Show simple item record

Reprezentace chemických sloučenin a její využití v podobnostním vyhledávání
dc.contributor.advisorHoksza, David
dc.creatorŠkoda, Petr
dc.date.accessioned2019-10-23T10:02:51Z
dc.date.available2019-10-23T10:02:51Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/111326
dc.description.abstractVirtual screening is a well-established part of computer-aided drug design, which heavily employs similarity search and similarity modeling methods. Most of the popular methods are target agnostic, leaving space for design of new methods that would take into account the specifics of the particular molecular target. Additionally, newly developed methods suffer from two related issues: benchmarking and availability. Benchmarking in the domain often suffers from the use of inappropriate reference methods, lack of reproducibility, and the use of nonstandard benchmark datasets. Although there have been several benchmarking studies in the domain that aim at addressing these issues, mainly by offering a standardized comparison, they often suffer from similar drawbacks. For these reasons, new methods fail to gain trust and therefore fail to become a part of the standard toolbox, which thus consists mostly of older methods. In this work, we address the above-described issues. First, we introduce new adaptive methods for virtual screening. Then, to make our and other newly developed methods readily available, we have designed and implemented a virtual screening tool. To address the benchmarking issue, we have compiled a publicly available collection of benchmarking datasets and proposed a platform offering a...en_US
dc.description.abstractBěžnou součástí vývoje léčiv je virtuální screening, který využívá metod podobnostního modelování a vyhledávání. Tyto metody většinou nejsou specifické pro daný makromolekulární cíl, nabízí se tedy možnost implementace nových metod, jenž by se byly schopné na daný cíl adaptovat. Nové metody však trpí dalšími problémy jako je dostupnost či neodpovídajícím benchmarking. Hlavní potíže s benchmarkingem spočívají ve špatném výběru referenčních metod, nedostatečné reprodukovatelnosti výsledků a použití nestandardních datových sad pro testování. Tyto potíže jsou navíc běžné i u benchmarkových studií, jenž se zaměřují na standardizované porovnání metod. Z těchto důvodů nové metody nejsou schopny získat důvěru doménových expertů, kteří tak často pracují se staršími metodami. V této práci se zaměřujeme na výše uvedené problémy. Nejprve představíme nové adaptivní metody metody pro virtuální screening. Dále představíme námi navržený nástroj pro virtuální screening, jenž by měl zlepšit dostupnost nově navržených metod. Nakonec představíme naši benchmarkovací platformu a kolekci datových sad, jenž je použitelná pro reprodukovatelné hodnocení metod virtuálního screeningu.cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectmolecular similarityen_US
dc.subjectligand-based virtual screeningen_US
dc.subjectbenchmarkingen_US
dc.subjectmolecular fingerprintsen_US
dc.subjectmolekulární podobnostcs_CZ
dc.subjectligand-based virtual screeningcs_CZ
dc.subjectbenchmarkingcs_CZ
dc.subjectmolekulární fingerprintycs_CZ
dc.titleRepresentation of chemical compounds and its utilization in similarity searchen_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2019
dcterms.dateAccepted2019-09-18
dc.description.departmentKatedra softwarového inženýrstvícs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Software Engineeringen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.identifier.repId150097
dc.title.translatedReprezentace chemických sloučenin a její využití v podobnostním vyhledávánícs_CZ
dc.contributor.refereeBrezovský, Jan
dc.contributor.refereeModrák, Martin
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.disciplineSoftware Systemsen_US
thesis.degree.disciplineSoftwarové systémycs_CZ
thesis.degree.programInformaticsen_US
thesis.degree.programInformatikacs_CZ
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra softwarového inženýrstvícs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Software Engineeringen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csSoftwarové systémycs_CZ
uk.degree-discipline.enSoftware Systemsen_US
uk.degree-program.csInformatikacs_CZ
uk.degree-program.enInformaticsen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csBěžnou součástí vývoje léčiv je virtuální screening, který využívá metod podobnostního modelování a vyhledávání. Tyto metody většinou nejsou specifické pro daný makromolekulární cíl, nabízí se tedy možnost implementace nových metod, jenž by se byly schopné na daný cíl adaptovat. Nové metody však trpí dalšími problémy jako je dostupnost či neodpovídajícím benchmarking. Hlavní potíže s benchmarkingem spočívají ve špatném výběru referenčních metod, nedostatečné reprodukovatelnosti výsledků a použití nestandardních datových sad pro testování. Tyto potíže jsou navíc běžné i u benchmarkových studií, jenž se zaměřují na standardizované porovnání metod. Z těchto důvodů nové metody nejsou schopny získat důvěru doménových expertů, kteří tak často pracují se staršími metodami. V této práci se zaměřujeme na výše uvedené problémy. Nejprve představíme nové adaptivní metody metody pro virtuální screening. Dále představíme námi navržený nástroj pro virtuální screening, jenž by měl zlepšit dostupnost nově navržených metod. Nakonec představíme naši benchmarkovací platformu a kolekci datových sad, jenž je použitelná pro reprodukovatelné hodnocení metod virtuálního screeningu.cs_CZ
uk.abstract.enVirtual screening is a well-established part of computer-aided drug design, which heavily employs similarity search and similarity modeling methods. Most of the popular methods are target agnostic, leaving space for design of new methods that would take into account the specifics of the particular molecular target. Additionally, newly developed methods suffer from two related issues: benchmarking and availability. Benchmarking in the domain often suffers from the use of inappropriate reference methods, lack of reproducibility, and the use of nonstandard benchmark datasets. Although there have been several benchmarking studies in the domain that aim at addressing these issues, mainly by offering a standardized comparison, they often suffer from similar drawbacks. For these reasons, new methods fail to gain trust and therefore fail to become a part of the standard toolbox, which thus consists mostly of older methods. In this work, we address the above-described issues. First, we introduce new adaptive methods for virtual screening. Then, to make our and other newly developed methods readily available, we have designed and implemented a virtual screening tool. To address the benchmarking issue, we have compiled a publicly available collection of benchmarking datasets and proposed a platform offering a...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra softwarového inženýrstvícs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV