Show simple item record

Polymorphism of the transcription factor NF-κB and Toll-like receptor 2 in a production population of cattle (Bos taurus L.)
dc.contributor.advisorNovák, Karel
dc.creatorSamaké, Kalifa
dc.date.accessioned2019-02-25T11:33:49Z
dc.date.available2019-02-25T11:33:49Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/105147
dc.description.abstractThe broader purpose of the work is to find and interpret polymorphism in the genes of natural immunity of cattle to be used to improve disease resistance. The NGS method on the PacBio platform was applied for the resequencing of the gene for the key receptor of innate immunity TLR2 and two genes coding for the components of the downstream transcriptional factor NF-κB. In the population of 149 bulls of the Czech Simmental breed, 22 polymorphisms were found in the gene NFKB1 (5 new), while in the NFKB2 gene 13 SNP were found (10 new). 21 SNP were found in the TLR2 gene (3 new). Of the 56 found polymorphisms, 6 SNPs were nonsynonymous. One SNP leads to a change R474G in the NFKB1 product and five to changes E63D, R152Q, I211V, R563H and H665Q in the protein TLR2. Knowledge of the haplotypes facilitated the development of individual genotyping reactions. In TLR2, a high number of haplotypes was detected, both from the PacBio reads and the statistical reconstruction. In addition, two clusters of haplotypes were ditinguished inTLR2, possibly due to diversifying selection or introgression. The knowledge of genetic diversity in the population allows for the planned association studies with health data. Localization in functional domains allow to define the change with the greatest effect, in particular...en_US
dc.description.abstractŠirší účel práce je najít a interpretovat polymorfismus v genech přirozené imunity skotu využitelný pro zvýšení odolnosti proti infekčním chorobám. Byla aplikována metoda NGS na platformě PacBio pro efektivní resekvenování genu pro klíčový receptor přirozené imunity TLR2 a dvou genů kódujících složky navazujícího transkripčního faktoru NF-κB. V reprezentativní populaci 149 býků plemene ČESTR bylo nalezeno 22 polymorfismů v genu NFKB1, z toho 5 nových, zatímco v genu NFKB2 bylo nalezeno 13 SNP, z toho 10 nových. V genu TLR2 bylo nalezeno 21 SNP, z toho pouze 3 nové. Z 56 nalezených polymorfismů je 6 nesynonymních SNP, z toho jeden vede k záměně R474G v produktu NF-κB1 a pět k záměnám E63D, R152Q, I211V, R563H, H665Q v proteinu TLR2. Popis haplotypů v genech NFKB1 a NFKB2 usnadnil vývoj individuálních genotypovacích reakcí typu extenze primeru. U TLR2 byl zjištěn vysoký počet haplotypů, a to jak ze sekvencí přečtených technologií PacBio, tak i nezávisle statistickou rekonstrukcí. Rovněž byly u TLR2 určeny dva shluky haplotypů, což lze vysvětlit diverzifikující selekcí či genovou introgresí. Znalost diverzity v populaci ČESTR dovoluje provést asociační studie s fenotypovými údaji o zdravotním stavu. Lokalizace ve funkčních doménách dovoluje vymezit SNP s potenciálním účinkem na infekční rezistenci,...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectimunogenetikacs_CZ
dc.subjectNGScs_CZ
dc.subjectskotcs_CZ
dc.subjectbioinformatikacs_CZ
dc.subjectgenotypizacecs_CZ
dc.subjectzdravotní znakycs_CZ
dc.subjectimmunogeneticsen_US
dc.subjectNGSen_US
dc.subjectcattleen_US
dc.subjectbioinformaticsen_US
dc.subjectgenotypingen_US
dc.subjecthealth traitsen_US
dc.titlePolymorfismus transkripčního faktoru NF-κB a Toll-like receptoru 2 u produkční populace skotu (Bos taurus L.)cs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2019
dcterms.dateAccepted2019-02-04
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId148748
dc.title.translatedPolymorphism of the transcription factor NF-κB and Toll-like receptor 2 in a production population of cattle (Bos taurus L.)en_US
dc.contributor.refereeVinkler, Michal
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
thesis.degree.disciplineGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVelmi dobřecs_CZ
thesis.grade.enVery gooden_US
uk.abstract.csŠirší účel práce je najít a interpretovat polymorfismus v genech přirozené imunity skotu využitelný pro zvýšení odolnosti proti infekčním chorobám. Byla aplikována metoda NGS na platformě PacBio pro efektivní resekvenování genu pro klíčový receptor přirozené imunity TLR2 a dvou genů kódujících složky navazujícího transkripčního faktoru NF-κB. V reprezentativní populaci 149 býků plemene ČESTR bylo nalezeno 22 polymorfismů v genu NFKB1, z toho 5 nových, zatímco v genu NFKB2 bylo nalezeno 13 SNP, z toho 10 nových. V genu TLR2 bylo nalezeno 21 SNP, z toho pouze 3 nové. Z 56 nalezených polymorfismů je 6 nesynonymních SNP, z toho jeden vede k záměně R474G v produktu NF-κB1 a pět k záměnám E63D, R152Q, I211V, R563H, H665Q v proteinu TLR2. Popis haplotypů v genech NFKB1 a NFKB2 usnadnil vývoj individuálních genotypovacích reakcí typu extenze primeru. U TLR2 byl zjištěn vysoký počet haplotypů, a to jak ze sekvencí přečtených technologií PacBio, tak i nezávisle statistickou rekonstrukcí. Rovněž byly u TLR2 určeny dva shluky haplotypů, což lze vysvětlit diverzifikující selekcí či genovou introgresí. Znalost diverzity v populaci ČESTR dovoluje provést asociační studie s fenotypovými údaji o zdravotním stavu. Lokalizace ve funkčních doménách dovoluje vymezit SNP s potenciálním účinkem na infekční rezistenci,...cs_CZ
uk.abstract.enThe broader purpose of the work is to find and interpret polymorphism in the genes of natural immunity of cattle to be used to improve disease resistance. The NGS method on the PacBio platform was applied for the resequencing of the gene for the key receptor of innate immunity TLR2 and two genes coding for the components of the downstream transcriptional factor NF-κB. In the population of 149 bulls of the Czech Simmental breed, 22 polymorphisms were found in the gene NFKB1 (5 new), while in the NFKB2 gene 13 SNP were found (10 new). 21 SNP were found in the TLR2 gene (3 new). Of the 56 found polymorphisms, 6 SNPs were nonsynonymous. One SNP leads to a change R474G in the NFKB1 product and five to changes E63D, R152Q, I211V, R563H and H665Q in the protein TLR2. Knowledge of the haplotypes facilitated the development of individual genotyping reactions. In TLR2, a high number of haplotypes was detected, both from the PacBio reads and the statistical reconstruction. In addition, two clusters of haplotypes were ditinguished inTLR2, possibly due to diversifying selection or introgression. The knowledge of genetic diversity in the population allows for the planned association studies with health data. Localization in functional domains allow to define the change with the greatest effect, in particular...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.code2


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV