Fylogeneze a evoluce bodlinatých myší rodu Acomys

Abstract

The geographical distribution and phylogeny of the spiny mice of the genus Acomys Geoffroy I., 1838 remains a controversial and open topic. This doctoral thesis deals with the intraspecific structure and geographical distribution of the genus Acomys from the northern, eastern, central and southern parts of Africa, the Mediterranean islands of Cyprus and Crete, the Turkish coast, the Arabian and Sinai Peninsula and Iran, using molecular analyzes. Molecular analyzes were based on both the mitochondrial gene sequences of the D-loop genes (publication I.) and cytochrome b, as well as the nuclear sequences of the Intraretinal Binding Protein gene (IRBP) (publication IV) and recombinant activation gene 1 (RAG1) (publication II.). Furthermore, the data were subjected to phylogenetic analyzes using the Maximum Probability, Bayesian, Maximum Parsimony, and Minimum Evolution analysis. The results of mentioned analyses confirmed that the Afro-Mediterranean Acomys cahirinus and Asian Acomys dimidiatus are clearly separated. The large similarity between the haplotypes of continental Africa and the northern Mediterranean (A. cahirinus sensu stricto) supports the hypothesis that the ancestors of A. nesiotes, A. cilicicus and A. minous are very likely to spread as commensal populations, thereby challenging their...

Geografické rozšíření a fylogeneze bodlinatých myší rodu Acomys Geoffroy I., 1838 zůstává stále kontroverzním a otevřeným tématem. Tato práce se zabývá vnitrodruhovou strukturou a geografickým rozšířením rodu Acomys ze severní, východní, střední a jižní části Afriky, ostrovů Středozemního moře Kypr a Kréta, Tureckého pobřeží, Arabského a Sinajského poloostrova a z Íránu, při využití molekulárních analýz. Molekulární analýzy byly založeny, jak na mitochondriálních genových sekvencích genů D-loop (publikace I) a cytochromu b, tak i na jaderných sekvencích genu intraretinálního vazebného proteinu (IRBP) (publikace III, IV) a rekombinantního aktivačního genu 1 (RAG1) (publikace II.). Dále byla data podrobena fylogenetickým analýzám za použití analýz Maximální pravděpodobnosti (Maximum likelihood, ML), Bayesovské anylýzy (BA), Maximální úspornosti (Maximum parsimony, MP) a metoda nejbližšího souseda (Neighbor-joining, NJ). Výsledky těchto analýz potvrdily, že afro-středomořské Acomys cahirinus a asijské klady Acomys dimidiatus jsou jasně oddělené. Velká podobnost mezi haplotypy z kontinentální Afriky a severního Středomoří (klad A. cahirinus sensu stricto) podporuje hypotézu, že předci A. nesiotes, A. cilicicus a A. minous se velmi pravděpodobně rozšířili jako komenzální populace, čímž je zpochybněn...