Show simple item record

Faktory ovlivňující genovou expresi u Bacillus subtilis
dc.contributor.advisorKrásný, Libor
dc.creatorSudzinová, Petra
dc.date.accessioned2021-03-02T11:07:05Z
dc.date.available2021-03-02T11:07:05Z
dc.date.issued2021
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/124722
dc.description.abstractKlíčovým enzymem bakteriální transkripce je DNA-závislá RNA-polymeráza (RNAP). Její aktivita musí být přesně kontrolována. Tato kontrola může nastat na úrovni rozeznání různých verzí promotorové DNA, v různém stavu nadšroubovicovitého vinutí. Dále také pomocí změn ve vnitrobuněčné koncentraci metabolitů, nebo pomocí vazby proteinů, které se nazývají transkripční faktory. I když byla RNAP a její regulační síť intenzivně studována po desítky let, stále nové a nové regulátory jsou objevovány. Hlavním cílem této doktorské práce je představit několik z nich: i) HelD, nový protein, který se váže na RNAP, a jehož trojrozměrná struktura zatím není známa; ii) RNázu J1, enzym s novým mechanismem funkce; iii) Spx, důležitý regulátor genové exprese v Bacillus subtilis, jehož všechny funkce zatím nejsou popsány a iv) vliv nadšroubovicovitého stavu promotorové DNA na transkripci. V Publikaci I jsme popsali HelD protein jako nového vazebného partnera RNAP z Bacillus subtilis a charakterizovali jsme jeho biochemické vlastnosti. HelD zvyšuje transkripci tím, že pomáhá recyklovat molekuly RNAP, a tato aktivace je závislá na ATP. V Publikaci III jsme prezentovali první vhled do trojrozměrné struktury HelD pomocí metody SAXS a popsali jsme doménové složení HelD proteinu. A v Publikaci VI jsme vyřešili strukturu...cs_CZ
dc.description.abstractBacterial DNA-dependent RNA polymerase (RNAP) is a key enzyme of bacterial transcription. Its activity must be tightly regulated. This could be done on the level of promoter DNA topology recognition, by changing the intracellular levels of metabolites, or by binding proteins, known as transcription factors. Even though the RNAP regulatory network has been intensively studied for decades, new regulators are still being described. The main focus of this Thesis is to characterize some of them: i) HelD, a novel RNAP interacting factor, with so far unknown protein 3D structure; ii) RNase J1, an enzyme with a unique mechanism of functioning; iii) Spx, a major regulator of gene expression in Bacillus subtilis, with still new roles to be defined and iv) the effect of the topological state of promoters on transcription. We identified HelD as an interacting protein of RNAP in Bacillus subtilis and described its biochemical properties. It stimulates transcription in an ATP-dependent manner, by enhancing recycling of RNAP molecules (Publication I). We published the first insight into the HelD structure by SAXS (small angle X-ray scattering) and deepened the understanding of HelD domain composition (Publication III). And finally, we were able to solve the cryo-EM structure of HelD:RNAP complexes from...en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectBacillus subtilisen_US
dc.subjecttranscription factoren_US
dc.subjectRNA polymeraseen_US
dc.subjectgene expressionen_US
dc.subjectBacillus subtiliscs_CZ
dc.subjecttranskripční faktorcs_CZ
dc.subjectRNA polymerázacs_CZ
dc.subjectgenová expresecs_CZ
dc.titleFactors affecting gene expression in Bacillus subtilisen_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2021
dcterms.dateAccepted2021-02-09
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId144171
dc.title.translatedFaktory ovlivňující genovou expresi u Bacillus subtiliscs_CZ
dc.contributor.refereeVopálenský, Václav
dc.contributor.refereeVohradský, Jiří
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMolecular and Cellular Biology, Genetics and Virologyen_US
thesis.degree.disciplineMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
thesis.degree.programMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
thesis.degree.programMolecular and Cellular Biology, Genetics and Virologyen_US
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMolecular and Cellular Biology, Genetics and Virologyen_US
uk.degree-program.csMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
uk.degree-program.enMolecular and Cellular Biology, Genetics and Virologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csKlíčovým enzymem bakteriální transkripce je DNA-závislá RNA-polymeráza (RNAP). Její aktivita musí být přesně kontrolována. Tato kontrola může nastat na úrovni rozeznání různých verzí promotorové DNA, v různém stavu nadšroubovicovitého vinutí. Dále také pomocí změn ve vnitrobuněčné koncentraci metabolitů, nebo pomocí vazby proteinů, které se nazývají transkripční faktory. I když byla RNAP a její regulační síť intenzivně studována po desítky let, stále nové a nové regulátory jsou objevovány. Hlavním cílem této doktorské práce je představit několik z nich: i) HelD, nový protein, který se váže na RNAP, a jehož trojrozměrná struktura zatím není známa; ii) RNázu J1, enzym s novým mechanismem funkce; iii) Spx, důležitý regulátor genové exprese v Bacillus subtilis, jehož všechny funkce zatím nejsou popsány a iv) vliv nadšroubovicovitého stavu promotorové DNA na transkripci. V Publikaci I jsme popsali HelD protein jako nového vazebného partnera RNAP z Bacillus subtilis a charakterizovali jsme jeho biochemické vlastnosti. HelD zvyšuje transkripci tím, že pomáhá recyklovat molekuly RNAP, a tato aktivace je závislá na ATP. V Publikaci III jsme prezentovali první vhled do trojrozměrné struktury HelD pomocí metody SAXS a popsali jsme doménové složení HelD proteinu. A v Publikaci VI jsme vyřešili strukturu...cs_CZ
uk.abstract.enBacterial DNA-dependent RNA polymerase (RNAP) is a key enzyme of bacterial transcription. Its activity must be tightly regulated. This could be done on the level of promoter DNA topology recognition, by changing the intracellular levels of metabolites, or by binding proteins, known as transcription factors. Even though the RNAP regulatory network has been intensively studied for decades, new regulators are still being described. The main focus of this Thesis is to characterize some of them: i) HelD, a novel RNAP interacting factor, with so far unknown protein 3D structure; ii) RNase J1, an enzyme with a unique mechanism of functioning; iii) Spx, a major regulator of gene expression in Bacillus subtilis, with still new roles to be defined and iv) the effect of the topological state of promoters on transcription. We identified HelD as an interacting protein of RNAP in Bacillus subtilis and described its biochemical properties. It stimulates transcription in an ATP-dependent manner, by enhancing recycling of RNAP molecules (Publication I). We published the first insight into the HelD structure by SAXS (small angle X-ray scattering) and deepened the understanding of HelD domain composition (Publication III). And finally, we were able to solve the cryo-EM structure of HelD:RNAP complexes from...en_US
uk.file-availabilityN
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.codeP
uk.publication-placePrahacs_CZ
dc.date.embargoEndDate09-02-2022
uk.embargo.reasonprotection of intellectual property, particularly protection of inventions or technical solutionsen
uk.embargo.reasonochrana duševního vlastnictví, zejména ochrana vynálezů či technických řešenícs
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV