Bakteriom stolice při terapii dětských neinfekčních onemocnění

Abstract

The intestinal microbiota is composed of up to 100 trillion microorganisms of which bacteria are overwhelming majority. The microbiota affects the development of the immune system, defence against pathogens, host nutrition, vitamin synthesis or fat storage and its composition is changing throughout life. Some studies point to an association between microbiota composition and the development of inflammatory bowel disease. One of the treatment options is anti-TNFα antibodies therapy, which uptake or antagonize the TNFα cytokine that otherwise mediates inflammation in the intestinal mucosa. The aim of the thesis was to examine how this treatment affects the composition of the intestinal bacteriome in paediatric patients with Crohn's disease, and to find specific bacterial taxa, whose abundance changes during the treatment. By inclusion of patients with juvenile idiopathic arthritis, also treated with anti-TNFα, the study aims to discern specific effects of therapeutically induced intestinal restitution (observable in patients with Crohn's disease) from general effects of anti-TNFα therapy. Stool samples from healthy children were used to determine "healthy" bacteriome. The composition of the bacteriome was studied by profiling the variable region of the V4 gene of 16S rDNA from patients stool samples...

Střevní mikrobiota je složena až ze 100 bilionů mikroorganismů, z nichž majoritní zastoupení mají bakterie. Její složení se mění v průběhu celého života a ovlivňuje vývoj imunitního systému, obranyschopnost proti patogenům, výživu hostitele, syntézu vitamínů či ukládání tuků. Některé studie poukazují na spojení mezi složením mikrobioty a vznikem zánětlivých střevních onemocnění. Jednou z možností léčby je terapie anti-TNFα protilátkami, které vychytávají nebo antagonizují cytokin TNFα, který mediuje zánět ve střevní sliznici. Cílem této práce bylo zjistit, jak tato léčba ovlivňuje složení střevního bakteriomu u dětských pacientů s Crohnovou chorobou, a najít konkrétní bakteriální taxony, jejichž četnost se při léčbě mění. Analýzou složení bakteriomu dětských pacientů s juvenilní idiopatickou artritidou jsem chtěla zjistit, jestli tato změna v zastoupení taxonů je specifická pro Crohnovu chorobu (jedná-li se o terapeuticky indukovanou restituci střeva) nebo jde o obecný důsledek terapie anti-TNFα. Pro stanovení "zdravého" bakteriomu sloužily paralelně vzorky stolic od zdravých dětí. Složení bakteriomu bylo stanoveno profilováním analýzou variabilní oblasti V4 genu pro 16S rDNA ze vzorků stolic pacientů a kontrol pomocí sekvenování nové generace. Získaná data byla bioinformaticky analyzována....