Show simple item record

Engineering of microbial glycosidases for modifying synthetic potential
dc.contributor.advisorBojarová, Pavla
dc.creatorHovorková, Michaela
dc.date.accessioned2020-08-03T09:47:38Z
dc.date.available2020-08-03T09:47:38Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/119698
dc.description.abstractGlycosidases (EC 3.2.1.) alias glycoside hydrolases are enzymes that catalyze the cleavage of a glycosidic bond between two carbohydrates or between a carbohydrate and an aglycone. Under suitable conditions (especially reduction of water activity in the reaction mixture), these enzymes are also able to synthesize a glycosidic bond. By targeted mutagenesis of the catalytic centre of the enzymes, it is possible to suppress or completely abolish their hydrolytic activity. Enzyme synthesis using glycosidases makes it possible to prepare bioactive galactosides, for example galectin ligands. The present work deals mainly with β-galactosidase from Bacillus circulans, its recombinant expression and mutagenesis. In the first part of the work, the commercially prepared plasmid of -galactosidase from B. circulans isoform A that I designed was used for recombinant expression in E. coli. It was necessary to optimize the conditions of the enzyme production. As it is a large protein (189 kDa), the expression vector pCOLD II and cold production at 15 ř C were used. The enzyme is specific for the formation of the β-1,4 glycosidic bond and has been used to synthesize complex tri- and tetrasaccharide ligands that cannot be prepared with a crude commercial preparation containing undesirable enzyme activities....en_US
dc.description.abstractGlykosidázy (EC 3.2.1.) neboli glykosidhydrolázy jsou enzymy katalyzující štěpení glykosidové vazby mezi dvěma sacharidy nebo mezi sacharidem a aglykonem. Za vhodných reakčních podmínek (zvláště snížení aktivity vody v reakční směsi) jsou tyto enzymy schopné glykosidovou vazbu též syntetizovat. Cílenou mutagenezí katalytického centra enzymů je možné potlačit nebo úplně zrušit jejich hydrolytickou aktivitu. Enzymová syntéza pomocí glykosidáz umožňuje připravit bioaktivní galaktosidy, např. ligandy galektinů. Předkládaná práce se zabývá zejména -galaktosidázou z Bacillus circulans, její rekombinantní expresí a mutagenezí. V první části práce byl mnou navržený komerčně připravený plazmid -galaktosidázy z B. circulans izoformy A použit k rekombinantní expresi v E. coli. Bylo nutné optimalizovat podmínky produkce enzymu. Jelikož jde o velký protein (189 kDa) byl použit expresní vektor pCOLD II a chladová kultivace při 15 řC. Enzym je specifický pro tvorbu glykosidové vazby β-1,4 a byl využit na syntézu komplexních tri- a tetrasacharidových ligandů, které nelze připravit s hrubým komerčním preparátem obsahujícím nežádoucí enzymové aktivity. Dále byla pomocí PCR s mutantními primery provedena cílená mutageneze katalytického nukleofilu v aktivním centru tohoto enzymu, čímž byl vytvořen mutant v pozici...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectBacillus circulansen_US
dc.subjectEscherichia colien_US
dc.subjectβ-galactosidaseen_US
dc.subjectgalactosylationen_US
dc.subjectglycosynthaseen_US
dc.subjectPCRen_US
dc.subjectrecombinant expressionen_US
dc.subjecttargeted mutagenesisen_US
dc.subjectBacillus circulanscs_CZ
dc.subjectcílená mutagenezecs_CZ
dc.subjectEscherichia colics_CZ
dc.subjectβ-galaktosidázacs_CZ
dc.subjectgalaktosylacecs_CZ
dc.subjectglykosyntázacs_CZ
dc.subjectPCRcs_CZ
dc.subjectrekombinantní expresecs_CZ
dc.titleInženýrství mikrobiálních glykosidáz pro změnu syntetického potenciálucs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2020
dcterms.dateAccepted2020-07-13
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId205879
dc.title.translatedEngineering of microbial glycosidases for modifying synthetic potentialen_US
dc.contributor.refereeLichá, Irena
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMikrobiologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineMicrobiologyen_US
thesis.degree.programBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMikrobiologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMicrobiologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVelmi dobřecs_CZ
thesis.grade.enVery gooden_US
uk.abstract.csGlykosidázy (EC 3.2.1.) neboli glykosidhydrolázy jsou enzymy katalyzující štěpení glykosidové vazby mezi dvěma sacharidy nebo mezi sacharidem a aglykonem. Za vhodných reakčních podmínek (zvláště snížení aktivity vody v reakční směsi) jsou tyto enzymy schopné glykosidovou vazbu též syntetizovat. Cílenou mutagenezí katalytického centra enzymů je možné potlačit nebo úplně zrušit jejich hydrolytickou aktivitu. Enzymová syntéza pomocí glykosidáz umožňuje připravit bioaktivní galaktosidy, např. ligandy galektinů. Předkládaná práce se zabývá zejména -galaktosidázou z Bacillus circulans, její rekombinantní expresí a mutagenezí. V první části práce byl mnou navržený komerčně připravený plazmid -galaktosidázy z B. circulans izoformy A použit k rekombinantní expresi v E. coli. Bylo nutné optimalizovat podmínky produkce enzymu. Jelikož jde o velký protein (189 kDa) byl použit expresní vektor pCOLD II a chladová kultivace při 15 řC. Enzym je specifický pro tvorbu glykosidové vazby β-1,4 a byl využit na syntézu komplexních tri- a tetrasacharidových ligandů, které nelze připravit s hrubým komerčním preparátem obsahujícím nežádoucí enzymové aktivity. Dále byla pomocí PCR s mutantními primery provedena cílená mutageneze katalytického nukleofilu v aktivním centru tohoto enzymu, čímž byl vytvořen mutant v pozici...cs_CZ
uk.abstract.enGlycosidases (EC 3.2.1.) alias glycoside hydrolases are enzymes that catalyze the cleavage of a glycosidic bond between two carbohydrates or between a carbohydrate and an aglycone. Under suitable conditions (especially reduction of water activity in the reaction mixture), these enzymes are also able to synthesize a glycosidic bond. By targeted mutagenesis of the catalytic centre of the enzymes, it is possible to suppress or completely abolish their hydrolytic activity. Enzyme synthesis using glycosidases makes it possible to prepare bioactive galactosides, for example galectin ligands. The present work deals mainly with β-galactosidase from Bacillus circulans, its recombinant expression and mutagenesis. In the first part of the work, the commercially prepared plasmid of -galactosidase from B. circulans isoform A that I designed was used for recombinant expression in E. coli. It was necessary to optimize the conditions of the enzyme production. As it is a large protein (189 kDa), the expression vector pCOLD II and cold production at 15 ř C were used. The enzyme is specific for the formation of the β-1,4 glycosidic bond and has been used to synthesize complex tri- and tetrasaccharide ligands that cannot be prepared with a crude commercial preparation containing undesirable enzyme activities....en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.code2
uk.publication-placePrahacs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV