http://hdl.handle.net/20.500.11956/1902 Faculty of Science Sat, 11 Apr 2026 18:04:38 GMT 2026-04-11T18:04:38Z https://https://dspace.cuni.cz:443/bitstream/id/003c2ac5-e2b1-4f43-876c-f196e38b1898/ http://hdl.handle.net/20.500.11956/1902 http://hdl.handle.net/20.500.11956/207706 Population genetics, species delimitation and antifungal resistance in members of the Trichophyton mentagrophytes complex - agents of superficial mycoses The doctoral thesis focuses on the taxonomy of the Trichophyton mentagrophytes/interdigitale complex which includes three closely related species - Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton interdigitale, and the recently described Trichophyton indotineae. These fungi are pathogenic dermatophytes that cause superficial mycoses in vertebrates. The phenotypic and genotypic similarity among these taxa complicates reliable identification in clinical practice. As a result, laboratory results are inconsistent, which limits the comparability of epidemiological data. The aim of this doctoral thesis is to clarify and revise the taxonomy of the Trichophyton mentagrophytes/interdigitale complex and, in the context of the globally increasing antifungal resistance, to detect the prevalence of resistant dermatophyte strains in the Czech Republic. In the first publication (I), we investigated correlations between phenotypic characteristics and genotypes of 110 isolates belonging to the T. mentagrophytes/interdigitale complex, using three independent genetic markers: ITS, tef1α, and tubb. In the second publication (II), we expanded the phylogenetic analysis by incorporating high-resolution genomic data, which allowed us to assess both phylogenetic relationships and population structure and thereby obtain a clearer...; Disertační práce se zaměřuje na taxonomii komplexu Trichophyton mentagrophytes/interdigitale, který zahrnuje tři úzce příbuzné druhy - Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton interdigitale a nově popsaný druh Trichophyton indotineae. Tyto houby patří mezi patogenní dermatofyty způsobující povrchové mykózy u obratlovců. Fenotypová a genotypová podobnost mezi těmito taxony komplikuje spolehlivou identifikaci v klinické praxi. Výsledkem jsou nekonzistentní laboratorní nálezy, které omezují srovnatelnost epidemiologických dat. Cílem této disertační práce je objasnit a revidovat taxonomii komplexu T. mentagrophytes/interdigitale a v kontextu globálně narůstající antifungální rezistence zjistit prevalenci rezistentních dermatofytů v České republice. V první publikaci (I) jsme zkoumali souvislosti mezi fenotypovými charakteristikami a genotypy u 110 izolátů patřících do komplexu T. mentagrophytes/interdigitale, a to pomocí tří nezávislých genetických markerů: ITS, tef1α a tubb. Ve druhé publikaci (II) jsme rozšířili fylogenetickou analýzu o data z genomového sekvenování ve vysokém rozlišení, což nám umožnilo posoudit fylogenetické vztahy i populační strukturu a získat tak jasnější představu o diverzitě v rámci tohoto druhového komplexu. Ve třetí publikaci (III) jsme provedli prospektivní multicentrickou... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207706 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207700 Colonization of the Maritime Antarctic freshwater ecosystems by invertebrates Freshwater ecosystems of the Maritime Antarctic are characterized by very limited functional and species diversity due to harsh climatic conditions, remoteness, and relatively short existence. In most cases, these ecosystems originated after deglaciation following the Last Glacial Maximum, which ended approximately 26.5-19 thousand years ago. A fundamental biogeographic question regarding the freshwater fauna of this region is whether it is the result of post-glacial colonization or long-term survival in glacial refugia on the continent. This thesis addresses the history of occurrence and colonization of the Maritime Antarctic by freshwater invertebrates, focusing particularly on two of the most widespread species of local freshwater macrofauna - crustaceans Branchinecta gaini (fairy shrimp) and Boeckella poppei (calanoid copepod) - assessed through two distinct approaches: paleolimnological and phylogeographic. In the paleolimnological studies (Chapters I and II), sediment cores from two lakes in the James Ross Archipelago - Lake Esmeralda (Vega Island) and Monolith Lake (James Ross Island) - were analyzed. These analyzes provided the first records of several animal groups from the James Ross Archipelago, including several tardigrade species (e.g., Dactylobiotus cf. ambiguus), the rotifer Notholca...; Sladkovodní ekosystémy maritimní Antarktidy se vyznačují velmi omezenou funkční i druhovou diverzitou v důsledku drsných klimatických podmínek, odlehlosti a relativně krátké doby své existence. Ve většině případů tyto ekosystémy vznikly po odlednění po skončení posledního glaciálního maxima, které proběhlo přibližně před 26,5-19 tisíci lety. Zásadní biogeografickou otázkou týkající se zdejší sladkovodní fauny je, zda je výsledkem post-glaciální kolonizace nebo dlouhodobého přežití v glaciálních refugiích na kontinentu. Tato práce se zabývá historií výskytu a kolonizace maritimní Antarktidy sladkovodními bezobratlými živočichy, zejména dvěma nejrozšířenějšími druhy místní sladkovodní makrofauny - zástupci korýšů žábronožkou Branchinecta gaini a vznášivkou Boeckella poppei, které hodnotí dvěma rozdílnými přístupy - paleolimnologickým a fylogeografickým. V paleolimnologických částech práce (Kapitoly I a II) byly hodnoceny sedimentární jádra ze dvou jezer na souostroví Jamese Rosse - jezera Esmeralda (ostrov Vega) a jezera Monolith (ostrov Jamese Rosse). Tyto práce poskytly první záznamy několika skupin živočichů ze souostroví Jamese Rosse, včetně několika druhů želvušek (např. Dactylobiotus cf. ambiguus), vířníka Notholca sp. a vnášivky Boeckella poppei. Datování stáří jezera Esmeralda ukázalo na... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207700 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207699 Role sacharidového metabolismu v toleranci rostlin Fragaria sp. k abiotickým stresům Carbohydrates are one of the most important groups of biomolecules for plants, and their significance extends far beyond their role as primary sources of carbon and energy. They act as a medium for energy transport between various plant organs, form the essential structural foundation of cell walls, and serve as highly sensitive signalling molecules that coordinate growth with resource availability through the regulation of metabolic pathways. In the context of abiotic stress, soluble sugars and sugar alcohols can also fulfil protective roles, acting as compatible solutes, osmoprotectants, and reactive oxygen species (ROS) scavengers. Furthermore, carbohydrate metabolism appears to function as a key integrator of physiological plant responses to changing environmental conditions. This work summarizes findings from both theoretical and experimental studies on the responses of carbohydrate metabolism to stress conditions in the woodland strawberry (Fragaria vesca L.). The first part focuses on methodological aspects of studying metabolism under in vitro conditions. A comparison of photomixotrophic and photoautotrophic nutrition revealed that the presence of exogenous sucrose in the medium leads to a reduction of the photosynthetic apparatus and fundamentally modifies physiological parameters and the...; Sacharidy jsou pro rostliny jednou z klíčových skupin biomolekul a jejich význam dalece přesahuje funkci primárního zdroje uhlíku a energie. Působí jako médium pro transport energie mezi různými orgány rostlin, tvoří nezbytný strukturní základ buněčných stěn a slouží jako vysoce senzitivní signální molekuly, které skrze regulaci metabolických drah koordinují růst s dostupností zdrojů. V kontextu abiotického stresu pak rozpustné cukry a cukerné alkoholy mohou mít i ochranné role, působí například jako kompatibilní soluty, stabilizátory buněčných struktur a zhášeče reaktivních forem kyslíku. Navíc se ukazuje, že sacharidový metabolismus může fungovat jako klíčový integrátor fyziologických odpovědí rostlin na měnící se podmínky prostředí. Tato práce shrnuje poznatky získané při teoretickém i experimentálním studiu reakcí sacharidového metabolismu na stresové podmínky u jahodníku obecného (Fragaria vesca L.). V první části byla pozornost věnována metodickým aspektům studia metabolismu v podmínkách in vitro. Porovnání fotomixotrofního a fotoautotrofního způsobu výživy ukázalo, že přítomnost exogenní sacharosy v médiu vede k redukci fotosyntetického aparátu, zásadně modifikuje fyziologické parametry a sacharidové spektrum rostlin, což může vést ke zkreslení výsledků při studiu stresových reakcí. Z... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207699 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207690 Vlivy radiace v organických fázích uranonosné mineralizace The work deals with two types of fossil organic matter that were exposed to radiation from natural uranium decay series in the geological environment, more precisely, uranium-bearing anthraxolite (thucholite) from Permian rocks of the Krkonoše Piedmont basin and amber (resinite) from uranium mineralization of sediments of the Stráž region of the Czech Cretaceous basin. The work includes an experimental part connected with simulations of natural radiation damage by artificial irradiation. Experimental irradiation of recent and fossil resins was carried out using nuclear instrumental techniques. Natural geological samples were collected and studied. Their analogues from mainly recent raw materials were also prepared for experimental irradiation. Experimental irradiation of recent and fossil resins was carried out using nuclear instrumental techniques. A multi-instrumental analytical and experimental approach was used, which included two main lines of research using nuclear techniques based on neutron reactions (research nuclear reactor LVR-15) and particle accelerators (Tandetron 4130MC and Microtron MT25). For better understanding and visualization, computational modeling of particle trajectories and their energy transfer to matter was used. Electron microscopy and microanalysis (SEM/EDX) were used...; Práce se zabývá dvěma typy fosilních organických hmot, které byly vystaveny záření z přírodních rozpadových řad uranu v geologickém prostředí, přesněji, uranonosným antraxolitem (thucholitem) z permských hornin podkrkonošské pánve a jantarem (resinitem) z uranové mineralizace sedimentů strážské oblasti české křídové pánve. Součástí práce je experimentální část spojena se simulacemi přírodního radiačního poškození umělým ozářením. Experimentální ozařování recentních a fosilních pryskyřic bylo provedeno za použití jaderných instrumentálních technik. Byly odebírány a studovány přírodní geologické vzorky, pro experimentální ozařování též připraveny jejich napodobeniny z převážně recentních surovin. Experimentální ozařování recentních a fosilních pryskyřic bylo provedeno za použití jaderných instrumentálních technik. Byl použit multiinstrumentální analytický a experimentální přístup, který zahrnoval dvě hlavní linie výzkumu využívající jaderné techniky založené na neutronových reakcích (výzkumný jaderný reaktor LVR-15) a urychlovačů částic (Tandetron 4130MC a Microtron MT25). Pro lepší pochopení a vizualizaci bylo využito výpočetních modelování dráhy částic a jejich přenosu energie do hmoty. Jako doplňkové zobrazovací a analytické nástroje byly použity elektronová mikroskopie a mikroanalýza (SEM/EDX).... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207690 2026-01-01T00:00:00Z