Show simple item record

Topologie telomerních DNA kvadruplexů v různě koncentrovaných roztocích
dc.contributor.advisorŘímal, Václav
dc.creatorBokach, Anton
dc.date.accessioned2021-03-25T21:29:13Z
dc.date.available2021-03-25T21:29:13Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/116627
dc.description.abstractTelomery obsahují opakující se sekvence DNA a hrají klíčovou roli při stárnutí buněk a rakovině. Lidská telomerní DNA obsahuje sekvence bohaté na guanin, jako je (GGGTTA) n, které jsou schopné sestavit čtyřvláknové kvadruplexní struktury. Kvadruplexy mohou zaujimat různé topologie v závislosti na iontovém prostředí, koncentraci, teplotní historii a dalších faktorech. Tyto topologie zahrnují paralelní, antiparalelní a hybridní (3 + 1) typy. Zkoumali jsme účinek ředění a annealingu dvou lidských telomerních sekvencí (21 a 22 nukleotidů dlouhých) v roztoku obsahujícím draselné kationty metodami nukleární mag- netické rezonance (NMR) a Ramanovy spektroskopie. Zjistili jsme, že multimolekulární komplexy s paralelní orientací řetězců DNA, které vzníkají při vysoké koncentraci DNA (≈ 10 mM), přetrvávají i po silném zředění. Jsou narušeny pouze tepelným annealingem. Navíc annealing vedl k vytvoření unimolekulárního G-kvadruplexu, který zaujímal hy- bridní (3 + 1) konformaci. Hybridní (3 + 1) konformace G-kvadruplexu je nejpop- ulovanější monomolekulární kvadruplexní struktura přítomná v roztoku, bez ohledu na koncentraci oligonukleotidů. Pozorovali jsme rozdíly mezi strukturami kvadruplexů v koncentrovaných a zředěných roztocích a také před a po anealingu. Předkládaná práce přináší nový pohled na závislost typu...cs_CZ
dc.description.abstractTelomeres contain repetitive DNA sequences and play a key role in cellular ageing and cancer. Human telomeric DNA contains guanine-rich sequences, such as (GGGTTA)n, that are capable of four-stranded quadruplex structures assembling. Quadruplexes can adopt various topologies depending on the ionic environment, concentration, thermal treatment and other factors. Those topologies include parallel, anti-parallel and hybrid (3+1) types. We explored the effect of dilution and annealing of two human telomere sequences (21 and 22 nucleotide long) in a potassium-containing solution by nuclear magnetic reso- nance (NMR) and Raman spectroscopies. We found that multimolecular complexes with parallel orientation of the DNA strands, which are formed at high DNA concentration (≈ 10 mM), persist even after strong dilution. They are disrupted only by thermal an- nealing. Furthermore, annealing led to the creation of a unimolecular G-quadruplex that appeared to be in (3 + 1) conformation. The (3 + 1) conformation of G-quadruplex is the most populated monomeric quadruplex structure present in the solution, regardless of oligonucleotide concentration. We examined the differences between quadruplex structures in crowded and diluted solutions, as well as, before and after annealing. The presented thesis brings new in- sights...en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectDNAen_US
dc.subjectquadruplexen_US
dc.subjectNMRen_US
dc.subjectDNAcs_CZ
dc.subjectkvadruplexcs_CZ
dc.subjectNMRcs_CZ
dc.titleConcentration-dependent topology of telomere DNA quadruplexesen_US
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2020
dcterms.dateAccepted2020-02-04
dc.description.departmentKatedra fyziky nízkých teplotcs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Low Temperature Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.identifier.repId199015
dc.title.translatedTopologie telomerních DNA kvadruplexů v různě koncentrovaných roztocíchcs_CZ
dc.contributor.refereeŠtěpánek, Josef
dc.identifier.aleph002311797
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineGeneral Physicsen_US
thesis.degree.disciplineObecná fyzikacs_CZ
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
thesis.degree.programPhysicsen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra fyziky nízkých teplotcs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Low Temperature Physicsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csObecná fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enGeneral Physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csTelomery obsahují opakující se sekvence DNA a hrají klíčovou roli při stárnutí buněk a rakovině. Lidská telomerní DNA obsahuje sekvence bohaté na guanin, jako je (GGGTTA) n, které jsou schopné sestavit čtyřvláknové kvadruplexní struktury. Kvadruplexy mohou zaujimat různé topologie v závislosti na iontovém prostředí, koncentraci, teplotní historii a dalších faktorech. Tyto topologie zahrnují paralelní, antiparalelní a hybridní (3 + 1) typy. Zkoumali jsme účinek ředění a annealingu dvou lidských telomerních sekvencí (21 a 22 nukleotidů dlouhých) v roztoku obsahujícím draselné kationty metodami nukleární mag- netické rezonance (NMR) a Ramanovy spektroskopie. Zjistili jsme, že multimolekulární komplexy s paralelní orientací řetězců DNA, které vzníkají při vysoké koncentraci DNA (≈ 10 mM), přetrvávají i po silném zředění. Jsou narušeny pouze tepelným annealingem. Navíc annealing vedl k vytvoření unimolekulárního G-kvadruplexu, který zaujímal hy- bridní (3 + 1) konformaci. Hybridní (3 + 1) konformace G-kvadruplexu je nejpop- ulovanější monomolekulární kvadruplexní struktura přítomná v roztoku, bez ohledu na koncentraci oligonukleotidů. Pozorovali jsme rozdíly mezi strukturami kvadruplexů v koncentrovaných a zředěných roztocích a také před a po anealingu. Předkládaná práce přináší nový pohled na závislost typu...cs_CZ
uk.abstract.enTelomeres contain repetitive DNA sequences and play a key role in cellular ageing and cancer. Human telomeric DNA contains guanine-rich sequences, such as (GGGTTA)n, that are capable of four-stranded quadruplex structures assembling. Quadruplexes can adopt various topologies depending on the ionic environment, concentration, thermal treatment and other factors. Those topologies include parallel, anti-parallel and hybrid (3+1) types. We explored the effect of dilution and annealing of two human telomere sequences (21 and 22 nucleotide long) in a potassium-containing solution by nuclear magnetic reso- nance (NMR) and Raman spectroscopies. We found that multimolecular complexes with parallel orientation of the DNA strands, which are formed at high DNA concentration (≈ 10 mM), persist even after strong dilution. They are disrupted only by thermal an- nealing. Furthermore, annealing led to the creation of a unimolecular G-quadruplex that appeared to be in (3 + 1) conformation. The (3 + 1) conformation of G-quadruplex is the most populated monomeric quadruplex structure present in the solution, regardless of oligonucleotide concentration. We examined the differences between quadruplex structures in crowded and diluted solutions, as well as, before and after annealing. The presented thesis brings new in- sights...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra fyziky nízkých teplotcs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantMojzeš, Peter
dc.contributor.consultantLindnerová Mudroňová, Kateřina
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV