Show simple item record

Study of naphthalene access pathways to cytochrome P450 1A2.
dc.contributor.advisorJeřábek, Petr
dc.creatorMartinka, Jakub
dc.date.accessioned2020-10-06T10:10:31Z
dc.date.available2020-10-06T10:10:31Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/121159
dc.description.abstractCytochrom P450 1A2 je lidský jaterní enzym hemoproteinové povahy, jež patří do evolučně staré skupiny cytochromů P450. Mezi substráty cytochromů P450 patří široká škála léčiv a většina prokarcinogenů, což z nich činí důležité enzymy pro studium karcinogeneze. Hlavní reakcí, kterou cytochrom P450 1A2 katalyzuje, je monooxygenace, při které je vnášen atom kyslíku do molekuly substrátu. Tato reakce probíhá v aktivním místě, které je v případě publikované struktury cytochromu P450 1A2 zanořeno uvnitř katalytické domény bez zjevné přístupové cesty. Techniky molekulového modelování umožňují studium dynamických jevů u velkých systémů a jsou tedy vhodné také pro simulace transportu molekul substrátu k aktivnímu místu. Tunely jsou totiž zpřístupňovány z důsledku strukturních fluktuací. V této práci bylo využito technik molekulového modelování ke studiu cest, které molekula naftalenu využívá pro vstup do aktivnímu místa cytochromu P450 1A2. Simulován byl systém tvořený cytochromem P450 1A2 ukotveným ve fosfolipidové membráně, molekulami vody, ionty a naftalenu. Simulacemi byly získány trajektorie s celkovou délkou 8 µs, jejichž analýzou bylo identifikováno sedm tunelů, jež by mohly sloužit k transportu substrátů. Dále bylo pozorováno zanoření molekul naftalenu přímo k aktivnímu místu cytochromu P450 1A2. Na...cs_CZ
dc.description.abstractCytochrome P450 1A2 is a human liver enzyme of a hemoprotein nature that belongs to the evolutionarily ancient group of cytochromes P450. Cytochrome P450 substrates include a wide range of drugs and most procarcinogens, making it a crucial enzyme for the study of carcinogenesis. The main reaction catalyzed by cytochrome P450 1A2 is monooxygenation, in which an oxygen atom is incorporated into a substrate molecule. This reaction takes place at an active site which, in the case of published structure of cytochrome P450 1A2, is buried in the core of the catalytic domain without an accessible tunnels. Molecular modeling techniques allow the study of dynamic phenomena in large systems and are therefore also suitable for simulations of the transport of substrate molecules to the active site. The tunnels are being made accessible due to structural fluctuations. In this work, molecular modeling techniques were used to study the pathways that the naphthalene molecule uses to enter the active site of cytochrome P450 1A2. A system consisting of cytochrome P450 1A2 anchored in a phospholipid membrane, water, ion and naphthalene molecules was simulated. The simulations yielded trajectories with a total length of 8 µs and the analysis identified seven tunnels that can be used to transport substrates....en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleStudium přístupových cest naftalenu do cytochromu P450 1A2.cs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2020
dcterms.dateAccepted2020-09-15
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId209415
dc.title.translatedStudy of naphthalene access pathways to cytochrome P450 1A2.en_US
dc.contributor.refereeKulhánek, Petr
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csCytochrom P450 1A2 je lidský jaterní enzym hemoproteinové povahy, jež patří do evolučně staré skupiny cytochromů P450. Mezi substráty cytochromů P450 patří široká škála léčiv a většina prokarcinogenů, což z nich činí důležité enzymy pro studium karcinogeneze. Hlavní reakcí, kterou cytochrom P450 1A2 katalyzuje, je monooxygenace, při které je vnášen atom kyslíku do molekuly substrátu. Tato reakce probíhá v aktivním místě, které je v případě publikované struktury cytochromu P450 1A2 zanořeno uvnitř katalytické domény bez zjevné přístupové cesty. Techniky molekulového modelování umožňují studium dynamických jevů u velkých systémů a jsou tedy vhodné také pro simulace transportu molekul substrátu k aktivnímu místu. Tunely jsou totiž zpřístupňovány z důsledku strukturních fluktuací. V této práci bylo využito technik molekulového modelování ke studiu cest, které molekula naftalenu využívá pro vstup do aktivnímu místa cytochromu P450 1A2. Simulován byl systém tvořený cytochromem P450 1A2 ukotveným ve fosfolipidové membráně, molekulami vody, ionty a naftalenu. Simulacemi byly získány trajektorie s celkovou délkou 8 µs, jejichž analýzou bylo identifikováno sedm tunelů, jež by mohly sloužit k transportu substrátů. Dále bylo pozorováno zanoření molekul naftalenu přímo k aktivnímu místu cytochromu P450 1A2. Na...cs_CZ
uk.abstract.enCytochrome P450 1A2 is a human liver enzyme of a hemoprotein nature that belongs to the evolutionarily ancient group of cytochromes P450. Cytochrome P450 substrates include a wide range of drugs and most procarcinogens, making it a crucial enzyme for the study of carcinogenesis. The main reaction catalyzed by cytochrome P450 1A2 is monooxygenation, in which an oxygen atom is incorporated into a substrate molecule. This reaction takes place at an active site which, in the case of published structure of cytochrome P450 1A2, is buried in the core of the catalytic domain without an accessible tunnels. Molecular modeling techniques allow the study of dynamic phenomena in large systems and are therefore also suitable for simulations of the transport of substrate molecules to the active site. The tunnels are being made accessible due to structural fluctuations. In this work, molecular modeling techniques were used to study the pathways that the naphthalene molecule uses to enter the active site of cytochrome P450 1A2. A system consisting of cytochrome P450 1A2 anchored in a phospholipid membrane, water, ion and naphthalene molecules was simulated. The simulations yielded trajectories with a total length of 8 µs and the analysis identified seven tunnels that can be used to transport substrates....en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.code1
uk.publication-placePrahacs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV