Identifikácia génov zodpovedných za indukciu nádorov vtáčími retrovírusmi podskupiny J

Abstract

Retroviruses are viruses which are able to integrate to genome of host cell. Nonrandom integration of provirus near or inside some cellular genes may result in their deregulation, activation or silencing. This can later lead to cell transformation and tumor formation. This thesis discusses identification of viral integration sites (VIS) and common integration sites (CIS) in tumors originating from different organs (mostly kidneys, lungs and liver) with using mostly avian retroviruses subgroup J, specifically first natural isolate HPRS-103 and laboratory made virus MAV-J, which was made by replacing gene envB by envJ. Infection was made in ovo using chicken breeds Brown Leghorn and White Leghorn and tumors were isolated from 8 to 28 weeks after infection. For molecular analyses was used inverse PCR method and sequencing. From 74 molecularly analyzed tumors there was detected 373 VIS and 6 CIS with statistical significance over 2.10-2 . Gene with the highest number of hits was FRK (14 times), then TERT (5 times), CTDSPL (5 times), EGFR/ERBB1 (3 times), MYB (3 times) and MYC (3 times). Except 6 CIS there were other genes found, which had smaller statistical significance. Keywords: retrovirus, insertional mutagenesis, subgroup J, oncogenesis, oncogenes, MAV-J, HPRS-103, proviral integration sites, tumors

Retroviry patří mezi viry, které jsou schopné integrace do genomu hostitelské buňky. Nenáhodná integrace proviru do okolí, nebo dovnitř některých buněčných genů může mít za následek jejich deregulaci, aktivaci, nebo umlčení. To následně může vést k nádorové transformaci buňky a vzniku tumoru. Tato práce se věnuje identifikaci míst integrace virů (VIS) a následnému určení obecných míst integrace (CIS) v nádorech různých orgánů (nejčastěji ledvin, plic a jater) s použitím hlavně ptačích retrovirů podskupiny J, konkrétně prvního přírodního izolátu HPRS-103 a laboratorně vytvořeného viru MAV-J, který vznikl výměnou genu envB za envJ. Infekce probíhala in ovo na kuřecích plemenech Brown Leghorn a White Leghorn a tumory byly izolovány 8 až 28 týdnů po infekci. Na molekulární analýzu byla využívána metoda inverzní PCR a následní sekvenace. Ze 74 molekulárně analyzovaných tumorů bylo detegováno 373 VIS a 6 CIS se statistickou signifikancí nad 2.10-2 . Nejvíce zasáhnutým genem byl FRK (14 krát), dále TERT (5 krát), CTDSPL (5 krát), EGFR/ERBB1 (3 krát), MYB (3 krát) a MYC (3 krát). Kromě 6 CIS byly nalezeny také jiné geny s nižší statistickou signifikancí. Klíčová slova: retrovirus, inzerční mutageneze, podskupina J, onkogeneze, onkogeny, MAV-J, HPRS-103, místa integrace proviru, tumory