Funkce ABCF proteinů u bakterií

Abstract

Translation belongs to the most basic processes which happens in the living cells. It is the last step of proteosynthesis when genetic information encoded by the mRNA is transformed into the protein on a ribosome. Organisms have developed a wide range of mechanisms that can regulate it's needs. I focused on one of them - ABCF proteins. This protein group is a member of the ABC transporters superfamily but they haven't a transmembrane domain and their purpose is protect the ribosomes from antibiotics that bind 50S ribosomal subunit or interact with the ribosomes and influence ribosomal functions. Today, we can divide ABCF proteins into the two functional groups: antibiotic resistence proteins (ARE) and proteins with the regulatory functions. The translational regulatory function has been confirmed There is 45 ABCF protein subfamilies spread through the bacteries and eukaryotes but many essential informations like the structure and exact function of them are still missing. My bachelor thesis is analysis and summary of facts that are known about the bacterial ABCF proteins. Key words: ABCF proteins, antibiotic resistence, ARE, translational regulation, ribosome, translation, translational factors

Translace je jedním z nejzákladnějších procesů odehrávajících se v živých buňkách. Jedná se přepis nukleotidové sekvence mRNA do proteinu, který probíhá na ribozomech. Během evoluce si organismy vyvinuly nepřeberné množství mechanizmů, kterými dokáží flexibilně reagovat na své potřeby. Jedním z těchto mechanizmů jsou i ABCF proteiny, které náleží do superrodiny ABC transportérů, ale na rozdíl od nich jim chybí transmembránová doména a neúčastní se transportních procesů. V buňkách se ABCF proteiny nacházejí volně v cytosolu nebo interagují s ribozomy. Dnes rozlišujeme dvě skupiny ABCF proteinů: antibioticko-rezistenční a proteiny, které regulují translaci. Ovšem tato funkce byla s jistotou potvrzena pouze u proteinu Etta. Antibioticko-rezistenční ABCF proteiny (ARE) se vážou na ribozom a ochraňují ho před působením antibiotik navazujících se na 50S ribozomální podjednotku. Regulační ABCF proteiny reagují na vnitřní a vnější buněčné podmínky. V případě neobvyklých podmínek se navazují na ribozomy a jsou stěžejní pro jejich správnou funkci. Dnes je známo 45 podrodin ABCF proteinů, ale struktura a přesný mechanizmus působení těchto proteinů je stále zahalen tajemstvím. Ve své práci shrnuji dostupné informace o bakteriálních ABCF proteinech. Klíčová slova: ABCF proteiny, antibiotická rezistence, ARE,...