http://hdl.handle.net/20.500.11956/1940 Theses 2026-06-06T14:30:33Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181631 Chemická modifikace glykopeptidů a predikce jejich retenčního chování při hydrofilní kapalinové chromatografii 4 Abstrakt Glykoproteiny jsou nedílnou součástí mnoha buněčných dějů, bez kterých by komplexní život vyšších organismů nebyl možný. Glykoproteiny mají význam také pro klinické účely, neboť změny fyziologického stavu způsobené nemocemi vyvolávají změny v proteinové glykosylaci. Změny v hojnosti glykosylace či strukturách syntetizovaných glykanů jsou asociované s mnoha nemocemi jako Alzheimerova choroba či rakovina, a mohou proto sloužit jako diagnostické biomarkery. Pro studium glykoproteinů se užívá několika analytických postupů. Jedním z nich je analýza glykopeptidů proteolyticky štěpených glykoproteinů. Tento postup umožňuje analýzu glykoproteinů i v komplexních směsí, jako jsou biologické vzorky, neboť glykanové zbytky jsou stále připojené na svá glykosylační místa. Je tedy možné identifikovat glykoproteiny včetně jejich glykanových struktur, což v případě jiných analytických postupů není vždy možné. Pro analýzu glykopeptidů se hojně využívá kapalinová chromatografie spojená s hmotnostní spektrometrií. Jako separační mód je v glykoproteomice pro schopnost rozdělovat glykopeptidy s odlišnými glykanovými strukturami hojně užívaná hydrofilní interakční chromatografie. V této práci byl separační mód využit pro separaci glykopeptidů modelových glykoproteinů imunoglobulinu G1 a G1. Peptidová páteř glykopeptidů...; 5 Abstract Glycoproteins are an integral part of many cellular processes, without which the complex life of higher organisms wouldn't be possible. Glycoproteins are also important from clinical perspective, since changes of physiological state caused by diseases lead to changes in protein glycosylation. Changes in the abundance of glycosylations or structures of synthesised glycans are associated with diseases such as Alzheimer's disease or cancer and as such can be used as biomarkers for diagnostic purposes. There are several approaches used in the study of glycoproteins, one of which is glycopeptide analysis of enzymatically cleaved glycoproteins. This approach allows analysis of glycoproteins even in complex matrices such as biological samples, as the glycan residues are still connected to their glycosylation sites. This makes the identification of glycoproteins along with their associated glycan structures possible, which oftentimes isn't possible with other analytical approaches. Glycopeptide analysis readily uses high performance liquid chromatography coupled with mass spectrometry. Hydrophilic interaction chromatography is often chosen as the separation mode for glycoproteomic studies, due to its ability to separate glycopeptides with different glycans attached. This chromatographic mode was used in... 2023-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181645 Roles of antigen presenting cells in regulation of Th17 response against Candida albicans Candida albicans je běžný patobiont, který osidluje mukózní povrchy napříč tělem svého hostitele. Ve zdravých jedincích se vyskytuje jako neškodná součást mikroflory. V imunokompromitovaných jedincích se však C. albicans stává patogenní a způsobuje rozsáhlé mukózní infekce, kdy v nejvážnějších případech uniká do krevního řečiště a způsobuje život ohrožující infekce tkání uvnitř svého hostitele. Ačkoliv součásti přirozené imunity, které zajišťují časnou imunitní odpověď proti C. albicans jsou poměrně dobře popsány, současné znalosti týkající se T buněčné odpovědi proti této kvasince jsou relativně omezené. Několik populací antigen-prezentujících buněk bylo doposud propojeno s nastavením protektivní Th17 odpovědi proti C. albicans - například přirozené lymfoidní buňky typu 3, konvenční dendritické buňky a CX3CR1+ mononukleární fagocyty. Buněčné a molekulární mechanismy, které indukují C. albicans-specifické T buňky, však zůstávají nepopsané. Tato práce se zaměřuje na roli přímé prezentace antigenů na MHCII molekulách jednotlivými populacemi antigen-prezentujících buněk v indukci antigenně-specifických T buněk rozeznávajících C. albicans. Tato problematika je zkoumána v kontextu mukózní kolonizace i krevní infekce touto kvasinkou. V první části práce jsou shrnuta dostupná data zabývající se...; Candida albicans is a common human pathobiont that inhabits mucosal surfaces throughout the body. In healthy individuals, it behaves as a benign member of the microflora. However, in immunocompromised individuals Candida becomes pathogenic and causes extensive mucosal infections. In the most severe cases, Candida translocates into the bloodstream and causes life-threatening deep tissue infections. Although the innate immune components involved in early anti-Candida immune response are relatively well defined, our knowledge regarding adaptive T cell responses to Candida is limited. Several populations of antigen-presenting cells (APCs) have been implicated in the induction of protective Th17 response against Candida - including innate lymphoid cells type 3 (ILC3s), conventional dendritic cells (cDCs) and CX3CR1+ mononuclear phagocytes (MNPs). The cellular and molecular mechanisms by which Candida-specific T cells are induced have not yet completely been identified. Presented thesis focuses on the involvement of direct antigen presentation by these APC populations in mounting the anti-Candida adaptive immune response. Furthermore, this is investigated in the context of both gastrointestinal colonization and bloodstream infection by C. albicans. In the first part, published data concerning the immune... 2023-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181548 The role of the WASH complex in endolysosomal homeostasis WASH (WASP and SCAR homologue) komplex je nukleační faktor pro aktin, který je nezbytný pro třídění karga v endosomech. Pokud dojde ke ztrátě WASH komplexu, náklad procházející endosomy ztrácí správnou lokalizaci a dochází ke kolapsu endolysosomálního systému. V této práci používáme vysokorychlostní sledování váčků a záchranu chybějícího WASH komplexu v reálném čase tak, abychom otestovali efekt jeho ztráty na homeostázu endolysosomálního systému. Zjistili jsme, že v buňkách s geneticky vyřazenými podjednotkami WASH komplexu dochází ke vzniku velkých vakuol podobných lysosomům. Zároveň ale záchranné experimenty nepotvrdily přímou roli WASH komplexu na vakuolách během toho, kdy se vakuoly vytrácely. Souhrnně naše data naznačují, že tvorba vakuol v buňkách s vyřazeným WASH komplexem je spíše druhotný proces, který je na WASH komplexu závislý pouze nepřímo.; The WASH (WASP and SCAR homologue) complex is an actin nucleation promoting factor essential for endosomal cargo sorting. Upon WASH complex depletion, endosomal cargoes are mislocalized and the endolysosomal system collapses. Here, we employed high-speed vesicle tracking and real-time rescue experiments to test the effect of WASH complex depletion on endolysosomal homeostasis. We found that large lysosome-like vacuoles emerge in knockout cell lines of individual WASH complex subunits, although the overall dynamics of the lysosomal network does not substantially change. Follow-up experiments revealed that the WASH complex does not act directly on the vacuoles during their rescue. Overall, the data indicate that the emergence of vacuoles in WASH complex knockouts is a secondary process that depends on the WASH complex indirectly. 2023-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181506 Vplyv stavebných výrobkov obsahujúcich odpadové sklo na životné prostredie. V tejto práci sa zaoberám vplyvom odpadového skla na životné prostredie, jeho skládkovaním, a recykláciou do nového skla alebo iných materiálov. Uvádzam ako vplývajú rôzne fyzikálno-chemické vlastnosti skla na prostredie, v ktorom sa nachádza. Poukazujem na využitie odpadového skla v stavebnom priemysle, konkrétne ako prímesi do betónu, a jeho vplyv na vlastnosti takéhoto materiálu. Súčasťou práce je vlastný výskum zameraný na toxicitu výluhov drveného skla rôznej farby ako aj HPC betónu s prímesou drveného skla. Za týmto účelom bol prevedený test na rastline Lemna minor, čím sa posudzovala inhibícia rastu, celkového chlorofylu (a,b) a pomer celkových chlorofylov (a,b) ku karotenoidom. Súčasťou výskumu bola aj prvková analýza výluhov vzoriek skla a HPC betónu. Kľúčové slová: sklo, toxicita, betón, Lemna minor, recyklácia; This work deal with the impact of waste glass on the environment, its landfilling, and recycling into new glass or other materials. The effect of various physico-chemical properties of glass on the environment is presented. The use of glass waste in the construction industry is pointed out, specifically as an admixture in concrete, and its effect on the properties of such material. Part of the work is our own research focused on the toxicity of leachates of crushed glass of different colors as well as HPC concrete with an admixture of crushed glass. For this purpose, a test was carried out on the Lemna minor plant, which assessed growth inhibition, total chlorophyll (a,b) and the ratio of total chlorophyll (a,b) to carotenoids. Elemental analysis of glass and HPC concrete samples was also part of the research. Key words: glass, toxicity, concrete, Lemna minor, recycling 2023-01-01T00:00:00Z