Exprese miRNA v adenokarcinomu pankreatu-vztah k morfologickým charakteristikám a prognóze onemocnění.

Abstract

Ductal adenocarcinoma (PDAC) is the most common primary pancreatic neoplasm. It's frequently diagnosed in late inoperable stage and has high resistance to chemotherapy; this situation contributes to its unfavourable prognosis. Therefore, there is a need for biomarkers enabling early detection of PDACs and by this way to improve patient prognosis. MicroRNAs (miRNA), short non-coding RNA molecules involved in post-transcriptional regulation of gene expression, belong to such markers. Contrary to other RNA molecules, miRNAs are stable in biological samples. Their expression is measured by several analytical methods, including real-time quantitative PCR (RT-qPCR). Normalization of methods determining miRNA levels requires adequate endogenous controls. However, variable expression of endogenous controls in tumors may cause bias in determining miRNA levels. The aim of the first study was to investigate the expression of six miRNAs isolated from formalin fixed paraffin embedded (FFPE) samples of PDACs. Four controls were chosen for RT-qPCR result normalization: artificial spike miR-39 from C. elegans, U6 snRNA, miR-16 and snoRNA U91. Expression values of all studied miRNAs in tumors were significantly different depending on selected endogenous controls. Additionally, stability of the controls varied...

Duktální adenokarcinom (PDAC) je nejčastějším primárním nádorem pankreatu. Jeho nepříznivá prognóza je dána mimo jiné i tím, že je často diagnostikován až v inoperabilním pozdním stadiu a navíc vykazuje vysokou chemorezistenci. Pro možnost časnější diagnózy PDAC a tím zlepšení prognózy nemocných jsou hledány nové biomarkery, mezi které patří mimo jiné i microRNA (miRNA), krátké nekódující RNA molekuly, zapojené do post- transkripční regulace genové exprese. Na rozdíl od jiných RNA jsou molekuly miRNA v biologických vzorcích stabilní. Jejich expresi je možné stanovit prostřednictvím více analytických metod, například kvantitativní real-time PCR (RT-qPCR). Pro normalizaci metod požívaných pro zjištění hladiny miRNA je nutné použít vhodné endogenní kontroly. Variabilní exprese endogenních kontrol však může znamenat určitou nejistotu při kvantifikaci exprese miRNA. Cílem první práce byly analýza exprese šesti miRNA, izolovaných z parafínových bloků (FFPE) biopticky vyšetřených PDAC a určení optimální vnitřní kontroly. Při normalizaci výsledků RT-qPCR byly hodnoceny čtyři interní kontroly: arteficiální spike miR-39 od C. elegans, U6 snRNA, miR-16 a snoRNA U91. Hodnoty exprese všech sledovaných miRNA byly v nádorech signifikantně odlišné v závislosti na zvolené vnitřní kontrole. Mimo to vykazovala...