Tvorba virtuální knihovny syntetických látek pro praktické využití v molekulově modelovací studii

Abstract

Charles University, Pharmaceutical Faculty in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Candidate: Jitka Vávrová Supervisor: PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D. Title of Diploma Thesis: Creation of a virtual library of synthetic compounds for practical use in a molecular modelling study Drug development is a process requiring the analysis of a large amount of data.Creating a virtual library of synthesized compounds provides access to primary data concerning structure, results of biological activity studies, and molecular descriptors necessary for drug- like prediction. Chemical databases are usually used in virtual screening, which is a modern strategy of Computer Assisted Drug Design (CADD). Molecular docking is one of the methods. Microsoft Excel was used to create the database, which includes different structural types, e.g., pyrazine, rhodanine, thiazolidin-2,4-dione, and 1,2,4-oxadiazole derivatives prepared in the research group Design and Development of New Antimicrobial Agents. Molecules are available in a spreadsheet containing all compounds in a line-notation ready-to- dock format. To demonstrate this database's actual usage, a molecular modelling study was performed using the software Molecular Operating Environment (MOE). This study...

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Pracoviště: Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Diplomant: Jitka Vávrová Vedoucí práce: PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D. Název práce: Tvorba virtuální knihovny syntetických látek pro praktické využití v molekulově modelovací studii Návrh a vývoj léčivé látky je proces vyžadující analýzu velkého množství dat. Vytvoření virtuální knihovny syntetických látek poskytuje přístup k primárním údajům ohledně struktury sloučenin, výsledků studií biologické aktivity a molekulovým deskriptorům nezbytným pro predikci podobnosti léčivým látkám. Chemické databáze nacházejí své uplatnění ve virtuálním screeningu, který představuje moderní strategii počítačem asistovaného návrhu léčiv (z angl. Computer Assisted Drug Design, CADD). Molekulové dokování je jednou z možných metod. Databáze byla vytvořena v programu Microsoft Excel a zahrnuje různé strukturní typy sloučenin, např. deriváty pyrazinu, rhodaninu, thiazolidin-2,4-dionu a 1,2,4-oxadiazolu, které byly připraveny v rámci výzkumné skupiny Návrh a vývoj nových antimikrobiálních léčiv. Molekuly jsou dostupné v řádkovém zápisu vhodném pro molekulové dokování. Pro ukázku konkrétního využití této databáze byla provedena molekulově modelovací studie v programu Molecular Operating Environment...