Show simple item record

Backbone Resonance Assignment of the mouse protein Nkrp1c
dc.contributor.advisorChmelík, Josef
dc.creatorNelic, Dominik
dc.date.accessioned2019-07-01T10:19:18Z
dc.date.available2019-07-01T10:19:18Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/106990
dc.description.abstractProtein Nkrp1c je receptor na povrchu myších přirozeně zabíječských buněk (natural killer cells) imunitního systému, který patří do rodiny C-lektin receptorů. Tyto buňky vytvářejí vrozenou imunitu proti nádorům či patogenům před vznikem protilátek. Určení 3D struktury proteinů je často klíčem pro pochopení funkce proteinu na molekulární úrovni. Jednou z možností, jak určit strukturu proteinů na atomární úrovni, je nukleární magnetická rezonance. Náplní této bakalářské práce bylo vyhodnocení několika již naměřených spekter a přiřazení rezonančních frekvencí atomů peptidové páteře potřebných pro získání dat na predikci sekundární struktury pro protein Nkrp1c, který byl připravený rekombinantní expresí. K vyhodnocení naměřených spekter byl využit program Sparky. Samotná predikce sekundární struktury proteinu Nkrp1c byla provedena programy Talos+ a PSIPRED. Získané výsledky byly porovnány s již publikovaným homologním modelem receptoru proteinu Nkrp1c. Klíčová slova: NMR proteinu, Nkrp1ccs_CZ
dc.description.abstractThe protein Nkrp1c is a receptor on the surface of murine natural killer cells belonging to the C-lectin receptor family. These cells create congenital immunity against tumors or pathogens before the formation of antibodies. Determining the 3D protein structure is often the key to understanding the function of the protein at the molecular level. One way to determine the structure of proteins at the atomic level is nuclear magnetic resonance. The aim of this bachelor thesis was to evaluate several already measured spectra and to assign the resonance frequencies of the peptide backbone atoms needed to obtain data for the secondary structure prediction for Nkrp1c protein, which was prepared by recombinant expression. The Sparky program was used to evaluate the measured spectra. The prediction of the secondary structure of the Nkrp1c protein itself was performed by programs Talos+ and PSIPRED. The obtained results were compared with the already published homologous model of the Nkrp1c protein receptor. Keywords: protein NMR, Nkrp1cen_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectprotein NMRen_US
dc.subjectNkrp1cen_US
dc.subjectNMR proteinucs_CZ
dc.subjectNkrp1ccs_CZ
dc.titlePřiřazení rezonančních frekvencí atomům proteinové páteře myšího proteinu Nkrp1ccs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2019
dcterms.dateAccepted2019-06-10
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId208030
dc.title.translatedBackbone Resonance Assignment of the mouse protein Nkrp1cen_US
dc.contributor.refereeKavan, Daniel
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemistryen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csProtein Nkrp1c je receptor na povrchu myších přirozeně zabíječských buněk (natural killer cells) imunitního systému, který patří do rodiny C-lektin receptorů. Tyto buňky vytvářejí vrozenou imunitu proti nádorům či patogenům před vznikem protilátek. Určení 3D struktury proteinů je často klíčem pro pochopení funkce proteinu na molekulární úrovni. Jednou z možností, jak určit strukturu proteinů na atomární úrovni, je nukleární magnetická rezonance. Náplní této bakalářské práce bylo vyhodnocení několika již naměřených spekter a přiřazení rezonančních frekvencí atomů peptidové páteře potřebných pro získání dat na predikci sekundární struktury pro protein Nkrp1c, který byl připravený rekombinantní expresí. K vyhodnocení naměřených spekter byl využit program Sparky. Samotná predikce sekundární struktury proteinu Nkrp1c byla provedena programy Talos+ a PSIPRED. Získané výsledky byly porovnány s již publikovaným homologním modelem receptoru proteinu Nkrp1c. Klíčová slova: NMR proteinu, Nkrp1ccs_CZ
uk.abstract.enThe protein Nkrp1c is a receptor on the surface of murine natural killer cells belonging to the C-lectin receptor family. These cells create congenital immunity against tumors or pathogens before the formation of antibodies. Determining the 3D protein structure is often the key to understanding the function of the protein at the molecular level. One way to determine the structure of proteins at the atomic level is nuclear magnetic resonance. The aim of this bachelor thesis was to evaluate several already measured spectra and to assign the resonance frequencies of the peptide backbone atoms needed to obtain data for the secondary structure prediction for Nkrp1c protein, which was prepared by recombinant expression. The Sparky program was used to evaluate the measured spectra. The prediction of the secondary structure of the Nkrp1c protein itself was performed by programs Talos+ and PSIPRED. The obtained results were compared with the already published homologous model of the Nkrp1c protein receptor. Keywords: protein NMR, Nkrp1cen_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.code1


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV