Výběr vhodných INDEL polymorfismů na X chromosomu pro detekci fetální frakce volné cirkulující DNA u těhotenství s plodem ženského pohlaví

Abstract

The analysis of cell-free fetal DNA (cffDNA) in maternal plasma became an important component of non-invasive prenatal diagnostics in recent years. Detection of Y chromosome sequences in free circulating DNA (cfDNA) indicates the presence of a male fetus; the absence of the Y-chromosomal signal confirms the female gender. The aim of this work is to confirm the utility of insertion-deletion polymorphisms (INDEL) for determination of the female sex of the fetus using the analysis of cffDNA by Digital Droplet PCR (ddPCR). In the thesis, X chromosomal INDEL polymorphisms with a suitable allelic frequencies were selected from databases to allow the determination of the presence of the paternal X chromosome in cffDNA and to lead to the confirmation of the female sex of the fetus by a positive amplification signal and to rapid determination of the fetal fraction size of the circulating DNA. Molecular genetic examination of these polymorphisms was established using ddPCR method. A population study was carried out to verify the utility of the proposed polymorphisms with regard to non-invasive prenatal diagnosis. We examined X chromosomal INDEL polymorphisms: rs2307932, rs16397, rs16637, rs3048996, rs16680 using the ddPCR methodology. In order to obtain population data, we performed tests from the buccal...

Analýza volně cirkulující fetální DNA (cell-free fetal DNA - cffDNA) přítomné v prostředí mateřské plazmy se v posledních letech stala důležitou součástí neinvazivní prenatální diagnostiky. Detekce sekvencí Y chromozomů ve volné cirkulující DNA (cfDNA) indikuje přítomnost mužského plodu; nepřítomnost Y chromozomálního signálu potvrzuje ženské pohlaví. Cílem práce je potvrdit užitečnost inserčních-delečních polymorfismů (INDEL) při určení ženského pohlaví plodu pomocí analýzy cffDNA metodou Digital Droplet PCR (ddPCR). V diplomové práci byly vybrány na základě studia databází X chromozomální polymorfismy typu INDEL s vhodnou frekvencí alel tak, aby toto vyšetření umožnilo určení přítomnosti paternálního X chromozomu v cffDNA a tak vedlo k potvrzení ženského pohlaví plodu pozitivním amplifikačním signálem a k rychlému určení velikosti fetální frakce cirkulující DNA. Molekulární genetické vyšetření těchto polymorfismů bylo zavedeno metodou ddPCR. Byla provedena populační studie ověřující využitelnost navržených polymorfismů s ohledem na účely neinvazivní prenatální diagnostiky. Pomocí ddPCR jsme prozkoumali X chromozomální polymorfismy typu INDEL: rs2307932, rs16397, rs16637, rs3048996, rs16680. Pro získání údajů o populaci jsme provedli testy z bukálních stěrů 50 nepříbuzných žen. Pro všechny...