Show simple item record

Theoretical characterization of reaction center of photosystem
dc.creatorVokáčová, Zuzana
dc.date.accessioned2017-04-07T15:14:13Z
dc.date.available2017-04-07T15:14:13Z
dc.date.issued2008
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/14261
dc.description.abstractSpectral properties of reaction center of photosystem II (RC PS II) and some chosen pigment molecules were studied by methods of quantum chemistry. Absorption spectra of six monomer unit of RC PS II were computed with semiempirical method and on the DFT level. Spectra of monomers obtained by the semiepirical ZINDO method are red shifted and spectra obtained by TDDFT are blue shifted from measured spectrum of chlorophyll a. The shift is a result of applied method. Next, electron transitions of chosen part of chlorophyll-pheophytin complex of RC PS II were obtained by semiempirical method. A goal was to describe differences, which follows from enlarging size of the reaction complex. A difference in the spectra correlates with various groups of pigments, which belong to active and inactive branches. Red shift of spectral lines was found only for the central dimer in comparison with electron transitions of chlorophyll a. Spectra of selected pigment molecules (chlorophylls, bacteriochlorophylls, carotenoids, phycobilins) were calculated on the DFT level and a good agreement with experimental data was achieved. An expected spectral-lines dependence on molecular structures was obtained. The relationship of some substituents, the length of unsaturated chains of chromofor and some modification of structure was searched.en_US
dc.description.abstractPomocí metod kvantové chemie byly studovány spektrální vlastnosti reakčního centra fotosystému II (RC PS II) a vybraných fotosyntetických pigmentů. Absorpční spektra šesti monomerních jednotek RC PS II byla spočtena semiempirickými metodami a metodou DFT. Spektra monomerů dosažená semiempirickými metodami jsou posunutá do červena, naproti tomu spektra získaná pomocí metody DFT do modra od experimentálních hodnot pro chlorofyl a. Posun je způsoben použitou metodou. Dále byly semiempirickými metodami získány elektronové přechody pro vybrané části chlorofylofeofytinového komplexu RC PS II. Snahou bylo popsat změny plynoucí ze zvětšování komplexu chlorofylových molekul. Byl nalezen rozdíl spekter skupin pigmentů v aktivní a neaktivní části komplexu a červený posun spektra dimeru od spektra monomerního chlorofylu a. Spektra pigmentů (chlorofylů, bakteriochlorofylů, karotenů, fykobilínů) vypočtená na DFT úrovni jsou v kvalitativní shodě s experimentem. Byl nalezen očekávaný vliv struktury na podobu spektra. Sledovanými závislostmi byla přítomnost různých substituentů, délka chromoforu a vybrané modifikace struktury.cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.titleTeoretický popis fotosyntetického reakčního centracs_CZ
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2008
dcterms.dateAccepted2008-03-11
dc.description.departmentDepartment of Chemical Physics and Opticsen_US
dc.description.departmentKatedra chemické fyziky a optikycs_CZ
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.identifier.repId56977
dc.title.translatedTheoretical characterization of reaction center of photosystemen_US
dc.identifier.aleph000947120
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineBiophysics and chemical physicsen_US
thesis.degree.disciplineBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
thesis.degree.programPhysicsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBiophysics and chemical physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csProspělcs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csPomocí metod kvantové chemie byly studovány spektrální vlastnosti reakčního centra fotosystému II (RC PS II) a vybraných fotosyntetických pigmentů. Absorpční spektra šesti monomerních jednotek RC PS II byla spočtena semiempirickými metodami a metodou DFT. Spektra monomerů dosažená semiempirickými metodami jsou posunutá do červena, naproti tomu spektra získaná pomocí metody DFT do modra od experimentálních hodnot pro chlorofyl a. Posun je způsoben použitou metodou. Dále byly semiempirickými metodami získány elektronové přechody pro vybrané části chlorofylofeofytinového komplexu RC PS II. Snahou bylo popsat změny plynoucí ze zvětšování komplexu chlorofylových molekul. Byl nalezen rozdíl spekter skupin pigmentů v aktivní a neaktivní části komplexu a červený posun spektra dimeru od spektra monomerního chlorofylu a. Spektra pigmentů (chlorofylů, bakteriochlorofylů, karotenů, fykobilínů) vypočtená na DFT úrovni jsou v kvalitativní shodě s experimentem. Byl nalezen očekávaný vliv struktury na podobu spektra. Sledovanými závislostmi byla přítomnost různých substituentů, délka chromoforu a vybrané modifikace struktury.cs_CZ
uk.abstract.enSpectral properties of reaction center of photosystem II (RC PS II) and some chosen pigment molecules were studied by methods of quantum chemistry. Absorption spectra of six monomer unit of RC PS II were computed with semiempirical method and on the DFT level. Spectra of monomers obtained by the semiepirical ZINDO method are red shifted and spectra obtained by TDDFT are blue shifted from measured spectrum of chlorophyll a. The shift is a result of applied method. Next, electron transitions of chosen part of chlorophyll-pheophytin complex of RC PS II were obtained by semiempirical method. A goal was to describe differences, which follows from enlarging size of the reaction complex. A difference in the spectra correlates with various groups of pigments, which belong to active and inactive branches. Red shift of spectral lines was found only for the central dimer in comparison with electron transitions of chlorophyll a. Spectra of selected pigment molecules (chlorophylls, bacteriochlorophylls, carotenoids, phycobilins) were calculated on the DFT level and a good agreement with experimental data was achieved. An expected spectral-lines dependence on molecular structures was obtained. The relationship of some substituents, the length of unsaturated chains of chromofor and some modification of structure was searched.en_US
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra chemické fyziky a optikycs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV