Faculty of Mathematics and Physics http://hdl.handle.net/20.500.11956/1903 2026-04-29T22:23:22Z 2026-04-29T22:23:22Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/178604 2026-04-29T01:07:55Z 2022-01-01T00:00:00Z

Studies of reactions of ions with water molecules in the gaseous phase for trace gas analysis Metoda hmotnostní spektrometrie pomocí chemické ionizace je účinná analytická technika, umožňující detekovat v reálném čase stopová množství organických těkavých látek přítomné ve vzduchu. Procesy vedoucí k ionizaci organických molekul, nutné k jejich detekci a následnou identifikaci, jsou bohužel často ovlivněné přítomností vodní páry. V představené práci jsem studoval vliv vodní páry na chemii iontů a její následní vliv na citlivost a selektivitu metod hmotnostní spektrometrie pomocí chemické ionizace. Pro studium jsme využili několik hmotnostně-spektrometrických přístrojů, mimo jiné techniku hmotnostní spektrometrie v proudové trubici s vybranými ionty (SIFT-MS), techniku hmotnostní spektrometre pomocí reakce přenosu protonu (PTR-MS) a techniku hmotnostní spektrometrie v proudově-driftové trubice s vybranými ionty (SIFDT-MS). Experimentální stude je doplněná teoretickými simulacemi studovaných procesů pomocí autorem vytvořeným simulačním programem KIMI. V disertační práci prezentuji výsledky zkoumání iontové chemie molekul formaldehydu, glyoxalu a ftalátů pomocí H3O+ , NO+ and O2 + reakčních iontů, přičemž se zaměřuji na pochopení sekundárních reakci iontových produktů s vodní párou. Následně jsem také studoval sekundární reakce protonovaných a hydratovaných molekul kyseliny mravenčí s...; Chemical ionization mass spectrometry (CI-MS) is a powerful analytical technique, capable to detect trace levels of organic molecules diluted in air samples in real-time. Processes leading to ionization of organic molecules, necessary for their detection and identification, are however often strongly affected by the presence of water vapours in form of sample humidity. In the present work, I studied the influence of water vapours on ion chemistry and, subsequently, the respective influence on sensitivity and selectivity of CI-MS techniques. Studies were carried out using several soft chemical ionization mass spectrometry instruments, including Selected Ion Flow Tube Mass Spectrometry (SIFT-MS), Proton Transfer Reaction Mass Spectrometry (PTR-MS) and Selected Ion Flow-Drift Tube Mass Spectrometry (SIFDT-MS). Experimental studies were also supplemented by theoretical simulation of proposed ion chemistry using the Kinetic of Ion-Molecular Interaction simulator (KIMI), developed by the author. In this thesis, I present a study of formaldehyde, glyoxal and phthalates ion chemistry with H3O+ , NO+ and O2 + reagent ions, focusing on secondary reactions with water vapours. Additionally, I also studied secondary reactions of protonated hydrated acetic acid with acetone. Finally, I have carried out...

2022-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207835 2026-04-29T01:01:15Z

Physics of the Top Quark: From Precision Tests of the Standard Model to Searches for New Physics

http://hdl.handle.net/20.500.11956/207832 2026-04-26T01:01:17Z 2026-01-01T00:00:00Z

Semi-analytical Methods for Analysis of Tokamak Plasma Equilibrium and Magnetic Field Perturbations Tato práce vyvíjí semi-analytické nástroje pro analýzu rovnováhy plazmatu a kvan- tifikaci účinků magnetických perturbací v tokamaku. Představuje open-source balíček Pythonu, PLEQUE, jako framework pro analýzu rovnováhy plazmatu a siločar, který zjednodušuje práci se souřadnicovým systémem, mapování toku, vyhodnocování metriky expanze toku a 3D sledování siločar. Formalismus založený na Melnikovovu integrálu, při- způsobený pro topologii tokamaku, předpovídá tvorbu magnetických otisků v důsledku rozdělení separatrix v reálné geometrii; jeho linearita umožňuje efektivní optimalizaci re- zonančních magnetických poruchových proudů cívek, jak je ilustrováno pro ITER. Na závěr je provedena analýza 3D magnetického pole systému toroidních cívek pro budoucí tokamak COMPASS Upgrade, aby se zajistilo, že konstrukce cívek nepřekročí cílovou hodnotu toroidního zvlnění.; This thesis develops semi-analytical tools to analyse tokamak equilibria and quantify the effects of magnetic perturbations. An open-source Python package, PLEQUE, is introduced as an equilibrium and field-line analysis framework that simplifies tasks such as coordinate system handling, flux-function mapping, flux-expansion metric evaluation, and 3D field-line tracing. The Melnikov-type formalism, derived for the tokamak topology, predicts magnetic footprints formation due to the separatrix splitting in real geometry; its linearity enables efficient optimisation of resonant magnetic perturbation coil currents, as illustrated for ITER. Finally, the analysis of the 3D magnetic field of the toroidal field coil system for the future COMPASS Upgrade tokamak is conducted to ensure that the coil design does not exceed the toroidal ripple design target.

2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207830 2026-04-25T01:05:34Z 2026-01-01T00:00:00Z

Framework pro vizuální analýzu strukturních stavů proteinů Proteiny se podílí na většině molekulárních procesů v žívých organismech a jejich studium proto nachází uplatnění v mnoha aplikacích. 3D struktura hraje zásadní roli ve schopnosti proteinu vázat se na další molekuly a tím se podílet na biologických procesech. Nicméně struktura proteinu se může v čase měnit v závislosti na externích faktorech, jako je třeba navázání molekuly, která může způsobit změnu konformace. Cílem práce je vytvořit softwarový framework, který by umožnil udržovat pro sadu proteinů informace o jejich konformacích, tyto data vytěžovat a vizualizovat ve webovém prostředí. Celý systém bude aplikován na existující sadu konformací pro struktury z PDB, ale zároveň bude dostatečně obecný, aby umožnil nahrání a analýzu nových datových sad. 1; Proteins are involved in most molecular processes in living organisms, and their study, therefore, finds use in many applications. The 3D structure plays a fundamental role in the protein's ability to bind other molecules and thus participate in biological processes. However, the structure of a protein can change over time; for example, the binding of a molecule can result in conformational change. The goal of the work is to create a software framework that would, for a set of proteins, store information about their different conformations, to extract and visualize this data via a web application. The entire system will be applied to an existing set of conformations for structures from the PDB, but at the same time will be general enough to allow analysis of new datasets. 1

2026-01-01T00:00:00Z