• Computer modeling of ion protein interactions: Allo steric effects of phenolic ligands and ions on insulin hexamer struct ure 

      Defence status: DEFENDED
      Palivec, Vladimír (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2016)
      Date of defense: 25. 5. 2016
      Název práce: Počítačové modelování interakcí iontů s proteiny: Allosterický efekt iontů a fenolických ligandů na strukturu insulinového hexameru Autor: Vladimír Palivec Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie ...
    • Computer modeling of the inner ear 

      Defence status: DEFENDED
      Perlácová, Tereza (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2017)
      Date of defense: 13. 9. 2017
      Do mechanického modelu kochley zavádzame implicitné numerické metódy. Tes- tujeme konkrétne štyri metódy: implicitný Euler, Crank-Nicolson, BDF druhého a tretieho rádu na lineárnej a nelineárnej verzii modelu. Nelineárny ...
    • Development and testing of computer models of phospholipid membranes 

      Defence status: DEFENDED
      Nencini, Ricky (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2019)
      Date of defense: 22. 5. 2019
      Simulace molekulární dynamiky mohou poskytnout detailní informace o biologických systémech. Nicméně klasická silová pole, která nezohledňují elektronovou polarizaci atomů, nejsou schopná dostatečně přesně reprodukovat ...
    • Distribuce iontů na površích hydratovaných proteinů 

      Defence status: DEFENDED
      Heyda, Jan (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2008)
      Date of defense: 20. 5. 2008
      By means of molecular dynamics simulations we have systematically investigated the behavior of positively charged amino acids - arginine, lysine, and histidine in salt solutions. Salt always contained potassium cation and ...
    • Investigation of monomolecular organic layers and their interaction with atmospheric oxidants and pollutants 

      Defence status: DEFENDED
      Habartová, Alena (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2015)
      Date of defense: 29. 9. 2015
      Název práce: Výzkum monomolekulárních organických vrstev a jejich interakce s atmosferickými oxidanty a polutanty Autor: Mgr. Alena Habartová Ústav: Ústav organické chemie a biochemie, Akademie věd České republiky Vedoucí ...
    • Ion - Protein Interaction 

      Defence status: DEFENDED
      Heyda, Jan (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2011)
      Date of defense: 20. 9. 2011
      Title: Ion-Protein Interactions Author: Mgr. et Mgr. Jan Heyda Department: Physical and Macromoleculer Chemistry Advisor: Prof. Pavel Jungwirth, DSc., IOCB AS CR, v.v.i. Advisor's e-mail address: pavel.jungwirth@uochb.cas.cz ...
    • Ion Specific Hofmeister Effects on Peptides and Proteins 

      Defence status: DEFENDED
      Hladílková, Jana (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2014)
      Date of defense: 16. 9. 2014
      Title: Ion Specific Hofmeister Effects on Peptides and Proteins Author: Ing. Jana Hladílková Department: Physical and Macromolecular Chemistry Advisor: Prof. Pavel Jungwirth, DSc., IOCB AS CR Advisor's email address: ...
    • Modeling of Structure and Dynamics of Liquid Clusters and Surfaces 

      Defence status: DEFENDED
      Mucha, Martin (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2006)
      Date of defense: 21. 9. 2006
    • Modelování interakcí bílkovin s ionty a membránami 

      Defence status: DEFENDED
      Kadlec, Jan (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2018)
      Date of defense: 4. 6. 2018
      The protein recoverin, localized in the eye in the rod outer segment of the retina, is a neuronal calcium sensor involved in vision adaptation. Recoverin reversibly associates with cellular membranes via its calcium-activated ...
    • Molecular Simulations of Surfaces of Aqueous Solutions 

      Defence status: DEFENDED
      Vácha, Robert (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2009)
      Date of defense: 24. 6. 2009
      This thesis consists of 18 papers, in which we investigated the behavior of molecules and ions at aqueous interfaces by means of molecular dynamics (MD) simulations. We started our simulations with the surface of neat ...
    • Molecules in Cell Membranes 

      Defence status: DEFENDED
      Timr, Štěpán (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2017)
      Date of defense: 14. 9. 2017
      Biologické membrány se aktivně účastní řady procesů v živých buňkách, a detailní popis jejich struktury, dynamiky a funkce je tudíž nezbytný pro porozumění živým organismům na molekulární úrovni. V této práci jsme využili ...
    • Molekulové simulace nukleace ledu 

      Defence status: DEFENDED
      Pluhařová, Eva (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2010)
      Date of defense: 24. 5. 2010
      Název práce: Molekulové simulace nukleace ledu Autor: Eva Pluhařová Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie PřF UK Vedoucí diplomové práce: doc. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc., ÚOCHB AV ČR, v.v.i. e-mail vedoucího: ...
    • The onset of ion solvation by ab initio calculations: Comparison between water and methanol 

      Defence status: DEFENDED
      Pluhařová, Eva (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2008)
      Date of defense: 23. 6. 2008
    • Pairing of biologically relevant ions in aqueous solutions 

      Defence status: DEFENDED
      Baxová, Katarína (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2018)
      Date of defense: 18. 9. 2018
      Not accounting for the electronic polarizability due to divalent ions such as Ca2+ introduces a significant artifacts to force field-based molecular dynamic simulations of biological systems. Two newly developed parameter ...
    • Simulation of processes in cellular membranes 

      Defence status: DEFENDED
      Timr, Štěpán (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2013)
      Date of defense: 28. 5. 2013
      Probing orientations of fluorescent molecules embedded in or attached to cell membranes has a great potential to reveal information on membrane structure and processes occurring in living cells. In this thesis, we first ...
    • Simulation of processes in cellular membranes 

      Defence status: RECOGNIZED
      Melcr, Josef (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2019)
      Date of defense: 11. 10. 2019
      Simulation of processes in cellular membranes Abstract Many important processes in cells involve ions, e.g., fusion of synaptic vesi- cles with neuronal cell membranes is controlled by a divalent cation Ca2+ ; and the ...
    • Simulation of processes in cellular membranes 

      Defence status: DEFENDED
      Melcr, Josef (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2018)
      Date of defense: 25. 9. 2018
      Simulace of procesů v buněčných membránách Abstrakt Mnoho důležitých procesů v buňkách probíhá prostřednictvím iontů. Například fúze synaptických váčků s membránami nervových buněk je kontrolována dvojmocným kationtem Ca2+ ...
    • Solvent effects on ion pairing and photoionization in water 

      Defence status: DEFENDED
      Pluhařová, Eva (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2014)
      Date of defense: 16. 9. 2014
      Title: Solvent effects on ion pairing and photoionization in water Author: Mgr. et Ing. Eva Pluhařová Department: Physical and Macromoleculer Chemistry Advisor: Prof. Pavel Jungwirth, DSc., IOCB AS CR, v.v.i. Advisor's ...
    • Structure and dynamics of electronic defects in liquid water 

      Defence status: DEFENDED
      Maršálek, Ondřej (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2012)
      Date of defense: 20. 9. 2012
      Název práce: Struktura a dynamika elektronických defektů v kapalné vodě Autor: Ondřej Maršálek Ústav: Ústav orgaincké chemie a biochemie, Akademie věd České republiky Vedoucí doktorské práce: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, ...
    • Structure, dynamics and reactivity of the hydrated electron 

      Defence status: DEFENDED
      Uhlig, Frank (Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2014)
      Date of defense: 15. 9. 2014
      Struktura, dynamika a reaktivita hydratovaného elektronu Frank Uhlig Tato práce se zabývá zkoumáním hydratovaného elektronu, který je jedním z produktů ionizace vody a klíčovým meziproduktem radiační chemie ve vodném ...

      © 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

      Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

      Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

      DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
      Theme by 
      @mire NV