Theses http://hdl.handle.net/20.500.11956/1932 2026-06-12T07:30:36Z 2026-06-12T07:30:36Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/208031 2026-06-09T01:24:34Z 2026-01-01T00:00:00Z

Mutational and Immune Cell Landscape in Gastrointestinal Cancers Kolorektální karcinom (CRC) zůstává jednou z hlavních příčin úmrtí souvisejících s nádorovými onemocněními na celém světě. Navzdory rozsáhlému genomickému výzkumu se v klinické praxi rutinně používá velmi omezený počet molekulárních markerů, protože stále nedokážeme plně porozumět komplexní povaze karcinogeneze CRC. Zejména nám chybí rozklíčovat biologické mechanism vedoucí k šíření a tvorbě metastáz. Metastázy se mohou objevit buď synchronně (v době stanovení primární diagnózy), nebo metachronně (s časovým odstupem po odstranění primárního nádoru). Cílem této práce bylo prozkoumat genomické a mikroenvironmentální rozdíly mezi pacienty s CRC se synchronními a metachronními jaterními metastázami integrací dat z celoexomového sekvenování (se zvláštním zaměřením na analýzu nádorové mutační zátěže - TMB - a specifických mutací driver genů TP53 a APC) s délkou telomer (TL) a infiltrací imunitních buněk. Párové vzorky primárních kolorektálních nádorů a odpovídajících jaterních metastáz z institucionálních archivů byly podrobeny celoexomovému sekvenování. Celkem bylo analyzováno 210 nádorových vzorků za účelem zhodnocení frekvence mutací, změn počtu kopií (copy number variations), mutačních signatur a specifických alterací v klíčových driver genech. TMB byla vypočtena jako počet nesynonymních somatických...

2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/208030 2026-06-09T01:01:21Z 2026-01-01T00:00:00Z

Non-Coding RNA Profiling in Hepatocellular Carcinoma in Czech Tato disertační práce předkládá výsledky výzkumu prováděného na Lékařské fakultě v Plzni Univerzity Karlovy v letech 2022 až 2026 a zaměřuje se na molekulární charakterizaci nevirového hepatocelulárního karcinomu (HCC). Tato práce se věnuje vzrůstajícímu klinickému výzkumu HCC nevirového původu, který představuje etiologicky odlišný subtyp spojovaný s metabolickým onemocněním jater, zejména jaterní steatózou asociovanou s metabolickou dysfunkcí (MASLD) nebo její progresivní zánětlivou formou nazývanou steatohepatitida asociovaná s metabolickou dysfunkcí (MASH). Navzdory vrůstající incidenci zůstává molekulární podstata nevirového HCC nedostatečně charakterizovaná, zejména v oblasti spolehlivých diagnostických a prognostických biomarkerů. Primárním cílem této disertační práce je prozkoumání expresních profilů nekódujících RNA (ncRNAs), zejména microRNA (miRNAs) a malých jaderných RNA (snoRNAs), a vyhodnocení jejich diagnostické a prognostické relevance v kontextu nevirového HCC. Tato disertace obsahuje jak teoretické, tak praktické prvky. Teoretická část pokrývá souhrnný přehled molekulárních mechanismů a etiologických faktorů zásadních pro HCC, zatímco experimentální část prezentuje originální výsledky výzkumu integrujícího tkáňové i cirkulující biomarkery s klinickopatologickými...

2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207971 2026-05-28T01:24:45Z 2026-01-01T00:00:00Z

Aplikace biomolekulární spektroskopie při analýze buněk Aplikace biomolekulární spektroskopie při analýze buněk Jiří Bufka Abstrakt Disertační práce se zabývá aplikací biomolekulární spektroskopie při analýze buněk a jejím potenciálem pro klinické využití, zejména v pediatrii. Úvodní část shrnuje principy a metodologické aspekty různých spektroskopických metod (Ramanova spektroskopie, Fourierova transformovaná infračervená spektroskopie, nukleární magnetická rezonance, fluorescenční spektroskopie a Ramanova optická aktivita), jejich výhody, limity a současné trendy v biomedicínském výzkumu. Hlavní část práce je koncipována jako soubor publikací dokumentujících posun biomolekulární spektroskopie od základního výzkumu k translačním a klinickým aplikacím. V rámci dětské gastroenterologie byla Ramanova spektroskopie využita k detailnímu molekulárnímu profilování žaludeční sliznice zdravých i Helicobacter pylori infikovaných dětí, přičemž byly identifikovány spektrální biomarkery reflektující oxidační stres, apoptózu a remodelaci tkáně. Další práce zdůrazňují význam Ramanovy spektroskopie v onkologii a hematologii, její schopnost monitorovat odpověď na cílenou léčbu a možnosti využití v dalších klinických oborech. Zvláštní pozornost byla věnována karotenoidům jako významným antioxidantům s charakteristickou vibrační signaturou využitelnou pro neinvazivní sledování...; Application of biomolecular spectroscopy in cell analysis Jiří Bufka Summary This dissertation focuses on the application of biomolecular spectroscopy in cell analysis and its potential for clinical implementation, with particular emphasis on pediatric medicine. The introductory part summarizes the principles and methodological aspects of key spectroscopic techniques (Raman spectroscopy, FTIR, NMR, fluorescence spectroscopy, and Raman optical activity), highlighting their strengths, limitations, and current trends in biomedical research. The core of the thesis is structured as a collection of publications documenting the transition of biomolecular spectroscopy from basic research to translational and clinical applications. In pediatric gastroenterology, Raman spectroscopy was employed for detailed molecular profiling of gastric mucosa in both healthy children and those infected with Helicobacter pylori, revealing spectral biomarkers associated with oxidative stress, apoptosis, and tissue remodeling. Additional studies emphasize the role of Raman spectroscopy in oncology and hematology, demonstrating its capacity to monitor responses to targeted therapies, as well as in clinical medicine. Particular attention was given to carotenoids as crucial antioxidants with distinctive vibrational signatures suitable...

2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207722 2026-05-07T01:22:37Z 2026-01-01T00:00:00Z

Neurobiologie násilného chování Cíl: Tato disertační práce zkoumá vztah mezi složením střevního mikrobiomu a impulzivním a impulzivně násilným chováním. Cílem bylo ověřit, zda existují specifické bakteriální rody a druhy spojené s vyšší mírou impulzivity, zda raný vývoj mikrobiálního osídlení ovlivňuje pozdější behaviorální charakteristiky jedince a zda lze probioticky ovlivnit již existující impulzivní nebo impulzivně násilné chování. Metody: Práce zahrnuje tři vzájemně propojené části: (1) systematickou rešerši publikovanou v Behavioural Brain Research (2022), která analyzovala 21 humánních studií hodnotících souvislost mikrobiomu a raných faktorů vývoje mikrobioty s impulzivním a násilným chováním; (2) originální observační studii publikovanou v Neuropsychobiology (2024), v níž byl analyzován střevní mikrobiom, hladiny neurotransmiterů a mastných kyselin s krátkým řetězcem (SCFA) u 33 impulzivně násilných a 20 neimpulzivních žen odsouzených ve věznici v Opavě; a (3) aktualizovanou systematickou rešerši poublikovanou v České a slovenské psychiatrii (2025) zahrnující 12 nových studií zaměřených na vliv složení střevního mikrobiomu na impulzivní a impulzivně násilné chování, včetně studií zkoumajících probiotické a synbiotické intervence. Výsledky: Systematické rešerše potvrdily existenci souvislosti mezi střevní mikrobiotou a...; Objective: This dissertation investigates the relationship between gut microbiome composition and impulsive as well as impulsively violent behaviour. The aim was to determine whether specific bacterial genera and species are associated with higher levels of impulsivity, whether early development of microbial colonization influences later behavioural characteristics of the individual, and whether existing impulsive or impulsively violent behaviour can be modulated through probiotic intervention. Methods: The thesis comprises three interconnected parts: (1) a systematic review published in Behavioural Brain Research (2022), which analysed 21 human studies examining the relationship between the microbiome, early-life factors shaping microbiota development and impulsive or violent behaviour; (2) an original observational study published in Neuropsychobiology (2024), which analysed gut microbiome composition, neurotransmitter levels, and short-chain fatty acids (SCFAs) in 33 impulsively violent and 20 non-impulsive female inmates from Opava Prison; and (3) an updated systematic review published in Czech and Slovak psychiatry (2025) including 12 newly published studies focused on the influence of gut microbiome composition on impulsive and impulsively violent behaviour, including those exploring...

2026-01-01T00:00:00Z