Zobrazit minimální záznam

Bacterial RTX toxins and their calcium-binding sites
dc.creatorLišková, Petra
dc.date.accessioned2021-05-20T16:02:18Z
dc.date.available2021-05-20T16:02:18Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/105763
dc.description.abstractProtein FrpC je produkovaný bakterií Neisseria meningitidis v lidském hostiteli. Tento protein je charakteristický přítomností RTX domény, která jej řadí do stejnojmenné rodiny bakteriálních toxinů. Protein FrpC vykazuje unikátní autokatalytickou štěpící aktivitu, kterou zajišťuje 177 aminokyselin dlouhá část (SPM, Self-Processing Module). Bez navázaného Ca2+ zaujímá SPM neuspořádanou strukturu. Po vazbě iontu se protein sbalí a je schopen vykonat enzymatickou aktivitu. Analýza struktury sbaleného SPM by mohla odhalit funkční souvislosti vazby iontu a autokatalytického sestřihu. Bohužel řešení struktury SPM pomocí NMR se ukázalo být velmi obtížné kvůli dlouhé nestrukturované části sekvence uvnitř SPM. Předmětem této práce se tedy stal popis SPM pomocí fluorescenčních metod, charakterizace vazby iontu do SPM, tak i strukturních změn, které se v průběhu vazby Ca2+ odehrávají. Byla stanovena disociační konstanta vazby kovového iontu do SPM, kD~17 µM, která se nachází v koncentračním rozmezí Ca2+, kdy dochází ke sbalování SPM proteinu (1-20 µM). Součástí pochopení struktury SPM bylo zjištění, že obě tryptofanová rezidua Trp451 a Trp519 v SPM interagují jak s navázanými ionty, tak spolu navzájem. Pro tento účel byly použity plně funkční varianty SPM s jedním tryptofanem, W451F a W519F, a luminiscenční...cs_CZ
dc.description.abstractFrpC protein produced by Neisseria meningitidis in a human host belongs to the family of bacterial RTX toxins due to the presence of RTX domain. FrpC possesses a calcium-dependent auto-catalytic cleavage activity which is localized within its 177 amino-acids long segment Self-Processing Module (SPM). As the SPM is naturally intrinsically disordered protein without bound Ca2+, the calcium binding is crucial for SPM folding which is followed by the auto-catalytic processing. The elucidation of the SPM structure may be the key step for understanding of enzymatic and biological function. The structure of folded SPM itself can be characterized only with difficulties due to the presence of flexible loop according to preliminary NMR data. The subject of this work is the description of SPM using fluorescence methods, characterization of ions binding to SPM and structural changes occurring during Ca2+ binding. In this work, the ion binding properties of SPM segment and its ion-induced folding was characterized. It was found that the dissociation constant kD of 17 μM coincided with the folding of SPM into the native calcium-bound state which occurs in the concentration range between 1 and 20 μM Ca2+. In the attempt to characterize the structure of ion binding site, the fully active single tryptophan mutants...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectRTX proteinen_US
dc.subjectcalcium-binding siteen_US
dc.subjectfluorescenceen_US
dc.subjectRTX proteincs_CZ
dc.subjectvazebná místa pro vápníkcs_CZ
dc.subjectfluorescencecs_CZ
dc.titleBakteriální RTX proteiny a jejich vazebná místa pro vápník.cs_CZ
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-11-16
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId207906
dc.title.translatedBacterial RTX toxins and their calcium-binding sitesen_US
dc.identifier.aleph002274615
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineMicrobiologyen_US
thesis.degree.disciplineMikrobiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
uk.thesis.typerigorózní prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMikrobiologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMicrobiologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csUznánocs_CZ
thesis.grade.enRecognizeden_US
uk.abstract.csProtein FrpC je produkovaný bakterií Neisseria meningitidis v lidském hostiteli. Tento protein je charakteristický přítomností RTX domény, která jej řadí do stejnojmenné rodiny bakteriálních toxinů. Protein FrpC vykazuje unikátní autokatalytickou štěpící aktivitu, kterou zajišťuje 177 aminokyselin dlouhá část (SPM, Self-Processing Module). Bez navázaného Ca2+ zaujímá SPM neuspořádanou strukturu. Po vazbě iontu se protein sbalí a je schopen vykonat enzymatickou aktivitu. Analýza struktury sbaleného SPM by mohla odhalit funkční souvislosti vazby iontu a autokatalytického sestřihu. Bohužel řešení struktury SPM pomocí NMR se ukázalo být velmi obtížné kvůli dlouhé nestrukturované části sekvence uvnitř SPM. Předmětem této práce se tedy stal popis SPM pomocí fluorescenčních metod, charakterizace vazby iontu do SPM, tak i strukturních změn, které se v průběhu vazby Ca2+ odehrávají. Byla stanovena disociační konstanta vazby kovového iontu do SPM, kD~17 µM, která se nachází v koncentračním rozmezí Ca2+, kdy dochází ke sbalování SPM proteinu (1-20 µM). Součástí pochopení struktury SPM bylo zjištění, že obě tryptofanová rezidua Trp451 a Trp519 v SPM interagují jak s navázanými ionty, tak spolu navzájem. Pro tento účel byly použity plně funkční varianty SPM s jedním tryptofanem, W451F a W519F, a luminiscenční...cs_CZ
uk.abstract.enFrpC protein produced by Neisseria meningitidis in a human host belongs to the family of bacterial RTX toxins due to the presence of RTX domain. FrpC possesses a calcium-dependent auto-catalytic cleavage activity which is localized within its 177 amino-acids long segment Self-Processing Module (SPM). As the SPM is naturally intrinsically disordered protein without bound Ca2+, the calcium binding is crucial for SPM folding which is followed by the auto-catalytic processing. The elucidation of the SPM structure may be the key step for understanding of enzymatic and biological function. The structure of folded SPM itself can be characterized only with difficulties due to the presence of flexible loop according to preliminary NMR data. The subject of this work is the description of SPM using fluorescence methods, characterization of ions binding to SPM and structural changes occurring during Ca2+ binding. In this work, the ion binding properties of SPM segment and its ion-induced folding was characterized. It was found that the dissociation constant kD of 17 μM coincided with the folding of SPM into the native calcium-bound state which occurs in the concentration range between 1 and 20 μM Ca2+. In the attempt to characterize the structure of ion binding site, the fully active single tryptophan mutants...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.codeU
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusU
dc.identifier.lisID990022746150106986


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV