 100-200 nt distinctly decreased. Premium whole genome...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectSekvenování nové generacecs_CZ
dc.subjectklinická virologiecs_CZ
dc.subjectOxford Nanoporecs_CZ
dc.subjectneznámý původce infekcecs_CZ
dc.subjectNext generation sequencingen_US
dc.subjectclinical virologyen_US
dc.subjectOxford Nanoporeen_US
dc.subjectunknown infectious agenten_US
dc.titleSekvenování nové generace v klinické virologii: optimalizace metody pro použití na vzorcích s neznámým původcem infekcecs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2021
dcterms.dateAccepted2021-09-13
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId220420
dc.title.translatedNext generation sequencing in clinical virology: method optimization and it's use for samples with unknown infectious agenten_US
dc.contributor.refereeNunvář, Jaroslav
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
thesis.degree.disciplineGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csDobřecs_CZ
thesis.grade.enGooden_US
uk.abstract.csV této diplomové práci bylo testováno použití sekvenátoru MinION (Oxford Nanopore) na vzorcích připravených tak, aby simulovaly infekční vzorky. Testovaný postup má simulovat práci se vzorkem s neznámým patogenem, proto byl také vybrán metagenomický přístup. Byly testovány tři kity: Rapid Barcoding Sequencing, PCR Barcoding a Premium whole genome amplification, které se lišily v délce a náročnosti přípravy a způsobu amplifikace nukleových kyselin. Pro testování bylo vybráno celkem osm virů s různými délkami a různým typem genomu (5,6 - 152 kb, ss/ds RNA, dsDNA), ze kterých bylo připraveno 10 vzorků simulující různé infekce (respirační, gastrointestinálního traktu a moči) a jeden vzorek obsahoval pouze vodu, jako negativní kontrolu. Před přípravou vzorků kity od firmy Oxford Nanopore byly vzorky ošetřeny DNázou a RNázou, virová RNA byla náhodně přepsána do DNA a u některých vzorků byla provedena amplifikace k dosažení větší koncentrace nukleových kyselin. Přípravou Rapid Barcoding Sequencing kit byly detekovány všechny použité viry s největším počtem virových čtení, celkem 4403, o délce 100-250 nt a s dobrým pokrytím virového genomu. PCR Barcoding kitem bylo detekováno pět z osmi virů a počet identifikovaných virových čtení s délekou 100-200 nt výrazně poklesl. Pomocí Premium whole genome...cs_CZ
uk.abstract.enThe use of the MinION sequencer (Oxford Nanopore) was tested on samples prepared to simulate infectious samples. The tested procedure is to simulate work with a sample with an unknown pathogen. Therefore, a metagenomic approach was chosen. Three kits were tested: Rapid Barcoding Sequencing, PCR Barcoding and Premium whole genome amplification. Each kit differed in duration, difficulty to prepare and in amplification of nucleic acids. In total it was chosen eight viruses with different genome lengths and with varying types of the genome (5,6 - 152 kb, ss/ds RNA, dsDNA). Ten samples were prepared to simulate different types of infection (respiratory, gastrointestinal tract and urine), and one sample contained pure water as a negative control. Before preparation of the library with Oxford Nanopore's kits, DNase/RNase treatment was used. The viral RNA was transcribed into DNA and in chosen samples were amplificated to reach a higher concentration of nucleic acids. Rapid barcoding sequencing kit detected all selected viruses with the highest number of viral reads (4403) with a length between 100 and 250 nt and quality coverage of viral genomes. PCR Barcoding kit detected five out of eight viruses, and the number of identified reads with a length of 100-200 nt distinctly decreased. Premium whole genome...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.code3
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV