Browsing by Advisor "Jungwirth, Pavel"
Now showing items 1-20 of 21
-
Computer modeling of ion protein interactions: Allo steric effects of phenolic ligands and ions on insulin hexamer struct ure
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2016)Date of defense: 25. 5. 2016Název práce: Počítačové modelování interakcí iontů s proteiny: Allosterický efekt iontů a fenolických ligandů na strukturu insulinového hexameru Autor: Vladimír Palivec Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie ... -
Computer modeling of the inner ear
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2017)Date of defense: 13. 9. 2017Do mechanického modelu kochley zavádzame implicitné numerické metódy. Tes- tujeme konkrétne štyri metódy: implicitný Euler, Crank-Nicolson, BDF druhého a tretieho rádu na lineárnej a nelineárnej verzii modelu. Nelineárny ... -
Development and testing of computer models of phospholipid membranes
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2019)Date of defense: 22. 5. 2019Simulace molekulární dynamiky mohou poskytnout detailní informace o biologických systémech. Nicméně klasická silová pole, která nezohledňují elektronovou polarizaci atomů, nejsou schopná dostatečně přesně reprodukovat ... -
Distribuce iontů na površích hydratovaných proteinů
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2008)Date of defense: 20. 5. 2008By means of molecular dynamics simulations we have systematically investigated the behavior of positively charged amino acids - arginine, lysine, and histidine in salt solutions. Salt always contained potassium cation and ... -
Investigation of monomolecular organic layers and their interaction with atmospheric oxidants and pollutants
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2015)Date of defense: 29. 9. 2015Název práce: Výzkum monomolekulárních organických vrstev a jejich interakce s atmosferickými oxidanty a polutanty Autor: Mgr. Alena Habartová Ústav: Ústav organické chemie a biochemie, Akademie věd České republiky Vedoucí ... -
Ion - Protein Interaction
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2011)Date of defense: 20. 9. 2011Title: Ion-Protein Interactions Author: Mgr. et Mgr. Jan Heyda Department: Physical and Macromoleculer Chemistry Advisor: Prof. Pavel Jungwirth, DSc., IOCB AS CR, v.v.i. Advisor's e-mail address: pavel.jungwirth@uochb.cas.cz ... -
Ion Specific Hofmeister Effects on Peptides and Proteins
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2014)Date of defense: 16. 9. 2014Title: Ion Specific Hofmeister Effects on Peptides and Proteins Author: Ing. Jana Hladílková Department: Physical and Macromolecular Chemistry Advisor: Prof. Pavel Jungwirth, DSc., IOCB AS CR Advisor's email address: ... -
Modeling of Structure and Dynamics of Liquid Clusters and Surfaces
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2006)Date of defense: 21. 9. 2006 -
Modelování interakcí bílkovin s ionty a membránami
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2018)Date of defense: 4. 6. 2018The protein recoverin, localized in the eye in the rod outer segment of the retina, is a neuronal calcium sensor involved in vision adaptation. Recoverin reversibly associates with cellular membranes via its calcium-activated ... -
Molecular Simulations of Surfaces of Aqueous Solutions
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2009)Date of defense: 24. 6. 2009This thesis consists of 18 papers, in which we investigated the behavior of molecules and ions at aqueous interfaces by means of molecular dynamics (MD) simulations. We started our simulations with the surface of neat ... -
Molecules in Cell Membranes
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2017)Date of defense: 14. 9. 2017Biologické membrány se aktivně účastní řady procesů v živých buňkách, a detailní popis jejich struktury, dynamiky a funkce je tudíž nezbytný pro porozumění živým organismům na molekulární úrovni. V této práci jsme využili ... -
Molekulové simulace nukleace ledu
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2010)Date of defense: 24. 5. 2010Název práce: Molekulové simulace nukleace ledu Autor: Eva Pluhařová Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie PřF UK Vedoucí diplomové práce: doc. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc., ÚOCHB AV ČR, v.v.i. e-mail vedoucího: ... -
The onset of ion solvation by ab initio calculations: Comparison between water and methanol
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2008)Date of defense: 23. 6. 2008 -
Pairing of biologically relevant ions in aqueous solutions
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2018)Date of defense: 18. 9. 2018Not accounting for the electronic polarizability due to divalent ions such as Ca2+ introduces a significant artifacts to force field-based molecular dynamic simulations of biological systems. Two newly developed parameter ... -
Simulation of processes in cellular membranes
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2013)Date of defense: 28. 5. 2013Probing orientations of fluorescent molecules embedded in or attached to cell membranes has a great potential to reveal information on membrane structure and processes occurring in living cells. In this thesis, we first ... -
Simulation of processes in cellular membranes
Defence status: RECOGNIZED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2019)Date of defense: 11. 10. 2019Simulation of processes in cellular membranes Abstract Many important processes in cells involve ions, e.g., fusion of synaptic vesi- cles with neuronal cell membranes is controlled by a divalent cation Ca2+ ; and the ... -
Simulation of processes in cellular membranes
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2018)Date of defense: 25. 9. 2018Simulace of procesů v buněčných membránách Abstrakt Mnoho důležitých procesů v buňkách probíhá prostřednictvím iontů. Například fúze synaptických váčků s membránami nervových buněk je kontrolována dvojmocným kationtem Ca2+ ... -
Solvent effects on ion pairing and photoionization in water
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2014)Date of defense: 16. 9. 2014Title: Solvent effects on ion pairing and photoionization in water Author: Mgr. et Ing. Eva Pluhařová Department: Physical and Macromoleculer Chemistry Advisor: Prof. Pavel Jungwirth, DSc., IOCB AS CR, v.v.i. Advisor's ... -
Structure and dynamics of electronic defects in liquid water
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2012)Date of defense: 20. 9. 2012Název práce: Struktura a dynamika elektronických defektů v kapalné vodě Autor: Ondřej Maršálek Ústav: Ústav orgaincké chemie a biochemie, Akademie věd České republiky Vedoucí doktorské práce: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, ... -
Structure, dynamics and reactivity of the hydrated electron
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2014)Date of defense: 15. 9. 2014Struktura, dynamika a reaktivita hydratovaného elektronu Frank Uhlig Tato práce se zabývá zkoumáním hydratovaného elektronu, který je jedním z produktů ionizace vody a klíčovým meziproduktem radiační chemie ve vodném ...