Browsing by Advisor "Barvík, Ivan"
Now showing items 1-17 of 17
-
Molecular dynamics simulations of ion channel TRPA1
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2018)Date of defense: 25. 9. 2018Název práce: Molekulárně dynamické simulace iontového kanálu TRPA1 Autor: Vlastimil Zíma Katedra: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí disertační práce: RNDr. Ivan Barvík, PhD., Fyzikální ústav Univer- zity Karlovy ... -
Molekulárně-dynamické simulace analog nukleových kyselin
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2007)Date of defense: 28. 5. 2007 -
Molekulárně-dynamické simulace analog nukleových kyselin
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2006)Date of defense: 27. 6. 2006 -
Molekulárně-dynamické simulace biomolekul
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2012)Date of defense: 11. 9. 2012Práce se zabývá klasickými molekulárně-dynamickými simulacemi časového vývoje biomolekulárního systému. Modelovým systémem je membránový GPCR receptor pro dopamin typu D3 obklopený buněčnou membránou a vodní obálkou s ... -
Molekulárně-dynamické simulace biomolekul - komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2011)Date of defense: 23. 6. 2011Byla provedena rešerše literatury týkající se elongačního faktoru Tu (EF-Tu), který se podílí na procesu translace genetické informace. Dále byly studovány výpočetní metody molekulární dynamika (MD) a Monte Carlo (MC). ... -
Molekulárně-dynamické simulace komplexů HIV reverzní transkriptázy a jejích potenciálních inhibitorů
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2006)Date of defense: 21. 9. 2006 -
Molekulárně-dynamické simulace komplexů nukleových kyselin enzymu RNase H
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2009)Date of defense: 25. 5. 2009The aim of this diploma thesis was to study interactions between human Rase H enzyme and a natural and modified substrate using molecular dynamics simulations (altogether 9 MD runs ere produced). Conformational preferences ... -
Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2007)Date of defense: 25. 6. 2007 -
Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2008)Date of defense: 23. 6. 2008Na/ev pracc: Molekularne-dynamicke simulace komplcxu sestavajicich z nukleovyeh kyselin a proleinu Autor: Daniel Snu't Katedra (ustav): Fy/ikalni ustav UK Vedouci hukalafskc prace: RNDr. Ivan Barvik. Ph.D. e-mail vedoueiho: ... -
Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2008)Date of defense: 26. 5. 2008The goal of this diploma thesis was to study interactions of Argonaute (Ago) protein in a complex with nucleic acids. Based on the available crystal structures of full length Argonaute (from A. aeolicus, Aa-Ago) and/or its ... -
Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2009)Date of defense: 20. 5. 2009V rámci diplomová práce byly prostudovány algoritmy numerické integrace. Poté byla provedena důkladná studie aktivních míst polymeras virů HCV a HIV v komplexech s přirozeným substrátem a komplexem, ve kterém byl přistupující ... -
Molekulárně-dynamické simulace membránových proteinů
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2013)Date of defense: 12. 9. 2013V teoretické části předkládané práce byly zrekapitulovány základní poznatky o struktuře biomolekul a algoritmech uplatňovaných v tzv. molekulárnědynamických (MD) simulacích. Pro aktivní osvojení si základních algoritmů MD ... -
Molekulárně-dynamické simulace muskarinového receptoru
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2015)Date of defense: 23. 6. 2015Název práce: Molekulárně-dynamické simulace muskarinového receptoru Autor: Radim Cajzl Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Ivan Barvík, Ph.D., Oddělení fyziky biomolekul Abstrakt: Tato práce je věnována ... -
Molekulárně-dynamické simulace proteinových struktur
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2009)Date of defense: 10. 9. 2009 -
Počítačové modelování biomolekul - potenciálních chemoterapeutik
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2013)Date of defense: 27. 9. 2013Classical molecular dynamics simulations were applied on complexes of RNA-dependent RNA-polymerase, Ribonuclease H, Argonaute and Ribonuclease L with chemically modified nucleic acids, which are studied as potential ... -
Počítačové modelování komplexů RNA-dependentní RNA polymerázy viru Zika a analog NTP
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2017)Date of defense: 12. 9. 2017Nedávno publikovaná krystalografická struktura RNA-dependentní RNA polymerázy (RdRp) viru Zika umožňuje provádět molekulárně dynamické (MD) simulace tohoto enzymu, které mohou napomoci při racionálním návrhu inhibitorů - ... -
QM/MM výpočty a klasické molekulárně-dynamické simulace biomolekul
Defence status: DEFENDED(Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, 2013)Date of defense: 27. 5. 2013Systematic calculations were performed to uncover the free energy surfaces for hydrolytic reactions of methyl-diphosphate (in vacuum and implicit solvents) and GTP in EF-Tu active site. Density functional theory and ONIOM ...