Faculty of Science http://hdl.handle.net/20.500.11956/1902 2026-08-24T12:01:45Z 2026-08-24T12:01:45Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/211901 2026-08-22T01:22:38Z 2026-01-01T00:00:00Z

Experimentally and bioinformatically determined physico-chemical and structural properties of nucleic acids In this work, I present the DNATCO web tool and its practical use in the refinement of crystal structures of 18-mer DNA oligonucleotides. DNATCO serves for simple and rapid annotation and validation of nucleic acid structures using dinucleotide conformational classes - NtC. To this end, it utilizes several unique tools such as RSCC/RMSD plots combining information about the fit of the model to its experimental density and similarity to representatives defining NtC classes. Additional improvements include visualization of NtC classes and base pairing at several levels, analysis of valence geometry, and generation of extended mmCIF and restraint files. The entire application runs in the user's browser thanks to its architecture, thereby achieving security and privacy while eliminating the need for user account management. Finally, the user interface has been redesigned into a modern form. I have used the tools in solving crystal structures of DNA containing non-canonical base pairs in the central region. Despite the necessity of manual interventions, I achieved improvements in local geometry and conformational fit for several low- resolution structures while maintaining the fit to experimental density.; V této práci prezentuji webový nástroj DNATCO a jeho praktické užití při rafinaci krystalových struktur 18-merních oligonukleotidů DNA. DNATCO slouží k jednoduché a rychlé anotaci a validaci struktur nukleových kyselin pomocí dinukleotidových konformačních tříd - NtC. K tomu využívá několik unikátních nástrojů jako například RSCC/RMSD grafy kombinující informaci o fitu modelu do jeho experimentální hustoty a podobnosti se zástupci definujícími NtC třídy. Mezi další vylepšení patří vizualizace NtC tříd a párování bazí na několika úrovních, analýza valenční geometrie a generování rozšířených mmCIF a restrainovacích souborů. Celá aplikace běží díky své architektuře v prohlížeči uživatele a tím je dosaženo zabezpečení a soukromí a je eliminována nutnost spravování uživatelských účtů. V neposlední řadě došlo k přepracování uživatelského rozhraní do moderní podoby. Výše zmíněné nástroje jsem použil při řešení krystalových struktur DNA obsahujících v centrální oblasti nekanonické páry bazí. I přes nutnost manuálních zásahů jsem dosáhl u několika nízkorozlišených struktur vylepšení lokální geometrie a konformačního fitu za současného setrvání fitu do experimentální hustoty.

2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/190240 2026-08-14T01:10:33Z 2024-01-01T00:00:00Z

Changes in mitochondrial DNA in colorectal cancer patients Mitochondrial DNA (mtDNA) changes occur more frequently in the cell than alterations in nuclear DNA (nDNA) due to factors such as proximity to reactive oxygen species (ROS) or fewer DNA repair pathways. While nDNA damage is known to play a role in colorectal cancer (CRC), there is a lack of studies concerning mtDNA damage. Changes in mtDNA copy number, a possible indirect marker of mtDNA damage known as mtDNA content, have been reported in CRC with conflicting results. Various changes in mtDNA have been observed in multiple cancer types and proposed as potential biomarkers, including CRC; however, its exact role in disease progression, patients' prognosis, or prediction of treatment is yet to be determined. The primary hypothesis of this study was that mitochondrial dysfunctions resulting from mtDNA changes play a role in colorectal carcinogenesis and could serve as potential CRC biomarkers. To test this hypothesis, we measured mtDNA damage, mtDNA content, and the expression of selected DNA repair genes in both tumor and adjacent non-malignant mucosa. Initially, we conducted a Pilot study involving 7 patients, utilizing RNA sequencing and qPCR. Subsequently, a Validation study was performed on a larger cohort of 50 patients using qPCR. Our findings revealed that adjacent mucosa exhibited higher...; Změny v mitochondriální DNA (mtDNA) se v buňkách vyskytují častěji než změny v jaderné DNA (nDNA), a to v důsledku několika faktorů, jako je například těsná blízkost místa vzniku většiny reaktivních kyslíkových radikálů nebo menší repertoár opravných drah DNA. Je známo, že poškození nDNA hraje roli u kolorektálního karcinomu (CRC), ale publikací zabývajících se studiem poškození mtDNA je stále málo. Změny v počtu kopií mtDNA, možného nepřímého markeru poškození mtDNA známého jako obsah mtDNA, byly studovány u CRC, avšak studie přinesly protichůdné výsledky. Různé typy změn mtDNA, které by mohly sloužit jako potenciální biomarkery, byly pozorovány u různých typů nádorových onemocnění včetně CRC. Jejich přesná role v progresi onemocnění, určení prognózy pacientů či predikci odpovědi na léčbu však ještě nebyla odhalena. Primární hypotézou naší studie bylo, že mitochondriální dysfunkce vznikající v důsledku změn mtDNA hrají roli v karcinogenezi tlustého střeva a konečníku, a mohly by sloužit jako potenciální biomarkery CRC. K ověření naší hypotézy jsme měřili poškození mtDNA, obsah mtDNA a expresi vybraných opravných genů DNA jak v nádoru, tak v přilehlé nenádorové tkáni. Nejprve jsme provedli Pilotní studii na 7 pacientech pomocí RNA sekvenování a qPCR. Následně byla provedena Validační studie na...

2024-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/207594 2026-08-13T01:07:27Z 2026-01-01T00:00:00Z

Behaviorální aspekty (i)mobility: Aspirace, zkušenost a vnímání environmentálních hrozeb Although this research problematises such views, migration continues to be portrayed in debates on environmentally driven migration either as an automatic consequence of climate change or as a universally positive adaptation strategy. These framings tend to overlook the fact that many households remain in place, combining mobility with in-situ adaptation depending on available resources, social ties and structural constraints. Understanding (im)mobility, therefore, requires linking structural conditions with how people perceive threats, what they aspire to, and the extent to which they consider migration or in-situ adaptation feasible. Drawing on case studies from Moldova and Zambia, this dissertation examines the behavioural dimensions of (im)mobility, focusing on how aspirations, migration experience, and perceptions of environmental hazards shape decisions about moving, staying, and adopting adaptation strategies under conditions of structural uncertainty. The dissertation consists of five articles combining qualitative and quantitative data and connects aspirations-capabilities perspectives with behavioural decision-making models. The Moldovan case uses qualitative evidence to explore how migration experience and a "culture of migration" influence university students' aspirations. In rural...; V debatě o environmentálně podmíněné migraci přetrvávají zjednodušené představy, které migraci chápou jako automatický důsledek klimatických změn nebo jako univerzálně pozitivní adaptační strategii, přestože jsou v literatuře opakovaně problematizovány. Takové rámování však často přehlíží, že mnoho domácností setrvává a kombinuje mobilitu a adaptaci v místě v závislosti na dostupných zdrojích, sociálních vazbách a strukturálních omezeních. Porozumění (ne)mobilitě proto vyžaduje propojit strukturální podmínky s tím, jak lidé vnímají hrozby, jaké mají aspirace a do jaké míry považují migraci či adaptaci v místě za uskutečnitelnou. Tato disertační práce zkoumá na případech Moldavska a Zambie behaviorální aspekty (ne)mobility se zaměřením na to, jak aspirace, migrační zkušenost a vnímání environmentálních hrozeb formují rozhodování o migraci, setrvání a adaptačních strategiích v podmínkách strukturální nejistoty. Práce je vystavěna na pěti článcích kombinujících kvalitativní a kvantitativní data a propojuje přístupy k migraci založené na aspiracích a schopnosti jednat s behaviorálními modely rozhodování. Případ Moldavska ukazuje na kvalitativních datech roli migrační zkušenosti a "kultury migrace" v aspiracích univerzitních studentů. V rurální Západní provincii Zambie disertace prostřednictvím...

2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/20.500.11956/211785 2026-08-07T01:10:46Z 2026-01-01T00:00:00Z

Syntéza a koordinační vlastnosti difenylfosfinoferrocifenu Název práce: Syntéza a koordinační vlastnosti difenylfosfinoferrocifenu Autorka: Bc. Magda Křelinová Katedra: Katedra anorganické chemie Vedoucí diplomové práce: RNDr. Jiří Schulz, Ph.D. Abstrakt: Ferrocifen, jakožto ferrocenový analog běžně užívaného léčiva tamoxifenu, prokázal nadějnou aktivitu proti buňkám rakoviny prsu, a to jak nádorů hormon-dependentním, tak i těm hormon-independentním. Druhá skupina je momentálně léčitelná pouze velmi složitě a přímočařejší léčiva jsou nutně potřeba. Jedním z cílů této práce bylo optimalizovat syntézu 1-{1-[bis(4-hydroxyfenyl)methylen]propyl}-1'-(difenylfosfino)ferrocenu (látka 4), který umožní ferrocifenolový skelet konjugovat s dalšími kovovými centrálními atomy, jejichž komplexy jsou taktéž studovány jako protinádorová léčiva. Kombinace dvou efektů by mohla poskytnout zajímavou biologickou aktivitu. V rámci této diplomové práce bylo připraveno celkem 8 komplexů, ve kterých látka 4 vystupuje jako ligand. Všechny tyto látky byly testovány na rakovinných (MDA-MB-231 a A549) i nerakovinných (MCF10A) buněčných liniích pro určení jejich biologické aktivity a selektivity vůči nádorovým buňkám. Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 6 Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 7 Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 8 Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 9 Ir Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 10 Rh Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 11 Fe P Ph2 OH HO Au Cl...; Title: Synthesis and coordination behaviour of diphenylphosphinoferrocifen Author: Bc. Magda Křelinová Department: Department of Inorganic Chemistry Supervisor: RNDr. Jiří Schulz, Ph.D. Abstract: Ferrocifen, as a ferrocene analog of a commonly used drug - tamoxifen, showed promising activity against breast cancer cells - both the hormone-dependent type and the hormone-independent one. The treatment of the latter is a struggle for today's medicine and a new effective treatment is urgently needed. One of the goals of this thesis was to optimize the synthesis of 1-{1-[bis(4-hydroxyphenyl)methylene]propyl}-1'-(diphenylphosphino) ferrocene (compound 4), which will provide a way of conjugating the ferrocifenol moiety to metal complexes, that are also studied as anticancer agents. The combination of those effects could provide some interesting results against cancer cells. In this thesis, 8 complexes of compound 4 as a ligand were prepared. All of these compounds were subsequently tested on cancerous (MDA-MB-231, and A549) as well as non-cancerous (MCF10A) cell lines to assess their biological activity and potential selectivity towards cancerous cells. Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 6 Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 7 Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 8 Ru Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 9 Ir Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 10 Rh Cl Cl P Ph2 Fe HO OH 11 Fe P...

2026-01-01T00:00:00Z