Show simple item record

Genetická diverzita penátních rozsivek: taxonomické a ekologické důsledky.
dc.contributor.advisorKulichová, Jana
dc.creatorUrbánková, Pavla
dc.date.accessioned2020-08-31T08:17:56Z
dc.date.available2020-08-31T08:17:56Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/100874
dc.description.abstractV posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...cs_CZ
dc.description.abstractIn past decades, molecular methods helped to discover extensive diversity hidden in mor- phologically delimited diatom species. Diatom taxonomy awaits revision and molecular meth- ods will play an important role in this pursuit. DNA-barcoding is a relatively cheap and rapid way to incorporate molecular data in the diatomological research.The crucial step, which deter- mines its efficiency, is marker selection. Therefore, we examined the performance of candidate barcode markers in the model genus Frustulia. Molecular data from the study helped to sup- port delimitation of two new species, Frustulia curvata and Frustulia paulii. Similar to previous research, the best-performing markers were part of the large ribosomal subunit and part of the RUBISCO gene. We encountered a case where these two markers disagreed. Similar gene tree discordances might compromise molecular species delimitation, which is based on single molecular loci. The use of both markers in a dual-locus barcode can mitigate the risk and draw attention to problematic cases that merit further study. However, the superior mean of spe- cies delimitation, which we used to set species limits in the complex Eunotia bilunaris-flexuosa, provides algorithms that use multiple loci and accommodate our understanding of molecular evolution. Several...en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleGenetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.en_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-08-31
dc.description.departmentKatedra botanikycs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Botanyen_US
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId116422
dc.title.translatedGenetická diverzita penátních rozsivek: taxonomické a ekologické důsledky.cs_CZ
dc.contributor.refereeTrobajo, Rosa
dc.contributor.refereePoulíčková, Aloisie
dc.identifier.aleph002199648
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.programBotanyen_US
thesis.degree.programBotanikacs_CZ
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra botanikycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Botanyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csBotanikacs_CZ
uk.degree-program.enBotanyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csV posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...cs_CZ
uk.abstract.enIn past decades, molecular methods helped to discover extensive diversity hidden in mor- phologically delimited diatom species. Diatom taxonomy awaits revision and molecular meth- ods will play an important role in this pursuit. DNA-barcoding is a relatively cheap and rapid way to incorporate molecular data in the diatomological research.The crucial step, which deter- mines its efficiency, is marker selection. Therefore, we examined the performance of candidate barcode markers in the model genus Frustulia. Molecular data from the study helped to sup- port delimitation of two new species, Frustulia curvata and Frustulia paulii. Similar to previous research, the best-performing markers were part of the large ribosomal subunit and part of the RUBISCO gene. We encountered a case where these two markers disagreed. Similar gene tree discordances might compromise molecular species delimitation, which is based on single molecular loci. The use of both markers in a dual-locus barcode can mitigate the risk and draw attention to problematic cases that merit further study. However, the superior mean of spe- cies delimitation, which we used to set species limits in the complex Eunotia bilunaris-flexuosa, provides algorithms that use multiple loci and accommodate our understanding of molecular evolution. Several...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra botanikycs_CZ
thesis.grade.codeP
uk.publication-placePrahacs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV