http://hdl.handle.net/20.500.11956/1902 Faculty of Science Mon, 13 Apr 2026 15:43:07 GMT 2026-04-13T15:43:07Z https://https://dspace.cuni.cz:443/bitstream/id/003c2ac5-e2b1-4f43-876c-f196e38b1898/ http://hdl.handle.net/20.500.11956/1902 http://hdl.handle.net/20.500.11956/207713 Enzymatic synthesis of RNA containing selected base modifications and their influence on stability, translation and CRISPR-Cas9 cleavage Tato práce si klade za cíl úspěšně syntetizovat modifikované nukleosidtrifosfáty (NTP), včetně dříve publikovaných methylsubstituovaných derivátů a nově vyvinutých analogů nesoucích ethylové skupiny v poloze 5 pyrimidinů a poloze 7 deazapurinů. Syntetická cesta zahrnuje Sonogashirovy cross-coupling reakce, následované katalytickou hydrogenací za vzniku odpovídajících nukleosidů, které jsou poté podrobeny fosforylační reakci s POCl3 a pyrofosfátem za účelem získání modifikovaných NTP. V předchozí práci naší skupiny byla prokázána schopnost T7 RNA polymerázy začleňovat malé modifikace do krátké RNA. V této studii byly modifikované nukleotidy začleněny nejen do krátkých RNA, ale také do delších transkriptů, jako jsou sgRNA a mRNA, prostřednictvím in vitro transkripce. V této práci je také použita nově vyvinutá metoda syntézy RNA s využitím DNA polymerázy. Účinnost cappingu Cap1 je vyhodnocena na modifikovaných 70-nukleotidových RNA pro další syntézu mRNA s použitím stejného systému. Účinnost štěpení CRISPR-Cas9 a stabilita v lidském séru byly hodnoceny s různými modifikovanými sgRNA, kde nám molekulární dynamika pomáhá pochopit, proč dva modifikované transkripty ruší aktivitu nukleázy Cas9. Dále byly syntetizovány modifikované mRNA kódující luciferázu Renilla a hodnocena jejich účinnost translace in... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207713 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207710 Od počátku změny v jiném k energeia věčných jsoucen. Aristotelova Metafyzika Théta 1-8 The aim of this thesis is grounded, first, in the central project of Book Theta (1-8) of Aristotle's Metaphysics: namely, to delineate the notions of dynamis and energeia as said of being qua being, by means of the concepts of dynamis and energeia said in respect of motion. Secondly, however, the present study proceeds from the fact that the text of Book Theta is concise to the point of being elliptical, thereby placing heightened demands on the interpretation of Aristotle's argumentative steps and their mutual connections. The thesis thus aims to explicate the overall argumentative trajectory of the first eight chapters of Book Theta, with an emphasis on a detailed analysis of individual passages of Aristotle's text and their interrelations. A subsidiary aim of the study is to clarify the mediating role played, in the transition from kinetic concepts to ontological ones, by the aspect of dynamis that may be described as modal. In conclusion, the study summarizes the contribution each of these chapters makes to articulating another of the aims of Book Theta, namely, the delineation of the concept of energeia as the mode of being of eternal beings.; Cíl této práce vychází jednak z vlastního záměru knihy Théta (1-8) Aristotelovy Metafyziky: za pomoci pojmů dynamis a energeia, které se vypovídají se zřetelem k pohybu, vymezit pojmy energeia a dynamis, které se vypovídají se zřetelem ke jsoucímu jako jsoucímu. Zároveň však předkládaná práce vychází z faktu, že text knihy Théta má stručný až eliptický charakter, a klade tak zvýšené nároky na interpretaci Aristotelových myšlenkových kroků a jejich vzájemných souvislostí. Cílem předkládané práce je tak vyložit celkovou argumentační linii prvních osmi kapitol knihy Théta s důrazem na podrobnou analýzu jednotlivých pasáží Aristotelova textu a jejich vzájemných vztahů. Dílčím záměrem práce je přitom snaha objasnit prostředkující roli, již v přechodu od kinetických pojmů k pojmům ontologickým hraje aspekt dynamis, který bychom mohli označit jako modální. V závěru pak práce shrnuje, čím každá z těchto kapitol přispívá k formulaci dalšího z cílů knihy Théta, totiž k určení pojmu energeia jakožto způsobu bytí věčných jsoucen. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207710 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207706 Population genetics, species delimitation and antifungal resistance in members of the Trichophyton mentagrophytes complex - agents of superficial mycoses The doctoral thesis focuses on the taxonomy of the Trichophyton mentagrophytes/interdigitale complex which includes three closely related species - Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton interdigitale, and the recently described Trichophyton indotineae. These fungi are pathogenic dermatophytes that cause superficial mycoses in vertebrates. The phenotypic and genotypic similarity among these taxa complicates reliable identification in clinical practice. As a result, laboratory results are inconsistent, which limits the comparability of epidemiological data. The aim of this doctoral thesis is to clarify and revise the taxonomy of the Trichophyton mentagrophytes/interdigitale complex and, in the context of the globally increasing antifungal resistance, to detect the prevalence of resistant dermatophyte strains in the Czech Republic. In the first publication (I), we investigated correlations between phenotypic characteristics and genotypes of 110 isolates belonging to the T. mentagrophytes/interdigitale complex, using three independent genetic markers: ITS, tef1α, and tubb. In the second publication (II), we expanded the phylogenetic analysis by incorporating high-resolution genomic data, which allowed us to assess both phylogenetic relationships and population structure and thereby obtain a clearer...; Disertační práce se zaměřuje na taxonomii komplexu Trichophyton mentagrophytes/interdigitale, který zahrnuje tři úzce příbuzné druhy - Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton interdigitale a nově popsaný druh Trichophyton indotineae. Tyto houby patří mezi patogenní dermatofyty způsobující povrchové mykózy u obratlovců. Fenotypová a genotypová podobnost mezi těmito taxony komplikuje spolehlivou identifikaci v klinické praxi. Výsledkem jsou nekonzistentní laboratorní nálezy, které omezují srovnatelnost epidemiologických dat. Cílem této disertační práce je objasnit a revidovat taxonomii komplexu T. mentagrophytes/interdigitale a v kontextu globálně narůstající antifungální rezistence zjistit prevalenci rezistentních dermatofytů v České republice. V první publikaci (I) jsme zkoumali souvislosti mezi fenotypovými charakteristikami a genotypy u 110 izolátů patřících do komplexu T. mentagrophytes/interdigitale, a to pomocí tří nezávislých genetických markerů: ITS, tef1α a tubb. Ve druhé publikaci (II) jsme rozšířili fylogenetickou analýzu o data z genomového sekvenování ve vysokém rozlišení, což nám umožnilo posoudit fylogenetické vztahy i populační strukturu a získat tak jasnější představu o diverzitě v rámci tohoto druhového komplexu. Ve třetí publikaci (III) jsme provedli prospektivní multicentrickou... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207706 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207700 Colonization of the Maritime Antarctic freshwater ecosystems by invertebrates Freshwater ecosystems of the Maritime Antarctic are characterized by very limited functional and species diversity due to harsh climatic conditions, remoteness, and relatively short existence. In most cases, these ecosystems originated after deglaciation following the Last Glacial Maximum, which ended approximately 26.5-19 thousand years ago. A fundamental biogeographic question regarding the freshwater fauna of this region is whether it is the result of post-glacial colonization or long-term survival in glacial refugia on the continent. This thesis addresses the history of occurrence and colonization of the Maritime Antarctic by freshwater invertebrates, focusing particularly on two of the most widespread species of local freshwater macrofauna - crustaceans Branchinecta gaini (fairy shrimp) and Boeckella poppei (calanoid copepod) - assessed through two distinct approaches: paleolimnological and phylogeographic. In the paleolimnological studies (Chapters I and II), sediment cores from two lakes in the James Ross Archipelago - Lake Esmeralda (Vega Island) and Monolith Lake (James Ross Island) - were analyzed. These analyzes provided the first records of several animal groups from the James Ross Archipelago, including several tardigrade species (e.g., Dactylobiotus cf. ambiguus), the rotifer Notholca...; Sladkovodní ekosystémy maritimní Antarktidy se vyznačují velmi omezenou funkční i druhovou diverzitou v důsledku drsných klimatických podmínek, odlehlosti a relativně krátké doby své existence. Ve většině případů tyto ekosystémy vznikly po odlednění po skončení posledního glaciálního maxima, které proběhlo přibližně před 26,5-19 tisíci lety. Zásadní biogeografickou otázkou týkající se zdejší sladkovodní fauny je, zda je výsledkem post-glaciální kolonizace nebo dlouhodobého přežití v glaciálních refugiích na kontinentu. Tato práce se zabývá historií výskytu a kolonizace maritimní Antarktidy sladkovodními bezobratlými živočichy, zejména dvěma nejrozšířenějšími druhy místní sladkovodní makrofauny - zástupci korýšů žábronožkou Branchinecta gaini a vznášivkou Boeckella poppei, které hodnotí dvěma rozdílnými přístupy - paleolimnologickým a fylogeografickým. V paleolimnologických částech práce (Kapitoly I a II) byly hodnoceny sedimentární jádra ze dvou jezer na souostroví Jamese Rosse - jezera Esmeralda (ostrov Vega) a jezera Monolith (ostrov Jamese Rosse). Tyto práce poskytly první záznamy několika skupin živočichů ze souostroví Jamese Rosse, včetně několika druhů želvušek (např. Dactylobiotus cf. ambiguus), vířníka Notholca sp. a vnášivky Boeckella poppei. Datování stáří jezera Esmeralda ukázalo na... Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/20.500.11956/207700 2026-01-01T00:00:00Z