Show simple item record

Modern mathematical methods in the research of immune reconstitutions and immunodeficiencies
dc.contributor.advisorKalina, Tomáš
dc.creatorStuchlý, Jan
dc.date.accessioned2019-01-10T11:00:20Z
dc.date.available2019-01-10T11:00:20Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/104299
dc.description.abstractV této práci p edstavujeme nové metody anal˝zy a integrace cytometrick˝ch dat ze öirokého spektra problém se vztahem k imunodeficiencím a poruchám krvetvorby. CVID 6 (respektive 8) barevná pr toková cytometrie je pouûita k imnuno- fenotypizaci rozsáhlé kohorty (88) CVID pacient . Automatická anal˝za "pro- bability binning" ukazuje stabilitu a vnit ní provázanost imunofentotypu CVID pacient . Definovali jsme podskupinu CVID pacient , která vykazuje v˝raznou senescenci, aktivaci imunitního systému a podobn˝ klinick˝ obraz (trombocyto- penie, plicní fibróza a bronchiektázie), kter˝ kvantitativn koreluje s imunofeno- typem. Anal˝za bun ného proteomu Vytvo ili jsme techniky, které umoû ují multiplexní (tisíce protilátek najednou) anal˝zu lidského proteomu pomocí afi- nitní proteomiky, rychlou anal˝zu a zpracování dat. Tyto techniky jsme apliko- vali na anal˝zu zm n proteomu lidsk˝ch bun n˝ch linií a charakterizaci prote- omu akutních leukemií. Ukazujeme dosud nepopsanou stabilitu proteomu v rámci subcelulárních lokalizací a prezentujeme teoretick˝ a praktick˝ základ pro stan- dardizaci a validaci protilátek pro pouûití v afinitní proteomice. Topologická anal˝za cytometrick˝ch dat Multiparametrická hmotnostní cytometrie umoû uje popsat sloûité topologické vztahy bun k v r zn˝ch v˝vo- jov˝ch stádiích....cs_CZ
dc.description.abstractIn this thesis we present new analytical and integrative approaches for broad spectrum of applications of flow cytometry. CVID Large (88 individuals) cohort of CVID patients was immunopheno- typed by flow cytometry. The "probability binning" algorithm was used to au- tomatically assess the immunophenotype which presented unprecedented stabi- lity. We were able to define sub-group of CVID patients with highly activated immunophenotype showing hallmarks of immunosenescence and common clinical characteristics (thrombocytopenia, lung fibrosis and bronchiectasis). The severity of clinical complications correlated quantitatively with the immunophenotype. Analysis of cellular proteome We have designed technics which allow for highly multiplexed (>1000 of antibodies) analysis of human proteome using af- finity proteomics. We analyzed the changes of proteome of human cell lines and characterized the proteome of acute leukemias. The yet undescribed stability of proteome with respect the sub-cellular localization is shown and theoretical and practical background for antibody standardization and validation for the use in a nity proteomics is presented. Topological analysis of cytometry data Multiparametric flow cytometry allows for description of complex topological relationships of the cells in di erent stages of...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, 2. lékařská fakultacs_CZ
dc.titleModerní matematické metody ve studiu imunitní rekonstituce a imunodeficiencícs_CZ
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-09-21
dc.description.departmentKlinika dětské hematologie a onkologiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Paediatric Haematology and Oncologyen_US
dc.description.facultySecond Faculty of Medicineen_US
dc.description.faculty2. lékařská fakultacs_CZ
dc.identifier.repId169051
dc.title.translatedModern mathematical methods in the research of immune reconstitutions and immunodeficienciesen_US
dc.contributor.refereeŠinkora, Jiří
dc.contributor.refereeŠtěpánek, Ondřej
dc.identifier.aleph002216702
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.programImunologiecs_CZ
thesis.degree.programImmunologyen_US
uk.faculty-name.cs2. lékařská fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enSecond Faculty of Medicineen_US
uk.faculty-abbr.cs2.LFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csImunologiecs_CZ
uk.degree-program.enImmunologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csV této práci p edstavujeme nové metody anal˝zy a integrace cytometrick˝ch dat ze öirokého spektra problém se vztahem k imunodeficiencím a poruchám krvetvorby. CVID 6 (respektive 8) barevná pr toková cytometrie je pouûita k imnuno- fenotypizaci rozsáhlé kohorty (88) CVID pacient . Automatická anal˝za "pro- bability binning" ukazuje stabilitu a vnit ní provázanost imunofentotypu CVID pacient . Definovali jsme podskupinu CVID pacient , která vykazuje v˝raznou senescenci, aktivaci imunitního systému a podobn˝ klinick˝ obraz (trombocyto- penie, plicní fibróza a bronchiektázie), kter˝ kvantitativn koreluje s imunofeno- typem. Anal˝za bun ného proteomu Vytvo ili jsme techniky, které umoû ují multiplexní (tisíce protilátek najednou) anal˝zu lidského proteomu pomocí afi- nitní proteomiky, rychlou anal˝zu a zpracování dat. Tyto techniky jsme apliko- vali na anal˝zu zm n proteomu lidsk˝ch bun n˝ch linií a charakterizaci prote- omu akutních leukemií. Ukazujeme dosud nepopsanou stabilitu proteomu v rámci subcelulárních lokalizací a prezentujeme teoretick˝ a praktick˝ základ pro stan- dardizaci a validaci protilátek pro pouûití v afinitní proteomice. Topologická anal˝za cytometrick˝ch dat Multiparametrická hmotnostní cytometrie umoû uje popsat sloûité topologické vztahy bun k v r zn˝ch v˝vo- jov˝ch stádiích....cs_CZ
uk.abstract.enIn this thesis we present new analytical and integrative approaches for broad spectrum of applications of flow cytometry. CVID Large (88 individuals) cohort of CVID patients was immunopheno- typed by flow cytometry. The "probability binning" algorithm was used to au- tomatically assess the immunophenotype which presented unprecedented stabi- lity. We were able to define sub-group of CVID patients with highly activated immunophenotype showing hallmarks of immunosenescence and common clinical characteristics (thrombocytopenia, lung fibrosis and bronchiectasis). The severity of clinical complications correlated quantitatively with the immunophenotype. Analysis of cellular proteome We have designed technics which allow for highly multiplexed (>1000 of antibodies) analysis of human proteome using af- finity proteomics. We analyzed the changes of proteome of human cell lines and characterized the proteome of acute leukemias. The yet undescribed stability of proteome with respect the sub-cellular localization is shown and theoretical and practical background for antibody standardization and validation for the use in a nity proteomics is presented. Topological analysis of cytometry data Multiparametric flow cytometry allows for description of complex topological relationships of the cells in di erent stages of...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, 2. lékařská fakulta, Klinika dětské hematologie a onkologiecs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV