Theses http://hdl.handle.net/20.500.11956/1940 2026-06-07T13:32:59Z 2026-06-07T13:32:59Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/184843 2026-06-07T08:52:53Z 2023-01-01T00:00:00Z

Syntéza nových inhibitorů virových methyltransferáz Methyltransferázy (MTázy) představují velkou rodinu enzymů, které katalyzují methylaci svých substrátů. Tyto enzymy nacházíme u zástupců všech domén života (včetně některých virů) a jejich aktivita je esenciální pro řadu biologických procesů. MTázy jsou proto atraktivním cílem medicinální chemie, avšak v současné době jsou v klinické praxi používány pouze inhibitory lidských MTáz - například 5-azacytidin (inhibitor lidské DNA-MTázy). Významné jsou však i virové MTázy, neboť umožňují virům skrýt se před imunitním systémem a využít translační aparát hostitele. V návaznosti na pandemii viru SARS-CoV-2 se do popředí výzkumu dostaly MTázy koronavirové a v menší míře i MTáza viru opičích neštovic, jenž se šířil v populaci v roce 2022. Tato diplomová práce se zabývá syntézou především amidů odvozených od adenosin-5'-karboxylové kyseliny jakožto potenciálních inhibitorů virových MTáz. Primárním cílem těchto látek je MTáza nsp14 viru SARS-CoV-2, avšak látky budou testovány i vůči jiným MTázám. Klíčová slova: methyltransferáza; inhibitor; SARS-CoV-2; medicinální chemie; Methyltransferases (MTases) are a class of enzymes that catalyze methylation of their substrates. These enzymes are found in all living organisms (including some viruses) as methylations are involved in numerous biological processes. Therefore, MTases are attractive targets for medicinal chemistry. Currently, only inhibitors of human MTases are used in medicine, for example, 5-azacytidine targeting DNA-MTase. However, viral MTases are potential drug targets as well. They enable viruses to escape the immune system and to use the host's translation machinery. As a consequence of the SARS-CoV-2 pandemic, coronaviral MTases became the center of attention, followed by the Mpox virus, which spread in the population in 2022. This thesis is focused on the synthesis of potential MTase inhibitors derived from adenosine-5'-carboxylic acid. The primary target is SARS-CoV-2 nsp14, however, the compound library will be used for screening against other MTases as well. Key words: methyltransferase; inhibitor; SARS-CoV-2; medicinal chemistry

2023-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181631 2026-06-07T01:08:34Z 2023-01-01T00:00:00Z

Chemická modifikace glykopeptidů a predikce jejich retenčního chování při hydrofilní kapalinové chromatografii 4 Abstrakt Glykoproteiny jsou nedílnou součástí mnoha buněčných dějů, bez kterých by komplexní život vyšších organismů nebyl možný. Glykoproteiny mají význam také pro klinické účely, neboť změny fyziologického stavu způsobené nemocemi vyvolávají změny v proteinové glykosylaci. Změny v hojnosti glykosylace či strukturách syntetizovaných glykanů jsou asociované s mnoha nemocemi jako Alzheimerova choroba či rakovina, a mohou proto sloužit jako diagnostické biomarkery. Pro studium glykoproteinů se užívá několika analytických postupů. Jedním z nich je analýza glykopeptidů proteolyticky štěpených glykoproteinů. Tento postup umožňuje analýzu glykoproteinů i v komplexních směsí, jako jsou biologické vzorky, neboť glykanové zbytky jsou stále připojené na svá glykosylační místa. Je tedy možné identifikovat glykoproteiny včetně jejich glykanových struktur, což v případě jiných analytických postupů není vždy možné. Pro analýzu glykopeptidů se hojně využívá kapalinová chromatografie spojená s hmotnostní spektrometrií. Jako separační mód je v glykoproteomice pro schopnost rozdělovat glykopeptidy s odlišnými glykanovými strukturami hojně užívaná hydrofilní interakční chromatografie. V této práci byl separační mód využit pro separaci glykopeptidů modelových glykoproteinů imunoglobulinu G1 a G1. Peptidová páteř glykopeptidů...; 5 Abstract Glycoproteins are an integral part of many cellular processes, without which the complex life of higher organisms wouldn't be possible. Glycoproteins are also important from clinical perspective, since changes of physiological state caused by diseases lead to changes in protein glycosylation. Changes in the abundance of glycosylations or structures of synthesised glycans are associated with diseases such as Alzheimer's disease or cancer and as such can be used as biomarkers for diagnostic purposes. There are several approaches used in the study of glycoproteins, one of which is glycopeptide analysis of enzymatically cleaved glycoproteins. This approach allows analysis of glycoproteins even in complex matrices such as biological samples, as the glycan residues are still connected to their glycosylation sites. This makes the identification of glycoproteins along with their associated glycan structures possible, which oftentimes isn't possible with other analytical approaches. Glycopeptide analysis readily uses high performance liquid chromatography coupled with mass spectrometry. Hydrophilic interaction chromatography is often chosen as the separation mode for glycoproteomic studies, due to its ability to separate glycopeptides with different glycans attached. This chromatographic mode was used in...

2023-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181645 2026-06-07T01:21:03Z 2023-01-01T00:00:00Z

Roles of antigen presenting cells in regulation of Th17 response against Candida albicans Candida albicans je běžný patobiont, který osidluje mukózní povrchy napříč tělem svého hostitele. Ve zdravých jedincích se vyskytuje jako neškodná součást mikroflory. V imunokompromitovaných jedincích se však C. albicans stává patogenní a způsobuje rozsáhlé mukózní infekce, kdy v nejvážnějších případech uniká do krevního řečiště a způsobuje život ohrožující infekce tkání uvnitř svého hostitele. Ačkoliv součásti přirozené imunity, které zajišťují časnou imunitní odpověď proti C. albicans jsou poměrně dobře popsány, současné znalosti týkající se T buněčné odpovědi proti této kvasince jsou relativně omezené. Několik populací antigen-prezentujících buněk bylo doposud propojeno s nastavením protektivní Th17 odpovědi proti C. albicans - například přirozené lymfoidní buňky typu 3, konvenční dendritické buňky a CX3CR1+ mononukleární fagocyty. Buněčné a molekulární mechanismy, které indukují C. albicans-specifické T buňky, však zůstávají nepopsané. Tato práce se zaměřuje na roli přímé prezentace antigenů na MHCII molekulách jednotlivými populacemi antigen-prezentujících buněk v indukci antigenně-specifických T buněk rozeznávajících C. albicans. Tato problematika je zkoumána v kontextu mukózní kolonizace i krevní infekce touto kvasinkou. V první části práce jsou shrnuta dostupná data zabývající se...; Candida albicans is a common human pathobiont that inhabits mucosal surfaces throughout the body. In healthy individuals, it behaves as a benign member of the microflora. However, in immunocompromised individuals Candida becomes pathogenic and causes extensive mucosal infections. In the most severe cases, Candida translocates into the bloodstream and causes life-threatening deep tissue infections. Although the innate immune components involved in early anti-Candida immune response are relatively well defined, our knowledge regarding adaptive T cell responses to Candida is limited. Several populations of antigen-presenting cells (APCs) have been implicated in the induction of protective Th17 response against Candida - including innate lymphoid cells type 3 (ILC3s), conventional dendritic cells (cDCs) and CX3CR1+ mononuclear phagocytes (MNPs). The cellular and molecular mechanisms by which Candida-specific T cells are induced have not yet completely been identified. Presented thesis focuses on the involvement of direct antigen presentation by these APC populations in mounting the anti-Candida adaptive immune response. Furthermore, this is investigated in the context of both gastrointestinal colonization and bloodstream infection by C. albicans. In the first part, published data concerning the immune...

2023-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/181548 2026-06-06T01:07:46Z 2023-01-01T00:00:00Z

The role of the WASH complex in endolysosomal homeostasis WASH (WASP and SCAR homologue) komplex je nukleační faktor pro aktin, který je nezbytný pro třídění karga v endosomech. Pokud dojde ke ztrátě WASH komplexu, náklad procházející endosomy ztrácí správnou lokalizaci a dochází ke kolapsu endolysosomálního systému. V této práci používáme vysokorychlostní sledování váčků a záchranu chybějícího WASH komplexu v reálném čase tak, abychom otestovali efekt jeho ztráty na homeostázu endolysosomálního systému. Zjistili jsme, že v buňkách s geneticky vyřazenými podjednotkami WASH komplexu dochází ke vzniku velkých vakuol podobných lysosomům. Zároveň ale záchranné experimenty nepotvrdily přímou roli WASH komplexu na vakuolách během toho, kdy se vakuoly vytrácely. Souhrnně naše data naznačují, že tvorba vakuol v buňkách s vyřazeným WASH komplexem je spíše druhotný proces, který je na WASH komplexu závislý pouze nepřímo.; The WASH (WASP and SCAR homologue) complex is an actin nucleation promoting factor essential for endosomal cargo sorting. Upon WASH complex depletion, endosomal cargoes are mislocalized and the endolysosomal system collapses. Here, we employed high-speed vesicle tracking and real-time rescue experiments to test the effect of WASH complex depletion on endolysosomal homeostasis. We found that large lysosome-like vacuoles emerge in knockout cell lines of individual WASH complex subunits, although the overall dynamics of the lysosomal network does not substantially change. Follow-up experiments revealed that the WASH complex does not act directly on the vacuoles during their rescue. Overall, the data indicate that the emergence of vacuoles in WASH complex knockouts is a secondary process that depends on the WASH complex indirectly.

2023-01-01T00:00:00Z